壹旦選定的藥物有效，最好單獨使用，不要輕易更換，並監測血藥濃度。維持血藥2 ~ 3年，直至完全不發作，再根據情況謹慎逐漸減量用藥。如果完全停藥後不發作，可視為臨床治愈。當少數晚期難治性癲癇患者無法接受系統藥物治療時，就需要手術治療。在皮層腦電圖的監測下，切除腦瘢痕和癲癇竈，大約有壹半的患者可以取得良好的效果。
手術方法:術前應仔細做好癲癇竈的定位，因為腦損傷後的瘢痕雖然是外傷性癲癇的誘因，但常導致癲癇發作，但往往位於病竈附近(偶爾較遠)，有時甚至是多源性的，所以術中不僅要切除腦瘢痕組織，還要切除看似正常的癲癇竈，否則癲癇無法控制。
手術應在局部麻醉或靜脈麻醉下進行，以便術中記錄皮層腦電圖和電刺激。如果頭皮有較大的疤痕，手術切口要考慮頭皮到頭皮的血供和整形修復設計。骨瓣開顱術是最好的方法，暴露充分，有利於癲癇竈的確定。如有顱骨缺損，應先小心、銳利地分離頭皮與硬腦膜的粘連，並照常小心地將硬腦膜與腦組織分離，以免損傷過多的正常大腦皮層。
然後在皮層腦電圖的指導下，切除腦瘢痕和癲癇病竈，保護大腦的重要功能區。結疤的膠狀組織要盡量切除，深部要達到腦室膜，以免穿透腦室。皮層致癇竈應采用硬膜下灰質切除的方法。根據皮層腦電圖監測範圍，沿腦回中線小心切下電凝後的軟腦膜，再用小勺或吸引器切下腦回灰質，將保留的軟腦膜蓋回。然後測量皮層腦電圖，直到所有癲癇放電竈消失。最後根據具體情況同時或選擇性修復硬腦膜和顱骨缺損，頭皮層照常縫合，皮下引流24小時。術後繼續服用抗癲癇藥物2 ~ 3年。