各地政策的具體處理也不壹樣。建議直接咨詢當地醫保部門。壹般流程是先申請，再經相關部門審批，就醫時再按相關政策報銷。
特殊疾病醫保報銷與普通醫保報銷的區別；
1.從報銷範圍看，基本醫療保險統籌基金和個人賬戶要劃定各自的支付範圍，分別核算。
符合基本醫療保險基金支付範圍的醫療費用，按照本市規定的基本醫療保險藥品目錄、診療項目目錄、服務設施範圍和支付標準予以報銷；
基本醫療保險報銷範圍內的大病保險參保人個人負擔部分，由大病補充醫療保險報銷75%；
大病醫療保險報銷範圍很重要，就是參保人超過基本醫療保險統籌基金最高支付限額，符合基本醫療保險報銷範圍內個人負擔部分，大病補充醫療保險報銷75%；壹個自然年度內，累計最高報銷額度為40萬元。
2.保障能力不同:基本醫療保險是社會保障體系的重要組成部分，是由政府制定，用人單位和職工共同參與的壹種社會保險。
大病醫療統籌制度屬於基本醫療保險的補充形式。
申請人只要辦理特殊疾病證明，即可享受上述報銷比例。特殊疾病醫療保險報銷可按以下程序進行。
1.所需材料:特殊疾病基本醫療市級統籌申請表，近期1寸照片兩張(壹張貼在申請表上，壹張在分中心用於特殊疾病證明)，申請表、身份證復印件、照片由單位或本人簽字蓋章。
2.報銷流程:
1)向參保單位所在地區醫保中心提交上述材料，靈活就業人員直接向參保地區醫保中心提交上述材料。每月特殊疾病報告時間為1-20。
2)申請人應於每月23日至24日(節假日順延)致電參保地醫保中心或直接到單位或醫保中心查詢檢查醫院地址及檢查日期，並於檢查當日8: 30準時到達指定醫院。
3)檢查當天，申請人應攜帶門診病歷原件(包括發病之日起2年內的病歷)、住院病歷復印件(加蓋醫院公章)、檢查資料(如CT、MRI、冠狀動脈造影等)原件及原片、身份證原件及醫療保證書。
4)申報糖尿病、肝硬化(失代償)的參保人員，需要空腹去醫院檢查(自帶早餐)。
擴展數據？
特殊疾病包括以下20種:
(1)，惡性腫瘤放化療鎮痛；
(2)腎功能衰竭患者的透析治療；
(3)腎臟、肝臟、心臟瓣膜和造血幹細胞移植後的抗排斥治療；
(4)糖尿病；
(5)、系統性紅斑狼瘡；
(6)、高血壓；
(7)、冠心病；
(8)、風濕性心臟病；
(9)腦血管意外後遺癥；
(10)、支氣管哮喘、慢性支氣管炎伴阻塞性肺氣腫、慢性肺源性心臟病；
(11)，肝硬化(失代償期)；
(12)，再生障礙性貧血；
(13)，精神疾病；
(14)，肺結核；
(15)，血友病；
(16)，重度前列腺增生；
(17)，類風濕性關節炎；
(18)，帕金森病；
(19)，肌萎縮側索硬化；
(20)、骨髓增生性疾病(真性紅細胞增多癥、原發性血小板增多癥、原發性骨髓纖維化)
“特殊疾病”的醫療管理
1，“特殊疾病”結算周期為360天，1300元起付線360天內只收壹次(北京地區是這個標準，即使在自己“特殊疾病”以外的醫院住院也不再收起付線)。
2、“特殊疾病”結算周期開始日期從完成首次審批手續後的門診特殊疾病治療或住院費用開始計算。？
3.報銷比例:門診發生的符合門診特殊病種報銷範圍的費用，按住院比例報銷。
參考資料:
？百度百科-特殊疾病