組織人事部門負責業務系統幹部隊伍建設的宏觀管理；承辦機關幹部管理和直屬單位領導班子建設；負責人事管理、機構編制、教育培訓、工資福利、人事檔案管理、出國(境)人員政審和專業技術人員職稱評定等工作。；指導業務系統人才隊伍建設，做好相關業務技能的培訓和繼續教育工作；參與制定相關工種的職業資格標準、職業技能鑒定和證書發放；負責雙擁工作。
辦公廳組織研究開放型經濟、內貿流通等商務工作中的重大問題，提出意見和建議；牽頭制定業務發展戰略、規劃和年度工作目標計劃，承擔全市業務目標的監控、管理和考核；負責全市商務運行的綜合統計分析和發布；牽頭起草重要的業務文件和綜合性文稿；協調商務領域綜合改革相關工作；組織實施全市商業工作調研；負責業務系統的區域合作。
政策法規司組織起草商務領域地方性法規草案，制定工作規範和實施細則；協調商業領域相關法律、法規、條約和協定的實施；負責推進依法行政，協調全市商務領域的法律法規事務及相關工作；承擔本局相關規範性文件的合法性審查及相關備案工作；承辦行政復議、行政訴訟和行政執法監督；組織對法律法規實施情況的調查研究；負責行政審批制度改革；負責處理商業重組企業的政策咨詢和遺留問題；承擔業務系統的法制宣傳教育工作。
財務部研究提出與業務工作相關的財稅、金融方面的政策建議；負責局機關所轄行政經費和各類業務經費、專項經費的具體使用、管理和績效評價；負責局機關行政經費的日常核算工作；負責局機關及直屬行政單位政府采購和基礎設施建設的預決算編制、財務管理、資產價值管理和資金使用；負責系統的內部審核；指導直屬機構的財務工作。
行政審批服務辦公室貫徹國家、省、市有關法律、法規和規章，制定並實施行政審批制度；協助推進簡政放權，負責行政審批制度改革的實施；負責本部門行政許可、備案和服務事項的受理和審批；指導全區商務部門和開發區的行政審批工作；負責行政審批業務的統計和分析，定期跟蹤和及時反映業務情況；承擔與行政審批事項有關的其他具體工作。
招商辦負責領導全市招商引資工作，擬定全市年度招商引資工作計劃和招商引資相關政策；分析研究全市招商引資形勢及相關動態，提出招商引資建議；負責組織協調全市國內外重大招商活動，指導相關區縣和招商主體開展招商活動；負責全市投資環境的包裝、宣傳、營銷、推廣和評價工作，負責收集、匯編全市投資環境的宣傳推介資料和各種電子出版物；負責境內外投資促進網絡和公共服務平臺建設；負責重大投資項目的全過程跟蹤和推進，協調相關部門解決重大投資項目談判和建設中出現的問題；負責投資大使和投資顧問的選拔和管理。
現代服務業發展司(服務業投資促進司)貫徹國家和省有關促進現代服務業發展的政策，跟蹤研究服務業發展趨勢，制定現代服務業發展戰略、規劃和政策；協調跟蹤全市與現代服務業相關的重大投資項目，推進相關服務業集聚區和重點服務業項目建設；負責監測和分析全市現代服務業運行情況；率先推進現代物流發展和現代物流體系建設；牽頭起草並組織實施商務服務業發展規劃和相關激勵機制；引導和支持現代新興服務業態發展；研究提出相關行業規範和標準。
外辦負責全市外貿管理工作，組織制定促進外貿穩定增長和轉型升級的政策措施；指導、協調和管理全市貨物進出口工作，組織實施重要工業品、原材料和重要農產品的進出口計劃；負責貨物進出口貿易的統計和運行分析，提出政策建議；指導和開展外貿促進活動，構建外貿促進體系，促進全市貨物貿易轉型升級；指導對外貿易經營者備案登記，規範對外貿易經營秩序，推進對外貿易信用體系建設；促進貿易便利化。
外資管理辦公室負責指導、協調和綜合管理全市外資工作，制定全市利用外資發展戰略；負責推進市內外商投資企業轉型升級，為市內外商投資總部、職能機構、R&D機構制定政策、推進服務；負責重點外資項目的跟蹤、協調和服務；負責全市外資統計工作和外資企業經營情況分析，負責全市利用外資的綜合評價、考核和獎懲；牽頭組織實施全市外商投資企業聯合年度報告；依法監督檢查外商投資企業執行法律法規和履行合同、章程的情況；協調和指導外商投資投訴；負責指導和協調全市外商投資事中事後監管工作，推進外商投資監管體系建設。
對外投資和經濟合作部貫徹國家和省有關對外投資和經濟合作的政策，研究制定全市對外投資和經濟合作的發展規劃、政策和措施，並組織實施；管理全市對外投資(非金融)、對外承包工程、對外勞務合作和對外援助等對外經濟合作業務；負責全市對外投資和經濟合作的統計工作；負責組織協調全市在國內外舉辦的對外投資和經濟合作促進活動；承擔對外勞務合作管理協調小組辦公室的工作，牽頭處理全市境外勞務糾紛和突發事件。
開發區部門承擔全市開發區的指導、服務、協調和管理工作，研究制定促進全市開發區發展的規劃和政策，協調、督促有關部門、各區和開發區的實施和落實；承擔省級以上經濟開發區設立和撤銷的審批工作；負責推進全市開發區的深化改革；協調解決全市開發區建設和發展中的重大問題，帶領有關部門做好服務工作；負責全市開發區的綜合統計、運行分析和考核；負責組織全市開發區參與全省開發區的綜合評價。
機電技術產業處(市機電產品進出口辦公室)負責指導、促進和管理全市機電和高新技術產品的進出口，制定並組織實施促進全市機電和高新技術產品進出口、優化進出口產品結構的政策措施；承擔全市機電產品和高新技術產品出口體系建設和貿易促進工作；牽頭推進全市先進技術設備和關鍵零部件進口，負責全市機電產品進出口管理，牽頭推進全市加工貿易和產業轉移轉型升級；牽頭實施全市科技興貿戰略，負責機電產品和科技興貿創新基地的培育和推廣；執行國家進出口管制政策，根據商務部和省商務廳的委托，對兩用物項和技術進出口進行服務、指導和跟蹤。
流通產業發展部負責流通產業管理，促進流通產業發展；率先開展內貿流通體制改革試點，深化工作，創新流通管理體制；牽頭組織協調流通行業標準工作，推進流通行業流通標準化和科技進步；引導流通企業改革，積極培育大型企業集團，支持中小商業企業發展；制定促進工貿結合、農產品貿易和國內外貿易的政策措施；擬訂調整和優化流通產業結構的政策並組織實施，優化商業布局和結構；牽頭制定連鎖經營、商業特許經營等現代流通方式發展的方針政策，並組織實施，推進流通業態和流通組織形式現代化；根據有關規定對拍賣、典當、租賃、舊貨流通、免稅店等特殊流通行業進行監督管理；承擔融資租賃試點企業的管理工作；推動流通領域節能減排；引導再生資源回收利用；指導生產資料流通業的發展，制定相關發展規劃和政策。
市場體系建設部門研究制定完善和規範市場體系的地方性法規和政策，推動建設統壹開放、競爭有序的現代市場體系；組織編制和實施城市商業網點規劃，研究制定城市商業網點管理辦法和實施辦法；研究提出引導各類資金投入市場體系建設的政策；組織實施中央、省、市財政資金安排的市場體系建設投資項目；規範大型商業項目和流通基礎設施建設；統籌城鄉市場協調發展，推進社區商業和農村市場體系建設；推進各類商品市場標準化建設，指導大宗產品批發市場規劃，建立現代流通網絡體系；推進農產品流通體系建設，制定並組織實施農產品市場規劃，加強農產品市場、冷鏈物流等基礎設施建設，發展農產品現代流通方式。監督管理汽車流通行業，負責二手車流通和舊車報廢、回收、拆解、更新的監督管理；指導汽車品牌銷售的管理。
市場秩序處(市菜籃子工程辦公室、藥品流通管理辦公室)牽頭協調整頓和規範商務領域市場經濟秩序，參與組織打擊侵犯知識產權、制售假冒偽劣商品、商業欺詐等擾亂市場秩序的行為，指導全市商務行政執法工作；推進全市商業信用體系建設，引導行業規範，建立市場誠信服務平臺；負責指導全市商業信用銷售，制定相關政策措施並組織實施；牽頭組織和規範零售企業的促銷行為，建立零售商和供應商之間的公平交易關系；承擔市菜籃子工程辦公室的職責，指導全市菜籃子產業發展，負責推進全市菜籃子規劃和項目資金的實施和管理；負責藥品流通行業管理。
市場運行與消費促進處(市酒類流通管理辦公室)負責市場運行的監測、分析、預警和預測，研究提出市場運行和調控政策建議；負責重要消費品的市場監管和重要生產資料的商品流通管理；建立生活必需品應急管理機制，建立肉菜地方儲備，建立小包裝食品商業儲存體系；協調商務領域的消費促進工作，及時提出擴大消費的政策建議；承擔酒類流通管理的相關工作；制定成品油行業流通發展規劃，按規定監督管理成品油流通，協調成品油市場供應，幫助推廣使用綠色能源。
商務服務部(老字號保護部)負責起草全市商務服務業發展指導意見；負責餐飲、住宿、洗染、洗浴、家庭服務、美容美發、人像攝影、家電維修等生活服務業的行業管理；負責推動建立和完善家政服務體系、早餐工程等生活服務領域重點工作。制定促進老字號保護和發展的相關政策並組織實施；牽頭推進老字號保護、傳承和振興，開展相關人員培訓和技能交流，優化老字號發展環境；開展老字號的挖掘整理，組織“中華老字號”和地方老字號的申報認定，提升老字號知名度；推動老字號企業實施品牌戰略，引導老字號企業通過連鎖經營、電子商務等現代流通方式開拓市場、創新發展。
電子商務和信息化部貫徹落實國家和省關於利用電子商務開拓國內外市場的政策措施，執行電子商務相關國家標準和規範；擬定促進全市電子商務發展的規劃、政策和措施，推動全市電子商務健康發展；推進電子商務平臺、骨幹企業、示範基地和產業園區、農村電子商務建設，支持中小企業電子商務推廣應用；推動電子商務交易、網絡零售、跨境貿易、電子商務服務等業態發展；建立和完善商務信息公共服務體系，開展電子商務行業統計、監測和分析；制定全市商務系統信息化建設發展規劃，組織相關培訓和交流；承擔市跨境貿易電子商務服務試點工作領導小組辦公室的具體工作。
服務貿易辦公室(服務外包辦)負責制定並組織實施全市促進服務貿易發展的政策、法規和戰略規劃；負責全市服務外包工作，制定並實施全市服務外包政策和計劃；負責全市服務貿易和服務外包統計；負責全市服務貿易促進工作，推進服務貿易和服務外包公共平臺建設；指導全市國際貨物運輸；承擔涉外知識產權工作；承擔市服務貿易發展聯席會議辦公室和市服務外包領導小組辦公室的日常工作。
會展辦公室負責全市會展業的統籌協調、宏觀規劃、綜合管理、指導和促進；制定全市會展經濟發展的總體規劃；整合會展資源，促進會展業發展；組織引進國際國內知名品牌展會，支持和打造本土品牌展會；組織和指導國內外會展業和會展項目的推廣；加強國際交流與合作，促進我市會展業的國際化發展；負責組織、策劃和運營市政府主辦的重大會展活動；負責在我市舉辦的國際、國內大型展覽會的協調工作；統計、評估會展業發展狀況，發布會展經濟相關信息；組織和指導全市商務系統各類展會和節慶活動。
港口綜合綜保區辦公室(電子口岸辦)負責組織編制南京港口綜合綜保區發展規劃；研究起草地方港口法規；負責口岸重大問題的調查；負責編制港口資金計劃；負責港口業務的綜合和統計分析；負責協調口岸查驗單位的機構設置和人員編制調整方案；負責組織協調跨區域港口合作和國際交流；負責協調口岸查驗單位需要當地政府解決的問題；負責組織港口文明建設；承擔市綜合保稅區管理委員會辦公室的日常事務；負責申報設立特殊監管區域，協調查驗設施的規劃、建設、驗收和運行，推進口岸通關便利化；負責企業口岸通關的協調服務；負責協調推進“大通關”建設；負責推動電子口岸的開發應用和區域合作。
海港口岸辦負責協調南京口岸開、關的審核申報和日常監管服務；負責編制相關口岸開放規劃和年度計劃並組織實施；負責協調相關口岸查驗設施的規劃和建設；負責協調相關口岸專項資金的運輸；負責協調和推動國際(地區)航線和外貿內部分支機構的發展；負責推動相關口岸通關便利化；督促協調港口經營單位提供完善的執法條件和環境；參與跨區域港口合作和國際交流；參與港口規劃的編制；參與口岸重大課題的調研；參與組織相關港口文明建設活動。
陸空口岸辦負責協調鐵路、公路、郵政、航空口岸的開閉審核申報和日常監管服務；負責相關口岸的對外開放規劃和年度計劃並組織實施；協調相關口岸查驗設施的規劃和建設；負責協調發展特種運輸、國際(地區)航班和列車；負責推動相關口岸通關便利化；督促、協調港口經營單位提供完善的港口執法條件和環境；參與跨區域港口合作和國際交流；參與港口規劃的編制；參與口岸重大課題的調研；參與組織相關港口文明建設活動。
外事辦公室(臺港澳辦)參與審批全市因公出國(境)團組；協助建設和管理全市境外經貿網絡；牽頭聯絡各國政府經濟部門和各經貿促進機構；負責協調和推進全市與香港、澳門特別行政區和臺灣省的經貿聯絡和投資合作；承辦本市涉商企業申請APEC商務旅行卡的相關工作；負責境內外非企業經濟組織常駐南京代表機構的聯絡工作；承辦邀請境外經貿人員來寧的相關工作；承擔新加坡-南京重點項目合作委員會南京秘書處的日常工作；承擔局機關和直屬單位的外事管理工作。
黨建工作辦公室(團工委)在市委機關企事業單位黨建工作中指導業務系統各單位與黨的關系，負責上述單位黨組織和黨員管理，以及統戰和知識分子工作；指導業務系統黨組織的政治理論研究、思想政治工作、精神文明建設和黨風廉政建設；負責學會業務系統思想政治工作的日常工作；指導業務系統的共青團工作。機關黨委負責局機關黨群工作。離退休幹部辦公室負責局機關離退休幹部的服務和管理，指導直屬單位的離退休幹部工作。工會根據有關章程開展工作。進出口公平貿易局(產業損害調查和反壟斷處)執行國家關於反傾銷、反補貼和保障措施的法律、法規和政策；建立和完善預警機制，指導和協調全市出口商品貿易摩擦應對及相關工作；參與產業損害調查，做好產業安全數據報送工作；受委托依法對全市涉及的經營者集中行為進行反壟斷審查並提出意見；承擔世界貿易組織事務的相關工作；負責全市商業系統公平交易、產業損害調查和反壟斷審查的宣傳培訓；承擔市處理國際貿易糾紛聯席會議辦公室的具體工作。