但是，BT 生物農藥使用不當也會導致藥效降低甚至失效。因此，溫度低於20℃時不宜使用，環境濕度越高，防治效果越好。在高濕度條件下噴粉BT，才能充分發揮藥效；為了避免太陽紫外線對花蕾的破壞作用，使用時要選擇在陰天或午歷後噴灑；中到大雨會沖刷掉噴灑在植物莖葉上的藥液，從而降低藥效。
在雨天內噴灑乳劑後，防效會有所提高。如果噴藥時遇到中到大雨，必須補噴。BT農藥主要用於防治棉鈴蟲、紅鈴蟲、造橋蟲、煙青蟲等經濟作物；二化螟、三化螟、稻鈴蟲、縱卷葉螟等糧食作物；菜青蟲、小菜蛾、菜螟等蔬菜；松毛蟲、桃小食心蟲、尺蠖、大袋蛾、卷葉蛾等果樹。
防治棉鈴蟲的適期是：在產卵盛期，即百株卵量達到20粒時開始施藥，每隔3-4天再施藥1次，每代施藥2-3次，發生量大的年份要適當增加施藥次數。其他害蟲如菜青蟲、煙青蟲、豆天蛾、玉米螟、松毛蟲、果樹害蟲等，可在產卵期或幼蟲期施藥。
噴灑濃度：100億孢子/克菌粉，每667m2，對水2000倍噴霧，可防治對BT農藥敏感的水稻二化螟、水稻三化螟、棉花小橋蟲、刺蛾和菜青蟲等；用100億孢子/克的BT乳劑1000倍液或300倍液防治菜青蟲等；用BT乳劑400-600倍液防治縱卷葉螟、稻飛虱和甘薯夜蛾等。
用BT乳劑1000倍液防治棉鈴蟲、菜青蟲、小菜蛾等；防治玉米螟，可用100億孢子/g菌粉，每667m用250g，兌水2000倍灌心葉，或每667m2用100-200倍的BT乳劑與3.5-5kg細沙充分混合，制成顆粒劑，灌入玉米大喇叭口。
可見，生物農藥作為壹類特殊的農藥，與化學農藥相比，使用技術要求更高，必須根據其特殊性合理使用。同時，我們也必須改變農民依賴化學農藥的傳統觀念，引導農民科學使用生物農藥，只有農民的觀念轉變了，才不會導致生物農藥的推廣應用舉步維艱。