現在水產養殖規模化、集約化的程度在不斷的提高，養殖動物放養密度在不斷增大，導致水產養殖動物的疾病暴發頻率越來越高，復合碘在水產養殖中主要是作為消毒劑使用的，碘的消毒能力比較強，具有壹定的殺菌作用，可以抑制病毒、黴菌、原生動物、芽孢等有害細菌，復合碘還可以用作魚卵浸泡，器具消毒。
壹、復合碘在水產養殖的作用
1、復合碘是很好的浸泡消毒藥品，主要是作為消毒劑使用，復合碘可以浸泡魚卵，給器具消毒，很多時候都可以使用復合碘，因為復合碘中含有的碘元素活性很強，對細菌、病毒、黴菌、原生動物、芽孢、孢子蟲、線蟲均有抑制和殺滅的作用。
2、復合碘還可以使用在無鱗魚身上，由於無鱗魚對許多消毒藥具有很強的敏感性，比如江團、斑點叉尾鮰等，因此要使用比較溫和的藥物。
3、復合碘還可以用於治療細菌性或病毒性疾病，在這方面復合碘有非常獨等的療效，比如壹些頑固性的爛鰓，只要堅持使用復合碘半個月就會得到很好的控制，但是在使用時需要註意碘的濃度要低於50ppm，否則對魚類有毒，而且清洗過器具的消毒水應避免直接倒入養殖魚塘。
二、復合碘的優缺點是什麽
1、優點
（1）復合碘的殺菌效果比較好，易溶於水也不會脫碘，性能比較多穩定，有效濃度低不會刺激皮膚和黏膜等優良性能。
（2）復合碘可以安全用於水生生物細菌性疾病和病毒性疾病的防治，而且復合碘沒有刺激性，因此它可以用於魚卵的藥浴消毒和苗種浸浴。
2、缺點
（1）復合碘不能殺滅芽胞等壹些比較頑固的細菌，因為這些復合碘對這些細菌並沒有很大的效果，而且復合碘還比較容易對光敏感，易受有機物幹擾。
（2）復合碘不能用在冷水魚等對碘敏感的魚身上，否則可能會因為使用不當而導致大量的魚出現死亡現象，使用時也要註意檢查魚是否對復合碘過敏。