臨床常用的免疫抑制藥有環孢素、腎上腺皮質激素類、烷化劑和抗代謝藥等。
免疫抑制藥都缺乏選擇性和特異性，對正常和異常的免疫反應均呈抑制作用。故長期應用後，除了各藥的特有毒性外，尚易出現降低機體抵抗力而誘發感染、腫瘤發生率增加及影響生殖系統功能等不良反應。
環孢素
環孢素，是黴菌Tolypocladium inflatum生成的壹種脂溶性環狀十壹肽化合物。它可選擇地作用於T淋巴細胞活化初期。輔助性T細胞被活化後可生成增殖因子白細胞介素2，環孢素可抑制其生成；但它對抑制性T細胞無影響。它的另壹個重要作用是抑制淋巴細胞生成幹擾素。它對網狀內皮系統吞噬細胞無影響。因而環孢素不同於細胞毒類藥物的作用，它僅抑制T細胞介導的細胞免疫而不致顯著影響機體的壹般防禦能力。
口服環孢素可被吸收，但不完全，其生物利用度僅20%～50%.口服後2～4小時血漿濃度達峰值。有40%的藥物存在於血漿，50%在紅細胞，10%在白細胞。在血漿中與蛋白的結合率為95%.它在體內幾乎全部被代謝，從尿中排出的原形物不足服用量的0.1%.其t1/2約16小時。
環孢素在臨床上主要用於防止異體器官或骨髓移植時排異等不利的免疫反應，常和糖皮質激素合用。在治療自體免疫性疾病方面的臨床應用尚在探索中。其毒性反應主要在肝與腎，在應用過程中宜監測肝、腎功能。
腎上腺皮質激素類
常用的有潑尼松、潑尼松龍、地塞米松等。它們對免疫反應的許多環節均有影響。主要是抑制巨噬細胞對抗原的吞噬和處理；也阻礙淋巴細胞DNA合成和有絲分裂，破壞淋巴細胞，使外周淋巴細胞數明顯減少，並損傷漿細胞，從而抑制細胞免疫反應和體液免疫反應，緩解變態反應對人體的損害。
烷化劑
常用的有環磷酰胺、白消安、噻替派等。它們能選擇性地抑制B淋巴細胞，大劑量也能抑制T淋巴細胞。還可抑制免疫母細胞，從而阻斷體液免疫和細胞免疫反應。環磷酰胺作用明顯，副作用較小，且可口服，故常用。
抗代謝藥類
常用6-巰嘌呤與硫唑嘌呤。它們主要抑制DNA、RNA和蛋白質合成。硫唑嘌呤的毒性較小，故較常用。本類藥物對T細胞的抑制較明顯，並可抑制兩類母細胞，故兼能抑制細胞免疫和體液免疫反應，但不抑制巨噬細胞的吞噬功能。用於腎移植的排異反應和自體免疫性疾病如類風濕性關節炎和全身性紅斑狼瘡等。
抗淋巴細胞球蛋白
抗淋巴細胞球蛋白，是直接抗淋巴細胞的抗體，現已能用單克隆抗體技術生產，特異性高，安全性好。它可與淋巴細胞結合，在補體的***同作用下，使淋巴細胞裂解。可用於器官移植的排斥反應，多在其他免疫抑制藥無效時應用。