(1)非手術療法
凡病程在48小時以內，身體狀況良好，無明顯脫水和腹脹的原發性腸套疊患者，均可進行灌腸治療。壹般采用空氣或鋇灌腸。空氣灌腸的氣體壓力可為8.0 ~ 12.0 kpa，(60 ~ 90 mmhg)。註入空氣時，可輕輕按摩腹部或改變體位，以利於腸套疊復位。復位時，腸套疊尖端逐漸退到近端結腸。直到空氣突然進入回腸末端，說明已經復位。此時拔除肛管，患兒體內排出大量臭味，腹部包塊消失，患兒全身情況好轉。還原後口服0.5 ~ 1.0g碳粉，6 ~ 8小時後碳粉可從糞便中排出，說明還原完全成功。復位征不清，腫瘤消失但小腸內充氣不明顯的地方，必須補充鋇灌腸觀察。鋇劑灌腸的液壓復位法壹般可將裝有20%鋇水溶液的吊瓶擡高至離病兒水平位70 ~ 80 cm的高度，註入鋇劑。X線透視確診後，將輸液瓶提起至80 ~ LOOCM，腸套疊慢慢復位。為了提高灌腸復位的療效，有時可提前給予阿托品、苯巴比妥鈉、水合氯醛等鎮靜劑，使患兒安心入睡。已脫水者，灌腸前應輸液改善全身情況。
(2)手術治療
後期患者病情嚴重，不適合配合灌腸復位，或灌腸復位失敗的患者，懷疑有小腸套疊；而復位3次以上者必須手術治療。術前應做好準備，包括糾正脫水和電解質紊亂、抗生素退熱、輸血等。術中腸套疊復位、腸切除吻合、腸造口等。應根據患兒當時的情況和病理變化進行。如果腸套疊很緊，就不能強力復位，以免撕裂漿膜。如鞘上有白色斑塊，懷疑腸壞死，應行腸切除吻合術，避免術後破裂穿孔。
預防常識:
如出現陣發性腹痛、腹脹、嘔吐、便血(果醬樣便血)、腸道蠕動波、腹部香腸樣包塊等癥狀和體征，應盡早到醫院進行早期診斷和早期空氣或鋇劑灌腸診斷或治療，無需手術。確診48小時以上或有血性腹水、腹膜炎、腸絞窄等表現者，不宜灌腸復位治療，應剖腹探查治療。術中應盡可能進行手法復位，避免切除腸段，需要切除的腸段應盡可能保持活力，並註意腸活力的判斷，防止術後腸壞死、穿孔和瘺。