《畜禽規模養殖汙染防治條例》第二條規定："畜禽規模養殖場、養殖小區汙染防治適用本條例"。表明該法的適用範圍為規模化畜禽養殖場、養殖小區。水汙染防治法》第 49 條："畜禽養殖場、養殖小區應當保證其畜禽糞便汙水綜合利用或者無害化處理設施正常運行，確保廢水達標排放，防止汙染水環境。"表明該規定的適用範圍為規模化畜禽養殖場、養殖小區。
同時，《水汙染防治法》第七十六條第八款規定："利用滲井、滲坑、裂隙或者溶洞排放、傾倒含有毒汙染物的廢水、含病原體的汙水或者其他廢棄物的，由縣級以上人民政府環境保護主管部門責令停止違法行為，限期采取措施消除汙染。"處以罰款。該條所指的 "含有病原體的汙水或者其他廢棄物 "在現階段缺乏明確的法律界定，很難直接用於畜禽養殖汙染案件中。
《固體廢物汙染環境防治法》對農業和畜禽養殖業固體廢物的處理沒有明確規定。
綜上所述，現階段環保部門對規模化畜禽養殖經營者汙染環境的行為不能依法作出罰款等行政處罰。
二、如何移送公安機關
公安部、工業和信息化部、環境保護部、農業部、國家質量監督檢驗檢疫總局發布的《行政機關移送環境違法案件適用行政拘留暫行辦法》第二條規定："縣級以上環境保護主管部門或者其他負有環境保護監督管理職責的部門尚未移送的案件，適用本辦法。環境保護監督管理職責辦理的案件，尚不構成犯罪，依法作出行政處罰決定後，仍需移送公安機關實施行政拘留的"。
因此，對違法行為作出處罰決定是移送公安機關的前提條件。本案中，日照市環保局作出的《責令停止排汙》行政命令，不屬於《行政處罰法》規定的處罰種類。
但根據公安部治安管理局編制的《<行政機關移送適用行政拘留環境違法案件暫行辦法>理解與適用》解釋，"實踐中，對違法行為的處理不屬於《行政處罰法》規定的處罰種類，但只要有專用文書，並加蓋縣級以上公章，應視為已作出公章，應視為已作出行政處罰決定。"
針對養殖經營者未正常運行汙染防治設施，養殖廢棄物通過滲坑直接排放的事實，根據《環境保護法》第六十三條第三款的規定，"責令停止排汙 "可以視為行政處罰，移送公安機關處理。
目前，未達到規模化標準的中小型養殖業，不配套建設或不正常運行汙染防治設施，養殖汙水、糞便直接排入外環境的現象仍然存在。
在實際工作中，規模以下養殖經營戶的具體監管責任在當地政府，沒有明確的法律法規來限制其生產經營行為，環保部門基本不直接處理這類案件，多轉由鎮街通過說服教育或其他方式解決，難以取得良好效果。
2014年1月1日起施行的《畜禽規模養殖汙染防治條例》（國務院令第643號）是現行畜禽養殖汙染治理的專門法律法規，其中明確規定："畜禽養殖場、水產養殖小區具體規模標準由省級人民政府確定。"
按照《山東省畜禽養殖業汙染物排放標準》對畜禽養殖場適用規模的界定，肉鴨養殖規模標準為15000只（按存欄數計算），而該養殖場涉及的存欄數僅為6500只左右，並未達到規模標準。