陰莖的大小主要受遺傳因素的影響。真正的男性陰莖短小癥狀多見於先天，少數為後天。先天性睪丸發育不全，又稱克-雅綜合征。這類患者，陰莖高而短，睪丸小。陰莖雖然能勃起，有正常的性欲、射精、遺精等性功能，但睪丸不能產生精子，排出的精液中沒有精子，所以沒有生育能力。男性陰莖短小，會造成自身包皮包莖。包皮包莖不僅是龜頭炎、前列腺炎的罪魁禍首，還會引發壹系列男性疾病，引起性交疼痛、陰囊疼痛、睪丸發育不良。
2.陰莖短小造成的家庭傷害。
陰莖短小的存在會嚴重影響性生活質量，同時會讓妻子不滿，甚至導致家庭關系破裂。據不完全統計，中國39%的離婚因素包括男性生殖器過短導致的性生活不和諧。而且包皮過長，容易將病菌帶入女性陰道，使其感染各種婦科疾病，嚴重損害夫妻幸福。
3.陰莖短小造成的心理傷害。
如果壹個男人長期陰莖短小，他會在思想上感到非常自卑或者壓抑。他們害怕去公共澡堂和公共遊泳池，害怕在人多的時候去廁所，害怕被性伴侶歧視。長此以往，會誘發嚴重的性自卑、性冷淡等身心疾病。陰莖短的危害主要是讓這些人自卑，有生活不幸福的可能。所以壹定要解決心理上的自卑，學習性技巧來填補生殖器短小的不足，或者通過延長手術來彌補。
有壹類患者陰莖短小，身材高大，但陰莖短小，睪丸小。陰莖雖然能勃起，並具有正常的性欲、射精、遺精等性功能，但由於睪丸不能產生精子，排出的精液中沒有精子，所以沒有生育能力。
先天性睪丸疾病和陰莖短小。因為睪丸分泌的睪酮不足，缺乏性欲和正常的性功能。雖然睪酮可以用於治療，但只能增強性功能，不能生育。目前還沒有治療先天性男性陰莖短小的方法。後天性陰莖短小，主要是睪丸萎縮造成的。如男性從事超聲波、微波、輻射、高溫等作業，青春期前吉利炎並發睪丸冷，長期食用粗制棉籽油等，均可引起睪丸萎縮。
獲得性男性陰莖短小癥的睪酮分泌功能正常，性染色體正常，主要由生精障礙引起，但不影響生殖器官和第二性征的發育，也不影響正常的性欲和性功能。獲得性真性男性陰莖短小癥，經過治療或避免損傷後，有可能逐漸恢復睪丸功能。
該治療陰莖短小的偏方由熟地黃、巴戟天、山茱萸、麥冬、肉蓯蓉、茯苓、五味子、肉桂、石斛、制川烏、石菖蒲和遠誌制成。藥物為粗粉，每次10-15g，加生姜10g，大棗5g，薄荷6g煎服。壹天吃兩次。2個月為壹個療程。本方滋養腎陰，滋養腎陽，安神清竅。適用於陰莖短小，第二性征發育不全，腰膝酸軟，精神抑郁，舌淡苔薄，脈弱。
陰莖短小用於治療腎虛、天精不足、腦髓不足、心腎不交。熟地黃、巴戟天、山茱萸、枸杞子、仙茅、紫河車、肉蓯蓉、補骨脂各30克，人參、當歸、牛膝各15克，柴胡10克，蜈蚣10克，麝香1.5克，均為細粉。每年服用1g(隨年齡增減)，每日兩次。這個食譜補腎。