其病因尚未完全了解，目前認為與以下因素有關。
1.遺傳因素
系統性紅斑狼瘡的發病傾向於家族聚集性，0.4% ~ 0.5%的SLE患者壹級或二級親屬患有LE或其他自身免疫性疾病。單卵雙生子的SLE患病率可高達70% (24% ~ 69%)，而異卵雙生子為2% ~ 9%。目前與SLE相關的基因位點有50多個，大部分是HLA ⅱ、ⅲ基因，如HLA ⅱ D區的DR2、DR3、DQA1、DQB1、HLA ⅲ基因的C4AQ等。
2.性激素
本病多見於育齡婦女，妊娠可誘發或加重SLE。但是證據仍然不足。
3.環境因素和其他因素
紫外線照射可刺激或加重LE，可能與其對角質形成細胞的損傷有關，而損傷是由DNA的改變、“隱藏抗原”的釋放或新抗原的表達引起機體產生相應的抗體，從而形成免疫復合物。肼屈嗪、普魯卡因、甲基多巴、異煙肼、青黴素等藥物均可誘發藥物性紅斑狼瘡。壹些感染(如鏈球菌、EB病毒等。)也會誘發或加重這種疾病。
盤狀紅斑狼瘡:主要侵犯皮膚，是紅斑狼瘡中最輕的壹種。少數病例可出現輕度內臟損害，少數病例可轉為系統性紅斑狼瘡。皮膚損傷初期，有壹個或幾個鮮紅色斑點，從綠豆到黃豆大小不等，表面有附著鱗屑，後逐漸擴大，呈圓形或不規則狀，邊緣色素明顯加深，略高於中心。中心蒼白、萎縮、低窪，整個病變呈盤狀(因此得名盤狀紅斑狼瘡)。損害主要分布在太陽暴露部位，如面部、耳輪、頭皮，少數可累及上胸部、手背、前臂、嘴唇、口腔黏膜。大多數患者沒有癥狀，但很難完全消失。新傷害可逐漸增加或多年不變，傷害對稱分布，也可合並成塊，面部中間部位的傷害可合並成蝴蝶。日曬或疲勞後，盤狀病變加重。頭皮受損會導致永久性脫發。舊的損傷偶爾會發展成皮膚鱗狀細胞癌。
亞急性皮膚型紅斑狼瘡是壹種特殊的中間型，臨床少見。皮損有兩種，壹種是環狀紅斑，為單個或多個散在紅斑，環狀、半環狀或多環狀。暗紅色邊緣，外緣略腫脹潮紅，中樞消退後遺留色素沈著和毛細血管擴張，易發生於面部和軀幹；另壹種是丘疹鱗屑型，皮損類似銀屑病，為紅斑、丘疹、斑塊。表面有明顯的鱗片，主要分布在軀幹的上肢和面部。兩種皮損多數病例單獨存在，少數可同時存在。皮損常復發，多數患者有內臟損害，但很少嚴重。主要癥狀為關節痛、肌肉痛和反復低熱，少數有腎炎和血液系統改變。
系統性紅斑狼瘡是最嚴重的紅斑狼瘡類型。絕大多數患者在發病時有多系統損害，少數患者由其他類型的紅斑狼瘡發展而來。部分患者還伴有其他結締組織疾病，如硬皮病、皮肌炎、幹燥綜合征等，形成各種重疊綜合征。系統性紅斑狼瘡的臨床表現多樣、復雜，且多為重癥，可因狼瘡性腎炎、狼瘡性腦病及長期大量用藥的副作用而危及患者生命。
深部紅斑狼瘡又稱狼瘡性脂膜炎，也是紅斑狼瘡的中間型。皮損為結節或斑塊，位於真皮深層或皮下脂肪組織，大小和數量不確定，表面膚色正常或偏紅，質地堅實，無活動性。損傷可能發生在任何地方，最常見的是臉頰、臀部、手臂，其次是小腿和胸部。慢性治療後可持續數月至數年，愈後留下皮膚萎縮、凹陷。深部紅斑狼瘡不穩定，可單獨存在，然後可轉化為盤狀紅斑狼瘡、系統性紅斑狼瘡或兩者兼有。
以皮膚環狀紅斑和先天性心臟傳導阻滯為特征的新生兒紅斑狼瘡是自陷性的，通常在出生後4 ~ 6個月內自行消退，心臟疾病常持續存在。
藥物性紅斑狼瘡主要表現為發熱、關節痛、肌肉痛、面部蝴蝶紅斑、口腔潰瘍、漿膜炎。ANA、抗組蛋白抗體、抗ss-DNA抗體可呈陽性。停藥後會逐漸好轉，病情嚴重者可適當給予糖皮質激素。