根據上述職責，市商務局設16個內設機構：
（壹）辦公室
負責文電、會務、機要、檔案、機關後勤等日常工作；起草綜合性文件；承擔政務信息、對外宣傳、保密、信訪、安全保衛、綜合治理等工作。
（二）政策法規科
擬訂全市對外貿易、對外經濟合作和內貿流通的地方性法規、規章和政策措施；研究商務領域發展趨勢，圍繞對外開放、區域和次區域合作、內貿流通等商務工作中的重點、熱點、難點問題提出政策建議；負責部門規範性文件的審查備案相關工作；組織開展反傾銷、反補貼、保障措施的實施及與進出口公平貿易相關工作；協助做好商務領域反壟斷調查工作；組織開展產業損害調查和維護產業安全的相關工作；負責機關依法行政等工作。
（三）市場秩序科
承擔牽頭協調整頓和規範市場經濟秩序的相關工作；推動商務領域信用體系建設，指導商業信用銷售，建立市場誠信公***服務平臺，推進商務綜合行政執法工作；負責研究擬訂我市藥品流通行業發展規劃和有關政策，監督實施有關行業標準；配合實施國家基本藥物制度，提高行業組織化程度和現代化水平，逐步建立藥品流通行業統計制度，推進行業信用體系建設，指導行業協會實行行業自律，開展行業培訓，加強國際合作與交流；參與組織打擊商務領域侵犯知識產權和商業欺詐的專項整治工作；承擔畜禽屠宰行業管理工作；負責酒類流通管理工作。
（四）市場體系建設科（商務信息化科）
組織起草市場體系建設的地方性法規和實施細則；推進流通標準化；牽頭組織規範零售企業促銷行為；指導大宗產品批發市場規劃建設和城市商業網點規劃、商業體系建設和內外貿壹體化區域性商貿物流基地建設工作；推進農村市場和農產品流通體系建設；按有關規定對拍賣、典當、租賃、汽車流通、舊貨流通行業等進行監督管理；按規定對報廢汽車回收、老舊汽車更新進行監督管理。擬訂南寧市商貿領域信息化發展規劃、運用電子商務開拓國內外市場的相關管理辦法並組織實施；貫徹落實商務領域電子商務相關標準和規則；建立完善南寧市商務信息公***服務體系；承擔局電子政務及政府網站管理工作；組織進出口預警、市場運行和商品供求監測體系建設。
（五）商貿服務管理科
負責全市商貿服務業（含餐飲業、住宿業）的行業管理工作；按照有關規定對成品油流通進行監督管理；指導流通企業體制改革和發展工作，提出促進商貿企業發展的政策建議；指導社區商業發展、流通領域節能降耗、再生資源回收工作；負責全市商貿、流通服務行業安全管理工作；制定並組織實施商貿、流通服務業行業企業事故防範措施和安全生產檢查。
（六）市場運行調節科
監測分析市場運行、商品供求狀況，調查分析商品價格信息，進行預測預警和信息引導；承擔建立健全生活必需品市場供應應急管理機制相關工作；承擔重要消費品儲備（肉類及部分生活必需品等）管理和市場調控的有關工作。
（七）物流科
研究流通領域現代物流業發展方向，組織編制本市流通領域現代物流發展規劃並指導實施；擬訂本市發展流通領域現代物流業的政策、措施、標準並指導實施；指導和推進商貿物流企業兼並重組，指導商貿企業與物流企業聯動發展；協調、推進物流倉儲、配送等重大項目建設工作。
（八）會展科
組織編制全市會展業發展規劃，擬訂會展業發展相關政策和措施；負責全市會展行業的規範管理工作；負責本市會展的統籌規劃、協調管理、綜合評估和指導服務；負責會展專項資金管理和使用；培育和發展會展市場，引進和培育會展品牌；指導縣區開展地方特色節慶活動；指導會展行業協會，促進會展行業健康發展。
（九）對外貿易科
擬訂全市對外貿易發展戰略、規劃並組織實施；負責自治區下達我市的重要工業品、原材料和重要農產品（除糧食、棉花外）進出口計劃的組織實施；負責進出口商品配額、關稅配額的申報並組織實施；指導、協調進出口商品許可、兩用物項和技術進出口許可工作；指導協調外貿促進體系建設；監測、分析對外貿易運行狀況，研究外貿運行和結構調整中出現的重大問題，提出相關措施建議；負責本市對外貿易經營者登記備案工作；組織、管理和指導境內外涉外商品交易會；指導、督促對外貿易企業的安全生產工作。
（十）加工貿易科（行政審批辦公室）
組織實施有關加工貿易的政策、法規和管理辦法，制定加工貿易發展規劃、促進措施並指導實施；負責加工貿易企業的經營狀況及生產能力的核查，依法辦理加工貿易批準證；負責對加工貿易企業執行有關政策、法規和管理辦法的情況進行監督檢查；引導加工貿易梯度轉移和轉型升級；指導、督促加工貿易企業的安全生產工作；牽頭負責行政審批工作。
（十壹）機電和科技產業科
組織實施機電產品和高新技術產品進出口發展規劃和年度計劃；協助機電產品進出口和技術貿易管理工作；承擔機電產品和高新技術產品進出口以及服務貿易促進工作；負責科技興貿項目申報和組織實施。
（十二）對外經濟合作科
貫徹執行境外投資管理辦法；指導、協調對外承包工程、勞務合作、設計咨詢等；貫徹執行中國公民出境就業的管理政策，承擔外派勞務和境外就業人員的權益保護相關工作；指導、協調全市企業對外投資開辦企業(金融企業除外)；負責外援項目和對外援助項目實施情況的檢查工作；指導協調境外經濟貿易合作區和農業技術示範中心的有關工作。
（十三）口岸規劃科
擬訂南寧口岸發展規劃並協調組織實施；會同有關部門督促檢查南寧口岸基礎設施建設、技術改造及其配套工程的同步建設情況；提出南寧口岸設立、撤銷、重新啟用、恢復運行的意見；負責口岸專項資金的管理和使用；負責口岸運行的統計及口岸接待工作。
（十四）口岸管理科
協調組織口岸的集疏運工作；監督口岸各單位執行和遵守國家涉外政策和紀律，會同有關部門對口岸重大涉外問題和嚴重違法違紀的情況進行調查，提出處理意見；擬訂河港、空港、陸運口岸的管理辦法；負責南寧口岸“大通關”的組織協調工作；協調口岸各單位之間的工作。
（十五）財務科
擬訂自治區及南寧市安排的各項內外貿易發展專項資金使用計劃並監督管理；統籌管理機關行政經費及各項業務專項經費等；編報機關及所屬單位預決算；負責本部門的資產管理、內部審計監督和所屬單位負責人經濟責任審計工作。
（十六）人事科
承擔機關及所屬單位機構編制、人事管理、隊伍建設、教育培訓等工作；指導計劃生育工作；負責機關及所屬單位的黨群工作。
離退休人員工作科 負責機關離退休人員工作，指導所屬單位的離退休人員工作。
機關黨組織 負責機關及所屬單位的黨群工作，具體工作由人事科承擔。
紀檢監察室 負責機關及所屬單位紀檢監察工作。