壹旦檢查報告顯示為支原體衣原體呈陽性，並伴有明顯不適的癥狀時，患者應優先給予敏感的抗生素治療，臨床上常用的抗生素有克拉黴素、阿奇黴素、美滿黴素、多西環素等。壹般使用這類藥物需服用3~7天，停藥壹個星期後復查，若報告顯示支原體衣原體已經轉陰，且自身已無不適的癥狀，則表示已經痊愈，若檢查後支原體衣原體仍是陽性或仍然有不適的癥狀出現，則此時就需要更換治療的藥物或直接選擇其他的方法來治療。
支原體衣原體感染合並其他生殖系統炎癥或出現反復感染的情況下，患者可考慮使用中藥治療
若支原體衣原體感染已經引發了其他生殖系統炎癥，或經抗生素治療後自身仍有不適的癥狀，則此時若繼續使用抗生素來治療的話不但不能起到治療的效果，而且還可能會出現耐藥性，因此患者可考慮使用安全無副作用的中藥來治療。
由於女性感染了支原體衣原體後其會以子宮頸為中心進行擴散，從而引發其他生殖系統炎癥，如宮頸炎、輸卵管炎、子宮內膜炎等，會使患者出現下腹部疼痛、陰道口紅腫、瘙癢、刺痛、白帶異常、月經不調等癥狀，而根據中醫理論可知，患者出現的下腹部疼痛、陰道口紅腫、刺痛的癥狀是由氣血運行不暢所導致的，白帶異常、月經不調等癥狀是由脾虛導致下焦濕熱引起的。
在治療時要以活血化瘀、健脾利濕為主，比如說中藥婦炎丸治療女性支原體衣原體感染效果就很不錯。此中藥配方不僅能夠針對性的治療支原體衣原體感染及其引發的多種並發癥，而且在治療的同時還可以幫助患者調節內裏、平衡氣血、提高免疫力，從而達到標本兼治的效果。