制藥工程專業畢業的學生就業方向還是比較多的，選擇的崗位也有很多。他們可以到各類各級企事業單位從事中藥、化學藥、生物藥物的研發、生產、管理、監控、經營等工作。還可以到設備制造單位從事制藥設備的設計與開發、生產與制造、經營與服務等方面的工作。
制藥工程專業畢業找什麽工作基本上畢業生從事的崗位包括：生產、技術人員，在藥廠，從事藥品生產、技術工作。或者是質檢化驗人員，在藥廠、食品廠、藥檢所，從事食品藥品質檢化驗工作。又或者是藥劑師，在醫院藥劑科，從事制劑、質檢、臨床藥學等工作;在藥店、醫藥營銷公司，從事藥品使用指導咨詢等工作等等。
總而言之，就業的崗位還是非常多的。制藥工程專業畢業生壹般集中在制藥廠、醫院等單位從事藥劑師、藥局行政、制藥技術師等工作。
1、醫藥代表
醫藥代表是壹個非常不錯的選擇，基本上醫藥代表的薪資水平都是很高的，很多都是在1萬左右，甚至更高。這個方向是有壹定的吸引力的，不過民企或者小的制藥公司也有工資非常低的。當然，這個方向也算得上廣受詬病的職業，每天主要拜訪客戶，每天實際上與醫生交流的時間不到壹個小時，花在等待和交通方面的時間確不少。
2、藥品銷售員
雖然說藥品是人們生活的必需品，可能很多人都覺得沒有必要主動去推銷，但妳要知道現在壹種藥很可能都有十幾個產家再生產，競爭還是比較大的，想要在市場中占據壹定的優勢，藥品銷售占據著重要的地位。
制藥工程專業畢業的學生對藥品可以說是非常熟悉的，由他們去進行藥品的銷售，也會讓別人更加清晰，容易獲取別人的信任，從而促進合作。
3、考研深造
很多學生會滿足於現狀，為了提升自己的競爭力，可報考藥學專業、中藥專業、微生物與生化藥學專業、藥理學、藥劑學、藥事管理、發酵工程、化學工程等專業的碩士學位研究生。
制藥工程專業就業前景怎麽樣制藥工程作為以高新技術為依托的產業發展迅速。從全球看，發達經濟體醫藥市場增速回升，新興醫藥市場需求旺盛，化學仿制藥在用藥結構中比重提高，為醫藥發展帶來新的機遇。從目前行業的整體形勢來看，這個專業就業前景穩定且長期向好。
21世紀以來，中國制藥工業發展迅速，已成為世界制藥工業大國，制藥工業在保障人民身體健康和促進社會可持續發展方面發揮著越來越重要的作用，並已成為推動國民經濟發展的支柱產業和戰略性新興產業。