少數肛周膿腫可通過抗生素、熱水坐浴、局部理療等方法消散，但多數需要手術治療，手術方式有兩種。
1，治療單純性肛周膿腫
可以在截石位或側臥位局部麻醉或腰麻下在膿腫內做放射狀切口。排出膿液後，可將手伸入食指，探查膿腫腔的大小，分離其間隔。必要時將切口邊緣的皮膚稍微切開壹點，便於引流，最後將凡士林紗布放入膿腫腔內引流。
2.肛周膿腫與肛瘺相通的治療
膿腫切開後，可用探針仔細檢查內口，然後切開瘺口，適當切除皮膚和皮下組織，並輕微切除內口周圍組織，使引流通暢。如果內口較深，瘺管穿過肛門括約肌，可采用掛線療法。上述手術的優點是膿腫壹期治愈，不形成肛瘺。但在急性炎癥時，內口難以找到時，就不能盲目尋找，以免炎癥擴散或形成假通道。應該只是切開排膿，等肛瘺形成後再做肛瘺手術。二期手術的優點是效果確切，治愈率高。
深部膿腫壹旦形成，內部壓力逐漸增大。此時應早期手術，既可使膿腫早期愈合，防止擴散，又不易形成肛瘺。即使形成了肛瘺，也比較容易治療。因此，深部肛周膿腫應盡早手術。