壹般來講，品牌藥有較高的生產毛利，流通毛利則較低。相反，在仿制藥方面生產廠家的毛利不高，而流通渠道的毛利較高。結果導致品牌藥與仿制藥的價格差異主要是由於生產價格，而不是流通零售的價格造成。因此，國際上對品牌藥價格的控制主要是對其出廠價的控制，而對仿制藥的價格主要是控制其流通零售的價格。
仿制藥的價格壹般要低於品牌藥的50%～70%，而且隨著專利藥的專利到期，仿制藥產量增加，價格會不斷下降。大量仿制藥湧入市場後，過期專利藥的價格也會不斷地下降。而當壹種創新藥品進入市場後，由於質量的提高往往會促使價格偏高，藥廠會采用瘦身的定價策略（skimming strategy），將價格逐步下調。
Griliches等人報道，專利藥專利期過後2年，其市場占有率壹般要下降50%左右。即使通用名藥與專利過期的品牌藥在生物等效性上是相同的，但醫生和大部分的購藥者對這兩類藥物的態度和青睞程度也是不同的，醫生喜歡處方品牌藥，有部分患者也是忠誠於品牌藥的消費者（brand-loyal customers）。因此，在價格管理上仍然應該對過專利期的品牌藥和通用名藥進行分類管理。
有的國家在藥房配藥時允許藥師用仿制藥來替代品牌藥，但各國實行的情況也有不同。澳大利亞在藥師使用仿制藥替代時不需要通報醫師，除非處方醫師在處方上註明品牌藥不能替代。在加拿大的壹些省，用仿制藥替代是強制的，醫師也不能反對。德國是歐洲最大的仿制藥使用市場，不過只有醫師在處方上註明時才可以允許用仿制藥替代。
歐洲的仿制藥和品牌藥價格，因受到印度仿制藥生產企業的競爭和國內藥品政策的影響，而普遍被打壓。
另外，歐洲各國之間仿制藥的價格差異很大，不僅與生產和配送的成本有關，而且與各國對仿制藥的定價和補償的立法環境不同有關。英國、法國、荷蘭和德國的仿制藥價格，要比北歐國家的仿制藥價格高。這些國家的仿制藥價格的制定，主要是在流通環節中采用折扣返還的形式，而不壹定是通過價格競爭的方式。
有研究報道法國的批發價格有20%～70%的折扣。在英國，最大的折扣超過藥品稅收的50%。目前，法國對流通渠道的折扣率已有規定。歐洲國家政府對藥價的幹預，不像市場價格競爭機制那樣的有效和透明；仿制藥的競爭也同樣會受到參考價格的影響。
創新藥物的定價
隨著新藥的出現和生物技術的發展，為了使新產品能進入市場，需要宣傳“價值”的理念，國際的趨勢是發展所謂的“創新定價”的概念（innovativepricing）——即促使藥企與支付方對價值目標達成***同的認識，讓患者能夠增加新的治療方法的可及性，對藥品采用不同的定價矩陣（different pricing metrics），對定價和補償進行改革。
這種定價方法，是從每個患者的花費和每種療法的價格去考慮。如目前在意大利，對價格昂貴的腫瘤治療藥物采用財務風險分擔的合同方式（financial risk-sharing agreement），促使藥企投入更多的時間和資源生產藥品，減少定價中的風險。特別是在傳統的定價和補償談判機制破裂以後，新藥不能得到補償時，這種定價方法可以幫助新藥創造壹個與其他品牌藥和仿制藥競爭的環境。
創新藥物的定價方法需要時間和資源去探索，可以選擇比較小的國家、有限的治療人群和某些疾病進行小規模的試驗；還涉及到不同國家的法律、定價程序、群眾和政府的意願以及文化的影響，在治療領域上應該首選尚未滿足臨床治療需要的疾病。
藥品價格的變化，受產品的質量、治療功效、安全性、方便性及通用名藥競爭等因素的影響。Berndt等人曾應用hedonic回歸的方法（hedonic regression equation）來研究藥品的定價。
價格談判定價（price negotiation）
采用價格談判來定價是近年來發展的壹個新方向，主要是針對新上市的專利藥物、醫療器械和疫苗的價格。應用價格昂貴的新技術對定價是壹種挑戰，所以在政府與藥廠之間開展有效的價格談判，以降低采用新技術生產的新藥價格。為了使政府處於非常強勢和具有討價還價的地位，政府需要掌握可靠的信息，包括生產藥品的成本，其他仿制藥的定價、質量，以及其他國家的價格、招標采購、藥品的註冊情況等。
從國際的經驗來看，印度政府在2007年設立了壹個價格談判委員會，由醫師、藥廠代表、醫學專家組成。
印度衛生和家庭福利部制定了談判的模式，根據國際的參考價格系統及國際市場的最低價格，對在印度銷售的10種腫瘤藥物進行價格談判，其中壹類談判是確定市場價格，另壹類談判是確定公立醫院處方的價格，通常後者要比前者的價格低40%～70%。而巴西則實行強制許可證制度（compulsory licensing），如對艾滋病患者每人每年給付的仿制藥Efavirenz（默沙東生產）的價格確定為165美元，比與默沙東的價格談判（580美元）更為便宜。
對艾滋病治療藥物進行價格談判，可以明顯節約治療的費用，每年約可節省藥品費用2500萬美元。1997年起意大利對所有的新藥開展了藥品價格的談判，藥廠可以自由設定價格，通過談判對不同醫院設定不同的價格，政府不予幹涉。在荷蘭，地方政府有責任與藥廠談判價格。美國的聯邦醫療保險(Medicare)和退伍軍人保險(VA)計劃中也采用過處方藥的價格談判。
談判機制可以分為3類：
第壹類是財務利用的定價模式(financialutilization model)。前面已經討論過的價格－用量合同(price-volume agreement)，就是這種模式的體現。達到市場份額目標後，藥廠可給予回扣。
第二類是以結果為基礎的定價模式(outcomes-based pricing model)，根據治療的反應和結果采取不同的補償價格。事實上就是以績效為基礎的定價。
第三種是以風險為基礎的定價模式(risk-based pricing model)，根據患者的治療指征、治療史和風險因素采用不同的補償價格。
風險分擔合同（risk-sharing agreement）是由政府（或第三方支付）與藥廠之間簽訂的，根據經濟學按績效支付（paying for performance）的原理，只有在治療有效時才能支付藥費，因此藥廠存在著壹定的風險。它對藥廠起到了壹個信號的作用，從長遠來看，可以激勵藥廠今後的投資，研制出更安全、有效、高質量的新藥。這種方法存在壹定缺陷，即支付方與提供方之間常常會對治療結果的判斷存在著分歧。
影響價格談判的因素有很多，如藥廠的利潤（如英國），其他國家的藥價，預算的影響，市場上有無類似產品，銷量和規格以及競爭等都對價格談判影響很大。
在法國，藥物經濟學的申報材料可以幫助新藥在價格談判的過程中制定較高的價格。在西班牙的定價和補償談判中需要考慮預算影響，預測未來的銷售量也是影響最後決策的壹個因素。總之，需要聯合采用多種方法來降低藥品的價格，如批量招標采購、價格談判、強制許可等，從而獲得公平的藥品價格。