棉蚜的防治以農業防治和生物防治為主，化學防治為輔。防控要因地制宜。當補丁出現時，控件應該是選擇性的。不要噴得滿地都是，以免殺死天敵。對達到農藥防治指標的田間應及時進行化學防治。
1，防控指標。100株苗蚜中有2500株三葉蚜，或以卷葉蚜的發生量為防治指標，每株蚜的上、中、下三葉平均有200株三葉蚜。棉蚜發生達到防治指標時，正處於點害階段，應進行局部靶向噴灑，避免大面積用藥。
2.農業控制。進行棉麥輪作，利用小麥屏障的作用阻止有翅蚜蟲向棉田遷移，有利於小麥植株的天敵向棉田轉移，從而加強棉田的自我控制能力。瓢蟲和草蛉是蚜蟲的天敵。當當天的天敵和棉蚜總數為1: 40時，其危害基本可以得到控制。天敵少，蚜蟲大時，應及時進行化學防治。
3.身體控制。掌握棉蚜的遷飛期，在棉蚜遷飛期之前，在田間設置黃板誘殺成蟲。
4.生物控制。減少用藥次數，保護天敵。只要停止大面積重復使用化學農藥，天敵群落就會迅速恢復。農藥用得少的地區最多三年，農藥用得多的地區最多四五年。從而有效地生態控制棉蚜。
5、選擇合適的機械控制。許多種植者選擇老式噴霧器來控制棉花病蟲害。建議用噴霧器噴的更均勻更徹底，可以噴到葉子隱蔽的位置，也可以加入壹定量的矽膠，增強農藥的滲透力。塗抹時，水量壹定要充足，以葉子滴落為準。不推薦使用防蠅殺蟲劑。防蠅渦功率太大會損傷頂葉，防蠅渦功率太小效果不好。