隨著社會經濟的發展，福林堂的經營範圍由傳統的中藥材擴大到中成藥、西藥、醫療器械、保健品，公司規模日益壯大。
福林堂以自身的經營風範受到國家部級、省市級報道和大眾的贊譽。1995年國內貿易部頒發“中華老字號”金匾，1996年國家醫藥局指定其為“涉外供應試點藥店”、被有關部門連年評為“物價、質量信得過單位”，被昆明日報、市技術監督局在征詢廣大消費者的意見後，評為消費者心中名牌。
雲南醫藥集團與香港世界中國實業項目有限公司合作，重新組建昆明福林堂藥業公司，今日福林堂在繼承傳統的基礎上，註重把深厚的中醫文化與現代先進的管理概念相結合，形成了特有的公司文化。在經營上穩步發展連鎖管理，提倡八個統壹：統壹采購配送、統壹服務規範、統壹銷售價格、統壹財務管理、統壹商店標識、統壹店堂設置、統壹廣告宣傳、統壹質量標準、實施名牌戰略，弘揚福林堂“福澤杏林”的創號初衷，以服務愛心回報社會。
成立以後，在繼承福林堂優良傳統的基礎上，公司定位連鎖經營，現公司擁有40余家連鎖店，職工600多人，網點遍及昆明市及部分地州。
目前公司設有9個部門（人力資源部、市場采購部、財務內審部、信息系統部、連鎖管理部、銷售批發部、中藥材生產部、倉儲配送部、質量管理部），嚴格按照連鎖經營的運作模式，管理嚴謹，高素質的人才隊伍，為公司開拓新的市場奠定了良好的基礎。
昆明福林堂藥業有限公司現已躋身於國家藥品監督管理局認定批準的41家首批藥品零售跨省連鎖經營試點企業，並被雲南省勞動和保障廳批準其所屬38家連鎖店為“城鎮職工基本醫療保險定點零售藥店資格的單位”，及被昆明市醫保中心批準其所屬的5家藥店有“昆明城鎮職工基本醫療保險定點零售藥店的資格”。公司更引進了先進的全電腦化管理流程，建立了MIS系統，提高管理效率，並與國內外知名網站建立了聯系，逐步實現B2B、B2C的新型銷售方式，在全新的經營模式下，公司將依托信息化社會的先進手段，把福林堂的經營理念在更廣的範圍內進行傳播，福林堂連鎖經營已經由雲南省內向省外、國外拓展，逐步實現世界範圍內的中醫藥連鎖經營，弘揚中國醫藥文化，成為國際化的醫藥連鎖企業。
福林堂的目標是：樹立中華民族的品牌，將福林堂發展成為面向全國、面向全世界的大型醫藥連鎖企業，讓世界知曉福林堂“百年老店、地道藥材”的中華老字號，讓世界了解福林堂，讓世界了解中國悠久的中醫藥文化！