負責人:杜建國
受理藥品、醫療器械、食品、保健品、化妝品及包裝材料的舉報案件，負責將食品、保健品、化妝品的舉報案件移交局內相關職能部門；依法查處制售假劣藥品、醫療器械等違法行為和責任人。組織實施全省範圍內的統壹檢查行動，組織查處全省大案要案；負責年度藥品抽樣計劃的編制和下達；監督藥品生產、銷售和使用單位的藥品質量，定期發布全省藥品質量公告；負責監督全省藥品醫療器械大案要案的查處。負責全省舉報查辦案件的匯總分析；對全省食品藥品監管系統的稽查工作進行業務指導。
器官服務中心
負責人:周誌軍
原省藥品監督管理局服務中心更名為省美國食品藥品監督管理局服務中心。
信息中心
導演:劉
壹、參與起草全省食品藥品監督管理系統信息化建設發展規劃；起草省局信息化建設年度工作計劃；制定信息化建設標準和技術規範並組織實施。
二、負責整合和管理省級信息資源，開展信息研究、學術交流和培訓，進行信息分析和預測，提供信息咨詢服務。
三、負責省級信息網絡的規劃、建設、運行和維護；管理計算機和網絡安全。
四、負責業務應用軟件和設備的需求分析和論證、開發、管理和技術服務；承辦相關業務統計。
五、負責全省食品藥品監督管理系統信息化建設的業務指導。
六、承辦省局交辦的其他工作。
山東食品藥品職業學院
山東醫藥食品職業學院於2005年4月27日經山東省人民政府批準(魯政字[2005]115)，教育部備案。它是在全國重點中專學校山東醫學院的基礎上建立起來的，是山東省唯壹壹所專門培養從事醫藥和食品的高級應用型人才的學院。學院受山東省美國食品藥品監督管理局和山東省教育廳雙重管理，以專科教育為主，承擔中專教育任務。
省藥品檢驗所
負責人:李濤
山東省藥品檢驗所是依據《中華人民共和國藥品管理法》等法律法規進行藥品質量技術監督檢驗的法定機構。主要負責全省藥品監督抽驗、註冊檢驗、委托檢驗、質量標準技術審評、國家藥品標準的起草和審查；同時，開展食品、保健食品、化妝品和潔凈室環境的檢驗檢測。負責藥品標準研究、檢驗培訓和對市藥檢所及相關單位藥品質量管理部門的技術指導。是山東大學和山東中醫藥大學的教學基地。2009年榮獲省級文明單位、全國醫療衛生系統先進集體等榮譽稱號。
省醫療器械產品質量檢驗中心
負責人:新任棟
山東省醫療器械產品質量檢驗中心是山東省唯壹的醫療器械檢驗機構，承擔全省醫療器械和藥包材的檢驗任務。同時，該中心還是國家醫療器械和藥包材檢驗中心(即國家美國食品藥品監督管理局濟南醫療器械質量監督檢驗中心和國家美國食品藥品監督管理局濟南藥包材檢驗中心)，是國家美國食品藥品監督管理局和中國實驗室國家認可委員會批準認可的醫療器械和藥包材質量監督檢驗機構。中心主要承擔醫用輸液、輸血、註射器械、醫用高分子材料、生物材料、衛生材料、診斷試劑、醫用機電產品、理療產品的監督抽查檢驗、產品註冊(含進口註冊)檢驗、質量認證檢驗、仲裁檢驗、科研鑒定和委托檢驗，以及藥品包裝材料和容器的註冊、監督抽查檢驗。中心擁有檢測所需的各類大型、精密檢測儀器設備，擁有目前國內最大的醫療器械生物評價動物實驗中心，以及相關的國際標準、國家標準、行業標準和技術資料。
藥品審評認證中心(不良反應監測中心)
負責人:李
主要負責藥品審評、第二類醫療器械審評、藥品不良反應監測和藥品生產經營企業認證的技術和服務職責。