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我稱主人公叫小智吧，故事開始在真新鎮，小智在自己的房間，先別急著出門，取出電腦裏的小恢復藥，下樓出門，往上走準備出發。
剛進草叢就聽見“餵，小孩，小心草叢！”的聲音，聞聲望去，是鄰居口袋妖怪權威的大木博士。
“草叢裏生活著口袋妖怪，妳打擾了它們的生活。自己身邊沒有口袋妖怪保護是很危險的。跟我來吧。”隨後博士把小智帶進了他的研究所。研究所裏，博士的孫子、也就是小智的夙敵（這裏為他取名為小茂）也在，在壹翻長篇大論之後，博士會讓妳在桌上的三個精靈球中選擇壹個，分別是妙娃種子、小火龍和傑尼龜（註意這裏妳如果選妙娃種子，那麽通關之後妳能在全地圖隨機遇到炎帝，如果選小火龍就會遇到水君，傑尼龜的話自然就是雷皇），選完之後小茂也會從剩下的精靈中挑壹只（無賴的是他的那壹只在屬性上壹定是克制妳選的）博士會托妳去常磐市幫他取回包裹，OK，出發！可沒走幾步被小茂叫住了，他要和小智決鬥，打就打（我們還有藥呢）擊敗小茂之後就壹路向上到達常磐市，（路上草叢裏會遇到些口袋妖怪，不過等級都很低，順便打壹些練練級，實在沒血逃也可以）在商店那到包裹後返回博士的研究所，博士給了小智口袋妖怪圖鑒，以後只要是見過的口袋妖怪都會記錄到上面，抓到的口袋妖怪就會把該口袋妖怪的資料記錄上去，圖鑒就在按start後目錄的第壹項。同時5個精靈球到手。接著到研究所上方的房子裏（小茂的家），他姐姐會給小智地圖。
壹切準備完畢，冒險開始！
仍是到達常磐市，路上可以收服幾只口袋妖怪，（戰鬥中盡量減少對方的HP，然後打開包壹欄，按左右方向鍵可調節背包打開的位置，從左往右有三欄，分別是裝藥品之類、精靈球之類和重要道具，選中精靈球，扔出，抓住啦！不過有時候精靈會跑出來，那時我們就要考慮再扔或者再減少對方的HP了，除此以外，對方越強就越難抓哦，另外，有主人的口袋妖怪是絕對抓不到的！）先到商店買些東西以備不時之需，精靈中心可以為妳的精靈免費恢復體力（免費啊！！）此時若往左到達22號道路則會再次遇上小茂，（強烈建議選小火龍的玩家在這裏收服NO.29尼多蘭或NO.32尼多朗，後面有用）這次的他實力大幅升高，12級左右即可輕松打敗他，常磐市裏有個訓練管(GYM)，現在還不能進去，往上走剛要出村，卻不壹個老頭叫住了。原來他是要教小智抓口袋妖怪，會了的話也只有硬著頭皮在看他演示壹遍，（汗）他還給了小智壹個手提電視。（再汗）
壹路北上，來到常磐森林，這裏都是些蟲，妙娃種子會比較吃虧，小火龍7級時學的火苗在這裏可以大顯身手了，這裏還有出現率很低的皮卡丘哦，皮fan們不能錯過！這裏有不少訓練員，打敗他們會得到經驗值和錢，這是玩口袋的生存之道啊。
出了常磐森林通過2號道路來到尼比市，在精靈中心做好調整後就去挑戰這裏的訓練館吧，對手是使用巖石口袋妖怪的小剛，選妙娃種子和傑尼龜在這裏就有優勢了：妙娃種子10級學會的藤鞭、傑尼龜7級學會的泡泡、13級學會的水槍都可以輕易打敗他的小拳石和大巖蛇，而小火龍雖然攻擊力高，但由於屬性相克，只能幫對手瘙癢~~~~所以咯，前面收服的NO.29尼多蘭或NO.32尼多朗就有用武之地了，他們在12級學會的二段踢可以有效的打擊巖石口袋妖怪，擊敗小剛後獲得巖石徽章和技能39，往右剛要出鎮被壹個胖子叫住了，莫非又要教使用精靈球？！還好他送給小智壹雙跑鞋，以後走路時按住B就會跑起來，那叫壹個快呀！
離開尼比市來到3號道路,這裏有不少訓練師,當然他們不會乖乖把經驗和錢奉上,壹個個解決他們,血不夠就多跑幾趟精靈中心吧,那裏的草地裏稀有的口袋妖怪有NO.39胖丁（只有那裏才有）來到4號路的精靈中心三只主角在16級會進化壹次(別告訴我妳還沒到16級)至此至少應練到20級,精靈中心裏有人會向小智出售500元的鯉魚王(最差的精靈之壹),20級進化成暴鯉龍(很強),不買的話遊戲後期多的是。進精靈中心右邊的月見山，壹樓有塊月亮石，別錯過了，如果有尼多系列，16級進化後，再用月亮石進化就是最終型的尼多王和尼多後了，絕對可以充當隊伍的主力。山裏既有訓練師又有火箭隊的壞蛋，還有出現率低的NO.35皮皮，它和胖丁也是靠月亮石進化的哦。經過連翻苦戰在洞的盡頭遇到壹位考古學家，戰勝他之後可以在兩塊化石中二選壹（化石在後期可孵化成口袋妖怪），搞定出洞。出洞後右邊會有兩個格鬥家他們會教小智的精靈招式,分別是百萬噸飛腿和百萬噸拳擊,各有千秋,但是,並不是所有精靈都能學會的哦。之後壹直右走就到了華藍市（水），主角是草和水的就直接去把訓練館闖了吧，擊敗館主小霞可獲得水徽章和技能03。火的實在不行就先放著，這裏不象尼比市，妳不打完不去下壹個城市，以後有了實力再來吧。自行車店裏的車壹百萬呢，買不起的。往上來到小橋,擊敗5個訓練家和壹個火箭隊隊員,之後25號道路上依然是大批的訓練家,註意HP量,應該沒什麽大問題.壹路殺到壹個小屋,進去後見到皮皮壹只,上前詢問後得知他原是個人,名叫正樹，由於實驗失誤成了精靈，利用下方的電腦幫他恢復原樣，為表感謝，他送給小智壹長船票。回到華藍市，原本右邊房前的警察不見了，進屋後得知有小偷，從另壹端出屋，打倒壹名火箭隊隊員（這賊跑得是不是太慢了？），獲得技能28。繼續往下走，來到5號道路途中有個精靈飼養屋，可以留下口袋妖怪進行培養，下邊的黃金市檢查站警衛暫時不讓進市，所以只好走右邊的地下通道了，裏面有個小女孩，如果有尼多郎的話，可和她交換壹只尼多蘭（交換後的精靈在戰鬥中可獲得1.5倍的經驗值）。
通過地下通道，到了6號道路，壹直下走就到了枯葉市，精靈中心裏有人會送小智“挑戰器”見到以前對戰過的對手使用的話，就有可能再次戰鬥，不過每用壹次就要行走100步才能使用第二次，是非常方便的東西。在右邊的口袋俱樂部中，聽完會長的長篇大論後可獲得自行車兌換券，回到華藍市的自行車店後就可兌換壹輛自行車。海邊的小屋裏，釣手會送小智爛釣竿（的確夠爛，只能釣鯉魚王）訓練館門前有小樹擋路，暫時不能去，先去下面的碼頭搭船吧，船裏有好多訓練家，全部打倒吧！2樓的盡頭又會遇到小茂，此時他的實力又大幅增強，在3樓幫船長敲背後獲得HM01砍樹（HM系列的技巧可無限教精靈，在地圖上有必要的作用，非常重要！），下船吧。
主角現在應該練到36級左右了，建議在去訓練館之前先去枯葉市右邊的地鼠洞穴，裏面有出現幾率低的三地鼠，收服它吧。（以目前的級數和陣容來說，是個強有力的幫手）枯葉訓練館是使用電系口袋妖怪的，打開通往館主馬誌士的門的開關藏在垃圾桶下，有2個，必須壹次性找到哦，地面、火攻擊在此戰都有優勢，擊敗馬誌士後獲得雷電徽章和技能34（電磁波）繼續向右前進，
經過11號道路，來到12號道路處房子的2樓，大木博士的助手也在，此時如果已捕獲滿30種口袋妖怪，他會給小智壹個探寶機，上方的男孩可用尼多力諾交換尼多娜（什麽又是尼多？！）下樓，剛要繼續前進，發現壹只碩大的卡比獸擋在路當中，沒辦法，原路返回吧。
小智經過地鼠洞回到2號道路,途中的房子裏,可用凱西換取男孩的吸盤魔偶,以前無法砍掉的小樹現在也不是問題了,下邊的房子裏又有壹個博士的助手,如果此時已至少收服10種口袋妖怪,那他就會給小智HM01閃光,作用是在漆黑的山洞中擴大視野範圍。
重新經過尼比市的話，可砍掉尼比市博物館右邊的樹，進後門後，與中間的學者對話後獲得秘密的琥珀（又壹塊化石），右下的工作者可教精靈地球上投。
準回到華藍市，砍掉城市右邊的小樹來到9號路，又是壹大群的訓練家，打敗他們之後往下走，下面有個精靈中心，與裏面右側的博士助手對話可獲得不變石，帶在精靈身上可使精靈不進化，條件是必須捉滿20種以上的口袋妖怪。準備好之後就去左邊的黑暗隧道吧，裏邊漆黑壹片，用閃光吧，裏面有不少訓練者，建議帶好解毒藥和恢復藥，此外，道路比較復雜，但不難，要有耐心哦。
出了隧道就是紫苑鎮了,這裏並沒有訓練館,全鎮最高的建築就是右上方放的靈古塔,在鎮裏打聽,得知壹位老人失蹤了。小智上靈古塔調查，裏面有很多巫女，擁有幽靈系的口袋妖怪，在此，妙娃種子的招式會比較吃虧。另外，這裏無法霧狀的野生精靈，最後由於道路被霧狀精靈阻擋，唉，下樓吧。村裏人說要想識破霧狀的野生精靈就必須取得銀色保險絲盒。
往左經8號道路走進另壹條地下道路，出來經過7號道路就到達彩虹市了，先去編輯部大樓（百貨大樓右邊）2樓問老奶奶拿茶（把它給黃金市的門衛之後就可進市），從後門進編輯部大樓的話，可以在頂樓的桌上拿到衣布壹只。城市下面有個會館（草），首領利佳精靈如圖，火、冰、飛都能有效地打擊她，不壹會兒，小智勝出了，並獲得了彩虹徽章和技能19（百萬噸吸收，草屬性，攻擊力60，對手損耗的壹半HP補充給妳）。
百貨大樓頂部有個女孩，從旁邊的飲料販賣機買飲料給她以換取技能美味之水換技能16，精神蘇打換技能20，綜合水果汁換技能33。
走進位於城市中心的遊戲房，發現有個火箭隊隊員，上前對話，那家夥竟然要開戰，秒掉他之後說了壹句此地無銀三百兩的話後就鞋底抹油溜了（汗），在調查壁畫後，右邊出現了暗道，小智吸了口氣，沖了進去。
原來這個是火箭隊的秘密基地，壹定隱藏著什麽陰謀。地下壹層有壹扇門打不開，先下二層再說。從第二層開始會有很多單向通行的標記，踏上之後就會不停的向前滑行。雖然頭暈目旋，不過也難不倒小智。終於來到了第下第5層，打倒最裏面的火箭隊員後，逼他交出了電梯鑰匙，從第2層轉啊轉可以到達電梯。來到電梯內直接選第4層，終於見到了火箭隊的老大板木老人！不過也許他出門太急，沒來得及準備，也被小智秒了（汗）。打敗他以後他留下了小智壹直在找的銀色保險絲盒，趕快回去靈骨塔看看。
回到靈骨塔，由於有了銀色保險絲盒，霧狀的鬼斯、鬼斯通、卡拉卡拉也現出了原形，壹路趕到頂樓，原先阻擋住樓梯的怪物現身了：30級的嘎拉嘎拉。（它是全系列中唯壹壹只無法進行捕捉的野生口袋妖怪）打敗它之後上樓會受到三個火箭隊隊員的攔擊，在擊倒了成群的超音蝠和小拉達之後小智救出了被火箭隊綁架的老人，老人作為感謝，送給小智口袋妖怪之笛，有了它，就能喚醒擋路的卡比獸。
往左走來到黃金市的檢查站，這次有了茶可以通過了，城裏到處是火箭隊的人，不用說，已經被火箭隊占領了，在封鎖之下訓練館現在也不能去。在訓練館左邊有個格鬥道場（奇怪，這裏怎麽沒被封鎖？）進去砸場吧（汗），打敗道場首領之後可以從他身後的兩只口袋妖怪之中挑選壹個，分別是擅長用拳的艾比郎和擅長用腿的沙瓦郎。
下壹個目標就是位於黃金市中心的希魯佛公司總部，進去之前身上必須留有空位（為什麽？待會兒有人會送精靈給妳，什麽？妳不要，當我沒說）大樓***有11層，樓內每壹層都有傳送點，但是最好不要亂踩，因為傳到後來自己都不知道怎麽來的，很容易迷路，也很容易漏掉重要道具。只要壹層壹層往上走就沒問題。在第5層可以拿到鑰匙，這樣原先很多不能開的門都可以開了。在第3層中間屋子的傳送點來到第7層。小茂又再次出現，打敗他後和邊上的人說話，會意外的得到乘龍。往下面的傳送點走很快就可以到達BOSS板木老人處。（如果不想拿大量道具的話只要第5層拿鑰匙，第3層傳送到第7層就可以了）板木老大比上次強了不少，不過終究還是敵不過小智。這樣，這所大樓中的戰鬥總算結束了。和坐在沙發上的老總交談可以得到大師球。（全遊戲中只有壹個，無條件捕捉任何口袋妖怪）
整個城市都恢復了正常，訓練館也可以去挑戰了。超能系會館內分為壹間間小房間，其中由傳送點相連，要找到館主那姿是壹間較麻煩的事情，不過多走幾次應該可以找到。那姿實力很強勁，幽靈、蟲、惡都可以克制她，打敗她後可獲得技能04（冥想 特攻特防都上升壹等級）和黃金徽章。至此，小智已有5個徽章了！ 回到12號道路，有笛子吹醒卡比獸，醒來之後卡比獸會撲過來（460公斤啊、我寒壹個），30級的卡比獸很強勁，高防高攻不說，血少了還會睡覺，（遊戲中只有2只，捉住壹只即可，後面可以生小卡比）比較難捉，但要有耐心哦，收服之後那種喜悅感是無法用語言來形容的！
往下走，途中小屋裏的漁夫別忘了問他討高級魚竿（遊戲中最好的魚竿），壹路南下（途中訓練師不少的說）到達淺紅市（由彩虹市往左走，也有壹只卡比獸，上方的屋子裏的女孩會給小智HM02飛天 教會精靈可以自由來往已去過的城市，非常方便的招術，之後通過左面的單車道也會到達淺紅市。
先去城市上方的狩獵帶，這裏可以花500元買30個特殊的妖怪球，裏面有很多外面捉不到的妖怪，壹路走到狩獵場的深處，這裏有間小屋，同屋內的人交談可以得到HM03，水系的妖怪學習後就可以在水上移動了，還有假牙（就在拿HM03不遠的地方）。
出了狩獵場來到市內壹家人家（就是精靈中心右邊的房子），主人說他的假牙掉了要小智幫他找壹下，於是馬上還給了主人，主人熱心的把04號秘傳機給了小智，妖怪學習後可以推動大石頭。對著屋內的大石頭先練習壹下吧。隔壁的釣魚愛好者同樣會給主角壹根好的魚竿，比高級魚竿次些。
現在終於有空挑戰這裏的訓練館（毒）了。館中有個無形的墻，要來到館主阿菊那裏必須從外圍饒進去，與他對戰小心中毒和自爆，其余沒什麽，打敗他之後得到粉紅徽章和技能毒毒，這樣壹來就有6枚徽章入手。
從訓練館往下走,用HM04教會精靈沖浪,下水,經過19、20號道路，然後會遇見雙子島，登陸之後進洞。遇到有地洞和石塊的地方，就把
石塊推進地洞，這樣的話下面的激流就會緩解，之後下水往深處遊，最後會遇見急凍鳥，身為三神獸之壹，實力自然出眾，而且有50級，建議記錄之後再進行捕捉。
出洞後用飛天術飛回最初的真新鎮，回家找媽媽恢復體力後從真新鎮下面的水路出發，遊經21號道路到達水上都市紅蓮市，壹上岸就去左下方的研究室，第三個房間裏的工作人員會幫妳的化石、琥珀恢復精靈原貌。訓練館被鎖上了，進不去。所以先去左邊的大房子，調查壹樓的超夢的石像，開啟開關後右邊的鐵門會交互的開放，利用這個原理最後到達地下室，在壹張桌子上取得秘密鑰匙後，就可以打開紅蓮訓練館的門了。
紅蓮，顧名思義就是火的意思，館主夏伯是個火焰口袋妖怪高手，同時也是個很愛猜謎的人，手下的訓練員旁邊都有個猜謎機，回答正確後就可不進行戰鬥直接進下壹個房間（當然好戰分子可以直接打倒訓練師通過），擊敗夏伯後獲得火焰徽章和技能28大字爆 冒險，從蔓莎拉鎮開始了。不論是歐奇多博士的研究所還是競爭對手的家，都座落於這個城鎮中。前往至第1線路之後，歐奇多博士就會登場，乖乖的和他去研究所吧！桌子上有三個精靈球（妙蛙種子、傑尼龜和小火龍）去選擇壹個自己喜歡的PM（本人選擇傑尼龜），博士拜托妳去常磐市的友誼商店拿回托送物品，剛要離開，競爭對手前來挑戰，於是，妳的初次對決開始了（戰鬥過程中系統會有戰鬥提示，所以初學者不用擔心）輕松獲勝後，去常磐市友誼商店從店主那裏得到托送物品，回來交給博士，就會得到口袋怪獸圖鑒了，要離開家鄉的時候，千萬不要忘記去姐姐家裏索取地圖（城內地圖）那可是冒險必備之物。
通過了1號道路後，再次來到了常磐市，如果此時前往左邊的22號道路，就會再次與競爭對手戰鬥（依據此處戰鬥的勝負結果，競爭對手所擁有的pm進化形態也會發生變化），在遊戲的開始階段常磐市立體育館是無法進入的，所以只好向北方進發了（出口處的老爺爺會教妳如何進行pm捕捉，初學者好好學習壹下吧！）通過了2號道路的常磐之森出入站後就來到了神秘的常磐之森，這裏有不少pm訓練員，可以和他們進行挑戰以獲取經驗值和金錢,這裏的路上可以揀到教程訓練機，可以隨時提供在線演示，十分方便。森林裏生活著各種各樣的昆蟲系pm，如果這時有飛行系的pm在隊伍中，會對戰鬥十分有利！
走出森林後，來到了日比市，如果認為pm等級夠高的話，就去挑戰日比市立體育館的小剛吧，看過動畫的人應該知道，他可是訓練巖石系pm的高手。打敗他以後獲得了灰色徽章和39號訓練機（巖石封印 100％追加效果讓敵人速度下降壹個等級）日比市最著名的科學博物館是向遊人開放的，只要花50元就可以進入參觀，裏邊可以看到傳說中的口袋妖怪化石鐮刀盔和化石翼龍的骨骼標本，二樓還可以看到航天飛機的模型，有壹對親子雖然很想要主角身上的pm，但是因為和所有人很熟識地緣故，所以只好放棄了。
離開了日比市，來到了3號道路，這裏到月見山洞之間有八位訓練員登場，好好利用月見山洞入口附近的pc進行及時的回復吧，在pc大廳左上角會有人出價500元賣秘密pm,其實就是鯉魚王，玩過紅綠藍的朋友應該不會上他的當了吧。
壹切準備就緒以後，就可以進入月見山洞了，裏邊同樣有很多訓練員等候主角的挑戰，而且，還有身穿黑色衣服的火箭團擋路，經過了重重難關終於到達了山洞的另壹端，這時會和考古專家對戰，戰勝後取得化石的其中壹種（左邊龜殼化石，右邊甲殼化石）不管是做什麽用的，先出洞再說（pm快撐不住了啊）
來到空曠的4號道路，途中會遇到兩個格鬥家，可以向他們學習威力強大的招式，左邊的會教授百萬噸拳擊，右邊的會教授百萬噸飛踢（好懷舊的招式啊！）壹定要記得讓妳的pm學習，之後來到了著名的水都（守護神?）——花田市，在花田市中，擁有水系pm的館主小霞（KASUMI~~)早已經做好準備在此等候著主角的到來，將其擊敗後可以取得藍色徽章和03號訓練機（水波動 有20％可能性追加效果讓對手進入混亂狀態），在pc左邊的屋子裏，老人會向妳交換蚊香蛙，但是妳要有紅唇姐（就是冰系＋超能力系的那個人形pm)才可以換得，左上方民居內的老人會給妳解釋各屬性的特點，現在如果沒有兌換卷的話，自行車價格簡直是天文數字（1000000元）所以不要理會，向北方繼續前進。
剛到24號道路，競爭對手再度出現，他的pm非常厲害，屬性也很全面，要用相克的屬性招數來對付，戰勝後他會送給主角類似於前作口袋導航儀的裝置，主要用於和重要人物、館主進行聯絡。在離開了花田市後，來到了黃金球大橋，只要打敗橋上的五名挑戰者並擊敗火箭團員（剛開始說話還挺客氣，後來狐貍尾巴就露出來了）就可以獲得金球最為獎勵，進入25號道路後仍然有許多挑戰者嚴陣以待，註意善用恢復道具，繼續向前走會看到壹個小屋，屋裏面只有壹只皮皮，和他對話後發現原來是個人，等他進入交換機以後操作下邊的電腦就可以幫助他回復原狀，為了表達謝意，他會送給妳非常重要的SANDOANNU號輪船的船票。再度回到花田市，右邊房子門前的警衛會讓開，進入後發現屋內壹片狼藉，順著腳印從後邊的洞口出去，會遇到火箭團的人（真是無惡不作，讓人家怎麽住啊？）好好教訓他壹頓以後，他留下了28號訓練機（挖洞 蓄力壹回合第二回合攻擊，可用於逃出迷宮）逃之夭夭。繼續向下方前進，就來到了5號道路，順著坡道下來可以進入口袋育成屋，可以在這裏存放妳的pm進行養育，下邊的山吹市檢查站有檢查人員暫時無法通過，所以，只好走右邊的地下通道了，入口處的小女孩可以用尼多娜換取尼多蘭。
通過了地下通路，來到了6號道路，這個地區有兩對男女組合，要小心應付。壹直向下就來到了枯葉市，在pc大廳的櫃臺前有人會送妳遠程呼叫器，這個東西可以讓妳反復挑戰已經挑戰過的訓練員，
只要在此人附近使用就可以進行“挑釁”但是，每呼叫壹次都要蓄電，所以，還算是有用的東西。在口袋人氣俱樂部內，如能忍受會長的長篇大論，就可以從他那裏拿到自行車兌換卷（還記得上邊提到的天價自行車嗎？現在可以免費獲得了！）在海邊的小屋裏和釣魚人談話可以獲得初級吊桿。由於，枯葉市修行場前邊的道路被小樹阻擋無法通過，所以，還是先上船再說吧！向水手出示了船票之後就可以進入SANDOANNU號了。
在船艙的客房裏又很多遊客會與主角對決，所以，回復自然是少不了的，壹進門右數第二個房間裏，和女孩說話就可以進行回復了。在底層餐廳的垃圾桶裏可以找到放樹果的袋子，以後可以通個這個道具存儲各種果實。來到二層船長室門前和競爭對手進行第四次戰鬥後，進入船長室和船長說話就可以得到01號秘傳機（居合斬 普通攻擊技巧，可以破壞小樹和草地），剛離開了SANDOANNU號，船就離去了。
讓隊伍裏的pm學習居合斬以後，破壞枯葉市修行場前邊的小樹後，就可以進入挑戰了，館主是電系pm的使用者馬奇士，這裏要註意壹下，修行場內的機關比較麻煩，建議消除第壹個光柱以後存個檔，兩個光柱全部關閉以後就可以進入挑戰了，戰勝後可以獲得橘色徽章和34號訓練機（電擊波 必定命中對手）繼續向右前進，經過11號道路，來到12號道路入口的2樓，歐基德博士德助手在此等待主角的到來，只要現在捕捉pm數量在30只以上，就可以和他換取探寶機，相信大家對這個儀器都不陌生了，它可以尋找地圖上的隱藏物品，上方的男孩會那尼多利換取尼多利娜，剛要準備向12號道路前進，壹只碩大的卡比獸就擋在了路的中央，阻止了前進的道路，沒辦法，只好原路返回。
來到11號道路，這裏會看到地鼠洞穴，從這裏可以回到以前經過的2號路，途中的房間找玩gba的男孩可以用凱西換取吸盤魔偶，以前被小樹阻擋而無法通過的地方現在也可以通過了，下邊的房子裏可以拿到05號秘傳機（閃光 使對手命中率下降壹個等級，可以擴大黑暗中的視野範圍）條件是必須要捕捉到10種不同的pm，壹定要記得拿啊！
下壹個目標就是曾經去過的花田市了，途中會經過日比市，科學博物館右側的樹現在可以破壞了，從這裏可以進入到博物館的後門，和中間的學者說話後，得到秘密的琥珀（請大家記住這個物品，以後要用到的）右下角的工作人員會教授格鬥系代表招式地球擲（傷害值和等級相同）幾經周折，又回到了花田市，這回有了居合斬的幫助右邊的通路也沒有問題了（玩這個遊戲記憶力不好可不行）把擋路的小樹砍掉後來到9號道路，經歷了眾多訓練員的戰鬥後，來到了巖山隧道旁的pc進行回復，pc中心大廳右邊的白衣人會給妳不變之石，條件是要捕捉20種不同的pm,回復完畢後進入巖山隧道！
隧道內漆黑壹片，只有有限的壹點可視範圍，幸好之前拿到了05號秘傳機閃光（之前沒拿到的可別怪冷羽我沒提醒過妳啊！這壹代用完閃光以後的可是範圍變為全屏了呢，方便！）洞穴裏的結構比月見山洞略顯復雜，主要是圍繞兩層轉，訓練員以怪獸小子和登山者為主（我的水箭龜專克這類訓練家的pm)離開巖山隧道後經過10號道路來到了著名的鬼市——紫苑市。 紫苑市給人壹種非常神秘感覺，座落於城市東方的靈骨塔更是雲霧繚繞。由於城市並不寬闊，所以，當中也沒有設立GYM，這些大概都應該要怪罪於為了慰藉口袋妖怪靈魂而興建的口袋妖怪靈骨塔了吧？雖然總覺得散發著些許令人害怕的妖氣，但是，還是阻止不了我們的調查行動。位於城中的是義工之家，聽家裏人講，身為義工之家長老的富士老人，自從靈骨塔之後就行蹤不明了，南方的小屋是姓名占蔔師家，可以給妳的pm更改姓名。為了解救老人，我闖入了靈骨塔，塔內的訓練員全部是巫女，使用的是幽靈系pm，建議大家用惡系的招式對付，遇到的敵人都是呈霧狀的，所以無法進行實體攻擊，只有逃跑。（第五層有壹個結界可以進行回復，中央取得靈符）當我即將到達最高層時，在樓梯前遇到壹個30級的霧狀pm,由於無法進攻也無法前進的緣故，我只好離開了靈骨塔去尋找破低的其他方法……從鎮上人那裏得知，要讓黑霧現身只有去玉蟲市取得銀色保險絲盒，所以，只有先離開這裏了。
從左邊出城經過第8號道路，由於通往山吹市的入口有警衛看守，所以暫時從上邊的地下通路走吧。（怎麽總是地道戰啊？）出了通路經過第7號道路來到了最繁華的玉蟲市，首先利用居合斬到達玉蟲市立體育館，館主是喜愛花草的草系pm訓練員艾利卡，戰勝後獲得綠色徽章和19號訓練機（強力抽取 命中後將傷害值的壹半進行恢復）現在要去百貨頂樓購入壹些飲料（送禮用）給旁邊的小女孩可以得到回報，送她美味之水可以得到16號訓練機 精神蘇打可以得到20號訓練機 綜合水果汁可以得到33號訓練機。另外，從右邊大樓後門進入的話，在頂層的房間桌子上可以拿到依布。關於本市的遊戲大廳的遊戲介紹，我就不再做文章了（請各位會員期待以後的詳解吧！）大廳右邊壁畫前有個火箭團員形跡可疑，和他說話居然大打出手，將其擊敗後調查壁畫，發現右邊出現樓梯，這裏應該就是火箭團的地下指揮部了。
火箭團的地下指揮部壹***分為四個場景，有兩個場景都會出現傳送帶機關，要先看好傳送路徑以後在去踩，千萬不要太心急，因為這樣會更加麻煩的。既然是火箭團的基地，訓練員肯定是壹水的團員了，輕松的來到B4F,擊敗左上方房間內的團員以後，他會交給妳電梯鑰匙，進入電梯（每層的右下方紅門）使用電梯要是以後就可以進行樓層選擇了，來到B4F，門口有兩個團員要壹壹擊敗門才會開放，裏邊坐在沙發上的就是火箭團的魔王——薩克奇，他的pm是大巖蛇 鐵甲犀牛和袋熊，擊敗他以後可以拿到銀色透鏡（還記得這個東西嗎？它就是可以破除靈骨塔內黑霧的關鍵道具）現在可以順原路返回紫苑市了。
再度進入神秘的靈骨塔，由於有了銀色透鏡的幫助，這下就可以看清黑霧的真正身份了，原來是壹只30級的格拉格拉（它是無法進行捕捉的）擊敗它以後進入塔頂，