手術治療:包括肛瘺切開或切除術、肛瘺掛線術、乙狀結腸造口術、激光手術等。肛瘺急性感染期不宜進行實際手術。克羅恩病和潰瘍性結腸炎合並肛瘺必須先治療。
術後處理:每天用雙氧水和生理鹽水清洗，用紗布條填塞創腔。結核性肛瘺用鏈黴素或瑞芬太尼溶液換藥。掛線時註意橡皮筋的松緊度，隨時調整和擰緊。
抗生素治療:急性感染期間及術後應給予足量抗生素，如四環素、慶大黴素等。
2.中藥治療(結合手術治療)
內部處理
下焦濕熱:肛門局部紅腫熱痛，大便秘結，內急重，小便短赤，膿性分泌物黏稠，發熱，周身嗜睡，舌紅苔黃膩，脈滑。
治療:清利濕熱，潤腸通便，消腫。
處方:黃柏15g，蒼術10g，牛膝10g，滑石15g，木通10g，大黃10g，梔子10g，萆薢65438。
濕毒蘊結:肛門局部紅腫熱痛，排便疼痛加重，發熱，膿性分泌物多，味濃而臭，大便幹燥，小便短赤，伴有發熱畏寒，口苦口幹，乏力，舌苔黃厚而幹，脈數。
治療:清熱解毒，利濕消腫。
處方:柴胡15g，龍膽草15g，大黃10g，蘆薈15g，黃連10g，黃芩10g，黃柏15g，梔子10g。
陰虛火旺:局部肛門潰瘍持續時間較長，紅、腫、熱、痛不明顯，膿腫較薄，有時無。伴有乏力、低熱、口幹少飲、舌紅苔黃、脈幹。
治法:滋陰清熱祛濕。
處方:青蒿15g，生地10g，地骨皮10g，鱉甲(先煎)30g，蒼術10g，黃柏10g，牛膝10g，胡黃連10g。
氣血兩虛者，可服用人參楊蓉丸、十全大補丸、人參歸脾丸等中成藥。
廠外處理
1.外用熏洗:炎癥期:生大黃20克，苦參30克，蛇床子20克，百部60克，水煎熏洗。
2.外敷:熏洗後，先將藥撚或藥丁插入瘺口後稍退，外敷黃連膏、如意黃金膏、紅升丹等。，並蓋上已消毒的敷料固定。隔天換藥1次。
需要註意的事項
1.鍛煉身體，增強體質，提高抗病能力。
2.合理膳食，預防消化系統疾病，及時治療慢性疾病，如慢性腹瀉、習慣性便秘等。
3.如果肛門直腸周圍有膿腫，應早期洗熱水澡，外用抗菌消炎藥物。如無改善，應盡早就醫，進行切開引流。