如果劣質菌種使用時間過長或過短，菌種退化，菌絲體活力弱，抗逆性差，或者長期存放在溫度過低或過高的環境中，就會出現菌種塊不發芽，菌絲體萎縮的現象。因此，我們應該選擇合適的年齡和優質菌株，並確保培養過程中的溫度不要太低。
如果培養物太厚，床溫會自動升高。如果培養物中的溫度超過45℃，菌絲體就會萎縮或死亡。播種後密切註意室內溫度和物料溫度。如果溫度過高，及時采取降溫措施，如加強室內通風，去掉覆蓋物所覆蓋的塑料薄膜，在空間噴灑，撬起材料中的物質，給地面澆水等。播種時，培養料含水量過高，超過75%，使物料密封。播種後，塑料薄膜覆蓋過緊，無法長時間提起。另外，菇房通風不好，導致草菇菌絲缺氧萎縮。如果在栽培料中加入過多的尿素，播種後用塑料薄膜覆蓋，料中的氨不會揮發，會對草菇菌絲造成傷害。
草菇對農藥非常敏感。有些農民播種後會噴農藥防病防蟲，因藥害導致菌絲萎縮。草菇菌絲因培養基含水量高(70%以上)或地膜覆蓋過嚴，缺氧窒息而萎縮。線蟲、蟎蟲、蒼蠅幼蟲等昆蟲會吃掉菌絲體，引起細菌、病毒感染，導致菌絲體萎縮死亡。有些菇農在播種後，在防治病蟲害的過程中，會因用藥不當、高濃度、過量使用等操作不當，或盛有農藥的噴水容器沖洗不幹凈，或在物料中加入過量尿素，產生重氨物質，從而產生藥害，導致菌絲萎縮死亡。針對以上原因，可采取相應措施防止草菇菌絲萎縮。