1、初步業務活動
(1)業務約定書
2、計劃審計工作
3、風險評估
4、了解內部控制
5、對研究開發費用實施的進壹步審計程序
（壹）、控制測試
（二）、實質性程序
6、對高新技術產品（服務）收入實施的進壹步審計程序
7、專項審計報告
二、高新企業應對審計及主管部門檢查應掌握的技巧
1、建立高新收入及研發費用臺賬；
2、銷售合同及發票的整理；
3、建立和完善公司各項管理制度；
4、研發費用入賬依據
三、高企稅收減免和加計扣除
1、認定合格的高新技術企業，自認定（復審）批準的有效期當年開始，可申請享受企業所得稅優惠。企業在取得高新技術企業認定資格後，向主管稅務機關提交高新技術企業認定證書復印件，填寫《企業所得稅稅收優惠備案表》，進行事前備案。
納稅年度終了後至報送年度納稅申報表以前，已辦理減免稅事前備案的企業應向主管稅務機關備案以下資料：（1）產品（服務）屬於《國家重點支持的高新技術領域》規定範圍的說明；
（2）企業年度研究開發費用結構明細表；
（3）企業當年高新技術產品（服務）收入占企業總收入的比例說明；
（4）企業具有大學專科以上學歷的技術人員占企業當年職工總數的比例說明、研發人員占企業當年職工總數的比例說明；
（5）稅務機關要求提供的其他資料。
2、風險防範
國科發火〔2008〕172號第十五條 已認定的高新技術企業有下述情況之壹的，應取消其資格：（壹）在申請認定過程中提供虛假信息的；
（二）有偷、騙稅等行為的；
（三）發生重大安全、質量事故的；
（四）有環境等違法、違規行為，受到有關部門處罰的。
被取消高新技術企業資格的企業，認定機構在5年內不再受理該企業的認定申請。
3、研發費用加計扣除
（壹）企業開發新技術、新產品、新工藝發生的研究開發費用支出，可以在計算應納稅所得額時加計扣除。（企業所得稅法第三十條）
（二）未形成無形資產計入當期損益的，在按照規定據實扣除的基礎上，按照研究開發費用的50%加計扣除；形成無形資產的，按照無形資產成本的150%攤銷。 （實施條例第九十五條）
4、稅收規定
《企業研究開發費用稅前扣除管理辦法（試行）》——國稅發〔2008〕116號
（1）允許加計扣除的費用支出
（壹）新產品設計費、新工藝規程制定費以及與研發活動直接相關的技術圖書資料費、資料翻譯費
（二）從事研發活動直接消耗的材料、燃料和動力費用
（三）在職直接從事研發活動人員的工資、薪金、獎金、津貼、補貼
（四）專門用於研發活動的儀器、設備的折舊費和租賃費
（五）專門用於研發活動的軟件、專利權、非專利技術等無形資產的攤銷費用
（六）專門用於中間試驗和產品試制的模具、工藝裝備開發及制造費
（七）勘探開發技術的現場試驗費
（八）研發成果的（現場）論證、評審、驗收費用
（2）、不得加計扣除的費用支出
（壹）為在職直接從事研發活動人員繳納的社會保險費、住房公積金等費用
（二）研發部門未直接從事研發活動的人員（包括管理人員，保衛、醫療保健、司機、食堂人員、茶爐工、水暖工、清潔工等間接服務人員）的工資薪金
（三）支付給外聘研發人員的勞務費用
（四）用於研發活動的房屋折舊費或租賃費
（五）用於研發活動的儀器、設備、房屋等相關固定資產的運行維護、維修等費用
（六）用於中間試驗和產品試制的設備調整及檢驗費，樣品、樣機及壹般測試手段購置費，試制產品檢驗費等
（七）研發活動的試制品或研發產品直接對外銷售或作為企業用於銷售產品的組成部分的，其研發試制品或產品成本中的材料、燃料及動力費用
（八）與研發活動相關的其他費用，包括會議費、差旅費、辦公費、外事費、研發人員培訓費、培養費、專家咨詢費、業務招待費、高新科技研發保險費用等
（九）國稅發〔2008〕116號文件第四條規定的八項費用以外的其他支出
（3）其他規定
（壹） 高新技術企業全年未申報研發費加計扣除的，應到企業核實原因，並作為重要疑點向上級部門報告。
（二）研發活動領用的材料、燃料等未消耗完尚有使用價值的，移交生產部門或對外轉讓，原已計入“研發支出”、“管理費用”等科目的費用，應按賬面價值或合理分攤價值作轉出處理，不得作為研發費用扣除。無法確定價值的，按取得的轉讓收入沖減研發費用。
（三）專門用於中間試驗和產品試制的模具、工藝裝備等移交生產部門或對外轉讓的，原已計入“研發支出”、“管理費用”等科目的費用，應按賬面價值或合理分攤價值作轉出處理，不得作為研發費用扣除。無法確定價值的，按取得的轉讓收入沖減研發費用。
D:企業依法取得知識產權後,在境內外發生的知識產權維護費、訴訟費、代理費、“打假”及其他相關費用支出,從管理費用據實列支，不應納入研發費用。
C:專門用於中間試驗和產品試制的模具、工藝裝備等移交生產部門或對外轉讓的，原已計入“研發支出”、“管理費用”等科目的費用，應按賬面價值或合理分攤價值作轉出處理，不得作為研發費用扣除。無法確定價值的，按取得的轉讓收入沖減研發費用。
D:企業依法取得知識產權後,在境內外發生的知識產權維護費、訴訟費、代理費、“打假”及其他相關費用支出,從管理費用據實列支，不應納入研發費用。