（1）由於矽橡膠凝膠聚合，玻璃板表面不光滑、不清潔，在電泳時會造成凝膠板與玻璃板或矽橡膠條剝離，產生氣泡或滑膠；剝離時凝膠板容易斷裂，為防止出現引線現象，所用設備應嚴格清洗。矽橡膠條槽、樣品槽模板和電泳槽用泡沫海綿蘸 "潔凈 "仔細清洗。玻璃板浸泡在重鉻酸鉀洗液中 3~4h 或 0.2mol/L KOH 酒精溶液中 20min 以上，用清水洗凈，再用泡沫海綿蘸 "洗凈 "反復刷洗，最後用蒸餾水沖洗，直接烘幹或用乙醇沖洗後烘幹。
（2）安裝長、短玻璃板的電泳槽和矽橡膠架時，位置要正確，固定螺絲要均勻擰緊，以免緩沖液滲漏。樣品槽板的梳齒應平整光滑。
（3）在非連續電泳系統中，只有在分離凝膠鄉後才能進行預電泳。只有在清洗凝膠表面後才能制備濃縮凝膠。制備濃縮凝膠後不能進行預電泳，以充分發揮濃縮凝膠的濃縮效果。
（4）電泳時，電泳儀與電泳槽之間的正負極不要接錯，以免樣品反向遊動，電泳時電流、電壓要適當，不能過高或過低影響電泳效果。
（5）SDS 純度：在 SDS-PAGE 中，需要高純度的 SDS，市售的化學純 SDS 在使用前應重結晶壹至兩次。重結晶方法如下：稱取 20g SDS 於圓底燒瓶中，加入 300ml 無水乙醇和約半牛角匙活性炭，在燒瓶上接冷凝管，水浴加熱至乙醇微沸，回流約 10 分鐘，趁熱用熱的啤酒漏鬥過濾。濾液應該是透明的，冷卻至室溫後轉移到 -20°C 的冰箱中過夜。第二天用預冷的布氏漏鬥過濾，再用少量-20℃預冷的無水乙醇洗滌白色沈澱3次，盡量使其幹燥，將白色結晶置於真空幹燥器中幹燥或置於40℃以下的烘箱中幹燥。
（6）用SDS處理蛋白質樣品時，每次將樣品在沸水溶液中保溫3～5 min，以避免出現亞穩態聚合物。
（7）標準蛋白質的相對遷移率最好均勻分布在 0.2 至 0.8 之間。值得註意的是，每次測定未知物的分子量時，應同時用標準蛋白制備標準曲線，而不是利用過去的標準曲線。用這種方法測定的分子量只是其亞基或單肽鏈的分子量，而不是完整的分子量。要獲得準確的分子量範圍，最好用其他測定蛋白質分子量的方法進行校正。此法比較適合測定球蛋白和纖維蛋白的分子量，而糖蛋白、膠原蛋白等分子量測定差異較大。
（8）對樣品的要求：應采用離子強度較低的樣品。如果樣品的離子強度較高，則應進行透析或離子交換脫鹽。加樣時，凹形加樣槽膠面應保持平直。加樣量以 10～15μl 為宜，如樣品為較稀的液體，為保證區清，可適當增加加樣量，同時，樣品溶解在溶液中的濃度應增加 2 倍或更高。
（9）由於凝膠中含有 SDS，直接制備幹板會產生開裂現象。如需制幹版，則將其浸泡在含7%醋酸的25%異丙醇中，並經常換液，待SDS除去後（約2～3天），方可制備幹版。為方便起見，通常采用照相法保存照片。