藥物治療：
1.足葉草脂療法：適用於濕潤區域的濕疣，例如發生於包皮過長而未曾作包皮環切手術的龜頭濕疣。
2.殺病毒藥物：目前主要使用大環三萜類抗病毒藥物。大環三萜可殺死潛藏在皮膚黏膜中的HPV病毒。本法療程長，疣體脫落比較慢，但復發率很低。
3.腐蝕劑或消毒劑：常用30%～50%三氯醋酸，或飽和二氯醋酸，或18%過氧乙酸。用10%水楊酸、冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸餾水100ml混合溶液，點塗局部，用於龜頭、肛周濕疣，每日或隔日壹次，效果很好。消毒劑可用20%碘酊外塗，或2.5%～5%碘酊註射於疣體基部或用新潔爾滅外塗，或以0.1%～0.2%外敷，後者需配合全身療法。
4.抗癌藥：①2.5%～5%氟尿嘧啶濕敷治療陰莖、肛周尖銳濕疣。也可用聚乙二醇作基質，加入占其幹質5%的5-Fu氟尿嘧啶粉劑制成栓劑，治療男性尿道內尖銳濕疣。也可用5-Fu氟尿嘧啶基底註射，多者可分批註射。②噻替哌主要用於5-Fu氟尿嘧啶治療失敗的尿道內尖銳濕疣，副作用有尿道炎。亦可用本品10mg加入10ml生理鹽水浸泡患處，治療男性陰莖、龜頭冠狀溝濕疣。主要用於經其他方法治療後，尚有殘存疣體或復發者。也可將此溶液再稀釋兩倍浸泡局部，以預防復發。③秋水仙堿 2%～8%的生理鹽水溶液外塗治療陰莖濕疣，塗後可出現表淺糜爛。
相關藥品：
鬼臼毒素酊
手術治療：
對於單發、面積小的濕疣，可手術切除；對巨大尖銳濕疣，可用Mohs氏手術切除。手術時用冷凍切片檢查損害是否切除幹凈。
其他治療：
1.冷凍療法
用-196℃低溫的液體氮壓凍法治療尖銳濕疣，促進疣組織壞死脫落。本法適用於數量少，面積小的濕疣。可行1～2次治療，間隔時間為壹周。
2.激光治療
通常用CO2激光燒灼法治療尖銳濕疣。本法適用於陰莖或肛周的濕疣。對單發或少量多發濕疣可行壹次性治療，對多發或面積大的濕疣可行2～3次治療，間隔時間壹般為壹周。
3.電灼治療
用高頻電針或電刀切除濕疣。本法適用於數量少，面積小的濕疣。
4.微波治療
可使用微波手術治療機，將其桿狀輻射探頭尖端插入尖銳濕疣直達疣體基底，行熱輻射凝固治療。。凝固的病竈可以用鑷子夾除。為防止復發，可對殘存的基底部重復凝固壹次。
5.β-射線治療
療效好，無痛苦，無損傷，副作用少，復發率低，在臨床上有推廣