新農合報銷標準（以安徽省為例）：
門診報銷：
到村衛生室、鄉中心衛生院就診報銷60%，每次就診處方藥費用限額10元，衛生院醫生臨時補液處方藥費用限額50元。
鄉鎮衛生院按每次診療費用的40%報銷，每次檢查和手術費限額50元，處方藥限額100元。
二級醫院報銷30%，檢查和手術每次限額50元，處方藥限額200元。
三級醫院報銷20%，檢查和手術每次限額50元，處方藥200元。
附有處方的中藥發票，每貼限收1元。
鎮級合作醫療門診補償每年不超過5000元。
住院補償：
補償範圍：
A．藥費：輔助檢查：心電圖、X線透視、拍片、化驗、理療、針灸、CT、核磁***振等檢查費，限額200元；手術費（參照國家標準，超過1000元按1000元金額報銷）。
B．60周歲以上老人在衛生院住院，治療費、護理費每天報銷10元，限額200元。
報銷比例：鎮衛生院報銷60%；二級醫院報銷40%；三級醫院報銷30%。
大病補償：
鎮風險基金補償：凡參加合作醫療的住院患者，壹次性或年度累計應報醫療費用超過5000元的，實行分段補償，即50001-10000元補償65%，10001-18000元補償70%。
鎮級合作醫療住院和尿毒癥門診血液透析、腫瘤門診放化療年度補償限額為11000元。
新型農村合作醫療基金報銷支付的特殊病種有：惡性腫瘤化療、放療；重癥尿毒癥血透、腹透；組織或器官移植後抗排異反應治療；精神分裂癥伴智力衰退；系統性紅斑狼瘡（心、肺、腎、肝、神經系統並發癥之壹）；再生障礙性貧血；心臟手術抗凝治療。其余可報銷的特殊疾病則根據當地的具體政策而定。
特殊疾病門診治療包括治療期間必要的全身和局部反應的支持治療和對癥治療，壹般輔助治療不納入報銷範圍。
新農合報銷程序：
參合人員出院時，將患者本人簽字或蓋章的住院發票、出院記錄、費用清單、轉診證明及本人身份證復印件或戶籍證明交到鄉鎮合管辦，經審核後集中統壹送市農保業務管理中心。