1、定義不同：備案是保健食品生產企業依據相關要求，將表明產品安全性、保健功能和質量可靠性的材料遞交給相關部門進行存檔、公開、備查的過程。註冊則是相關部門對申請註冊的保健食品的安全性、保健功能和質量可靠性等相關材料進行系統評價和審評，並決定是否準許其註冊的審批流程。
2、監管機構不同：國家藥品監督管理局負責保健食品註冊管理，而省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門則負責本行政區內的保健食品備案。
3、申報產品範疇不同：對於國產保健食品，備案產品使用的原料應列入保健食品原料目錄，使用保健食品原料目錄以外的原料的產品應申請註冊。對於進口保健食品，備案產品應為首次進口的屬於補充維生素、礦物質等營養物質的保健食品（即營養素補充劑）；除營養素補充劑外，其他首次進口的保健食品需要申請註冊。
4、試驗要求和卷宗要求不同：除了註冊和備案均需要開展的試驗外（如3批次產品的功效成分或標誌性成分、衛生學、穩定性檢驗），註冊需要額外開展多項試驗，主要包括毒理學試驗、動物功能試驗和（或）人體試食試驗等。此外，註冊需要提交完整的產品研發報告，而對備案產品而言，由於從原料到產品的要求都是規範化、標準化的，因此無需提交產品研發報告。
保健品備案所需材料如下：
1、保健食品備案登記表：這是申請備案的必備文件，需要詳細填寫產品的基本信息，包括產品名稱、規格、主要原料、功效成分或標誌性成分及含量、適宜人群、不適宜人群、食用方法及食用量等。
2、產品配方：需要提供產品的配方，包括原料、輔料、添加劑等，並註明其用量和比例。
3、生產工藝：需要提供產品的生產工藝流程，包括原料處理、加工、包裝等各個環節的具體操作方法。
4、質量標準：需要提供產品的質量標準，包括感官指標、理化指標、微生物指標等方面的要求。
5、安全性評估報告：需要提供產品的安全性評估報告，包括毒理學試驗、功能學試驗、穩定性試驗等方面的結果。
6、標簽和說明書：需要提供產品的標簽和說明書，包括產品名稱、主要原料、功效成分或標誌性成分及含量、適宜人群、不適宜人群、食用方法及食用量等方面的信息。
7、其他相關材料：根據具體情況可能需要提供其他相關材料，如原料供應商的質量保證文件、生產商的生產許可證等。
綜上所述，不同地區的備案要求可能略有不同，具體所需材料還需根據當地的要求進行準備。同時，為了確保備案的順利進行，建議在提交材料前進行仔細核對，確保所提供的材料完整、準確、合規。
法律依據：
《中華人民***和國食品安全法》
第七十六條
使用保健食品原料目錄以外原料的保健食品和首次進口的保健食品應當經國務院食品安全監督管理部門註冊。但是，首次進口的保健食品中屬於補充維生素、礦物質等營養物質的，應當報國務院食品安全監督管理部門備案。其他保健食品應當報省、自治區、直轄市人民政府食品安全監督管理部門備案。