據統計，肛瘺的發病率占肛腸疾病總數的1/4，僅次於痔瘡位居第二。肛瘺壹旦形成，應盡早手術。隨著肛瘺病情的遷延，炎癥會逐漸擴散，組織腐蝕腐爛，面積逐日增大。它不僅可以衍生分支，還可以侵犯深層組織，特別是擴散到肛門括約肌、肛門直腸環，形成更復雜的肛瘺，給治療帶來更大的困難。
肛瘺可以暫時閉合，但這是壹種假象(稱為假愈合)，細菌和壞死組織仍留在管道內。如果抵抗力下降或遇到壹定的誘因，如暴食辛辣食物、受涼拉肚子、工作過度等，局部炎癥可復發，感染潰爛。當閉口牢固時，膿液可在原口處再次流出，故不會反復愈合。如果閉口反復，瘺口會逐漸增大。
肛瘺可以不手術治愈嗎？肛瘺長期反復流膿，必然會影響直腸和肛門的正常功能，進而影響健康正常的生活。另外，肛瘺伴隨的疼痛會讓患者長期痛苦，造成嚴重的心理負擔。肛瘺的完全愈合必須依靠手術治療，而且越早越好。
另外，肛瘺多由肛周膿腫破裂引起，是痔瘡、肛裂等肛周疾病患者不重視病情，延誤病情的直接結果。痔瘡或肛裂手術引起的肛瘺也不在少數，但這主要是因為治療醫院的醫療保障落後，比如醫院技術落後，醫生技術差。因此，患者在重視並積極配合肛瘺治療的同時，也需要明智地選擇正規的肛腸醫院進行專業的肛瘺手術治療。