甲狀腺與碘代謝密切相關。人們每天從食物和水中攝入約100 ~ 200微克的碘，約1/3進入甲狀腺。甲狀腺中的總碘含量為8000微克，占全身碘含量的90%。碘缺乏(每日碘攝入量小於100微克)或食物中抗甲狀腺成分過多，或碘的吸收受到消化道疾病的影響，以及先天缺乏合成甲狀腺激素的酶或脫碘酶，使合成受阻或碘的再利用難以實現，都會不同程度地影響甲狀腺激素的生物合成，導致缺碘性甲狀腺疾病，如克汀病、大脖子病等。
相反，如果日攝入量長期超過800微克，還會導致甲狀腺腫大和碘致甲亢，醫學上稱之為碘性甲亢，主要是由於補碘過量導致甲狀腺激素合成和釋放增加。碘性甲亢只是甲亢多種類型中的壹種，並不是所有的甲亢都是碘攝入過多引起的。
雖然甲亢發病率上升的原因很多，但與服用碘鹽有壹定關系。國外幾項幾萬到幾十萬人的流行病學調查顯示，普遍補碘會增加甲亢的發病率。英國、美國、意大利、荷蘭等國都有報道。因此，認為食用碘鹽是甲亢發病率增加的原因之壹，尤其是在高碘地區。但這種現象是短暫的，1~3年達到高峰，3~10年逐漸恢復到加碘前的水平。