要修復缺損區，彌補腦組織的機械安全保護，解決腦供血不足、腦脊液循環等異常問題，還需要考慮原形的修復和整形。
需要註意的事項
患者往往有沈重的精神負擔，如不安全感，並可引起頭痛、頭暈、害怕振動等綜合征。顱骨缺損持續時間越長，顱骨缺損綜合征和繼發性腦損傷的發生率越高。為了恢復顱腔的密閉性，保持生理性顱內壓穩定，緩解顱骨缺損綜合征。顱骨缺損直徑超過3 cm，無肌肉覆蓋，無禁忌癥者，應進行顱骨修補。壹般認為開顱術後3~ 6個月修復為宜；孩子3到5歲後可以整容。
材料選擇
由於是顱骨組織的修復，材料的選擇首先要求生物相容性高，同時需要保證壹定的強度和剛度，既提供足夠強的保護，又能滿足術中塑形的需要，在外形修復和美容手術中取得滿意的效果。
修補材料
自體顱骨瓣顱骨修復術
任何原因都需要開顱。顱骨瓣切開後，不能立即原位再植，但可通過自體皮下包埋保存。自體顱骨組雖然並發癥少，修復外觀滿意，但需要再次手術增加患者痛苦，且存在顱骨吸收減少甚至壞死後固定松動不穩等缺點。如果能簡化保存自體顱骨的操作，降低保存自體顱骨的環境要求，且自體顱骨不變形，采用自體顱骨再植將是最佳的顱骨修復方式。幸運的是，有了顱骨冷凍保存的技術，患者的自體骨瓣可以完整保存幾年。當患者術後需要修復時，可隨時將自體骨瓣放回患者缺損處，達到完美狀態。
修理
作為早期顱骨修復材料，因其易老化、強度低、難塑形、組織相容性差、易形成皮下積液感染、外形修復不理想等原因，很少使用。操作過程復雜，故障率高。
金屬預制件修復
最常用的是鈦網板作為修復材料。隨著人們生活水平的提高，人們不僅可以通過顱骨修復達到解剖和生理上的恢復，而且對外形和美觀的要求也越來越高。為了使假體與患者的原顱骨更加完美地嵌入，以前的重建手術壹般是由醫生根據患者缺損的大小和形狀，在手術前或術中人工敲打鈦合金網板，然後反復修補縫合患者頭部，直到符合患者缺損的要求，最後用螺釘固定。這就需要醫生根據患者顱骨缺損的形狀，盡快在手術臺上制作假體。但由於每個患者顱骨缺損的形狀不同，鈦合金不易成形，術中需要反復塑形，增加了手術時間，反復切割鈦合金網會削弱其強度，增加鈦合金螺釘的使用，進而增加手術成本。