1.藥理禁忌
藥理禁忌，是指聯合用藥可導致藥物吸收、分布、代謝、排泄及藥物作用的改變，從而誘發不良反應，因而不能聯合使用的禁忌。例如，青黴素類抗生素中的抑菌抗生素在細菌繁殖期，與抗菌藥中的大環內酯類抗生素--紅黴素不能搭配使用，這是因為紅黴素具有抑制細菌繁殖的作用，會導致青黴素類抗生素不能充分發揮其作用，從而導致青黴素類抗生素藥效降低。例如，四環素類藥物不能和鈣劑同時使用，以免造成四環素類藥物的生物利用度降低，進而造成四環素類藥物藥效降低，甚至失效。
2.理化禁忌
兩種或兩種以上的藥物在配伍使用時，可能會由於藥物之間的理化變化導致藥效降低失效毒副作用增強，甚至導致患者出現嚴重的不良反應，因而這是藥物配伍的重要禁忌。理化配伍禁忌通常表現在藥物渾濁、起泡、變色、沈澱、鹽析等方面。如紅黴素用氯化鈉註射液溶解，會發生鹽析，嚴重影響藥效。正確的溶解方法是先用註射用水溶解紅黴素，再用氯化鈉註射液和紅黴素註射液混合溶解。