(1)辦公室。
負責文電、會議、機要、檔案、督查等機關的日常運行；承辦政務公開、安全保密、信訪等工作。
(2)辦公廳。
貫徹有關食品藥品安全的方針政策，研究制定食品安全、藥品、醫療器械、化妝品監督管理的重大政策；負責重要文稿的起草；負責食品藥品安全統計。
(3)法律事務部。
起草食品安全、藥品、醫療器械、化妝品監督管理方面的地方性法規草案；承擔本局規範性文件的合法性審核工作；承辦相關的行政復議和行政訴訟；制定相關行政許可制度並監督實施；管理行政許可的受理。
(4)食品安全協調監督辦公室。
承擔省食品安全委員會辦公室的日常工作；負責食品安全綜合整治和管理，督促重大食品安全事故的調查落實；制定全省食品安全監管抽檢工作計劃並組織實施；參與制定食品安全風險監測計劃並組織相關工作。
(5)食品生產監督辦公室。
承擔食品安全生產的監督管理。負責食品生產行政許可的實施和監督；組織實施食品安全監督檢查和生產質量監控；組織查處食品生產中的違法行為，參與相關食品安全事故的調查；組織實施不安全食品召回制度；指導小作坊食品安全監管。
(6)食品流通監管辦公室。
承擔流通領域食品安全的監督管理。負責監督食品流通行政許可；組織實施流通領域食品安全監督檢查和質量監測；組織查處食品流通中的違法行為，參與相關食品安全事故的調查；指導小攤販食品安全監管工作。
(7)餐飲服務食品監督所。
承擔餐飲服務食品安全的監督管理。負責監督食品和餐飲服務行政許可；組織實施餐飲服務食品安全監督檢查和質量監測；組織查處食品和餐飲服務中的違法行為，參與相關食品安全事故的調查；指導和協調重大活動的餐飲安全保障工作；指導小餐館食品安全監管工作。
(八)保健食品和化妝品監管部門。
承擔保健食品和化妝品的監督管理工作。負責相關行政許可的實施和監督；組織實施保健食品和化妝品質量管理標準；組織實施保健食品和化妝品的監督檢查和質量監測；承擔化妝品的強制檢驗；組織查處相關違法行為。
(9)藥品註冊。
組織實施藥品標準；審查直接接觸藥品的藥品、藥用輔料、包裝材料和容器的註冊，審批醫療機構配制的制劑，藥品再註冊和審批不改變藥品內在質量的補充申請；監督藥物研究相關質量管理標準的實施；組織實施中藥品種保護制度。
(10)藥品生產監督所。
承擔特殊藥品和生產藥品的監督管理。負責實施藥品生產和醫療機構設置制劑室的行政許可；監督良好生產規範的實施；負責藥品不良反應的監測；組織查處藥品生產違法行為，參與相關藥品安全事故的調查；組織實施問題藥品召回制度；承擔放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品和藥品類易制毒化學品的監督管理；承擔藥品出口的相關監管工作。
(十壹)藥品市場監管部門。
承擔藥品經營和使用的監督管理工作。負責藥品交易行政許可的實施和監督；監督藥品經營和使用質量管理規範和分類管理制度的實施；配合實施國家基本藥物制度；制定全省藥品監督抽檢工作計劃並組織實施；組織查處藥品經營和使用過程中的違法行為，參與相關藥品安全事故的調查；承擔藥品廣告許可管理、互聯網藥品信息服務和交易服務。
(12)醫療器械監管辦公室。
承擔醫療器械的監督管理工作。負責醫療器械生產經營行政許可的實施和監督；監督醫療器械標準和分類管理制度的實施；承擔醫療器械產品的註冊工作；監督醫療器械相關質量管理標準的實施；承擔醫療器械的抽樣檢驗、不良事件的監測和再評價；組織查處相關違法行為；承擔醫療器械廣告的審批工作。
(十三)宣傳與應急管理辦公室。
承擔食品藥品安全科普、新聞、信息發布和應急工作；實行食品藥品安全信息統壹發布制度；承擔食品藥品安全應急體系建設相關工作，組織重大食品藥品安全事故的應急處理和調查，指導和協調市縣食品藥品安全事件的應急處理；推進食品藥品安全信用體系建設。
(14)科技與標準司。
組織實施食品藥品監督管理科技項目；負責食品藥品檢驗檢測系統、電子監管追溯系統和信息化建設；負責食品藥品檢驗檢測機構的資質認定，並監督檢驗標準的實施；制定醫療機構制劑標準和中藥飲片炮制規範並監督實施；參與制定並監督實施食品安全、藥品、醫療器械和化妝品標準，以及直接接觸藥品的包裝材料和容器目錄、藥用要求和標準。
(十五)人事處(掛對外交流與合作處牌子)。
負責局機關和直屬單位的機構設置、人事管理和外事工作；指導食品藥品監督管理隊伍建設和人員培訓；負責執業藥師資格制度的實施；組織對外交流與合作。
(16)計劃財務部。
組織制定和實施食品藥品安全規劃；負責食品藥品相關專項資金的管理；負責局機關財務和國有資產管理；指導局直屬單位的財務和國有資產管理工作。
離退休幹部部。負責局機關退休人員的管理和服務工作，指導局機關直屬單位退休人員的管理和服務工作。
機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作，日常工作由人事部門承擔。