1.壹般療法
小兒直腸脫垂有自愈的可能，應註意縮短排便時間，排便後立即復位脫垂的直腸，取俯臥位，用膠帶固定臀部。成人還應積極治療便秘、咳嗽等引起腹壓增高的疾病，以避免加重脫垂和手術治療後復發。
2.藥物療法
將硬化劑註射到脫垂部位的粘膜下層，使粘膜和肌層發生無菌性炎癥、粘連和固定。常用的硬化劑是5%石炭酸植物油和5%鹽酸奎寧尿素水溶液。對兒童和老人療效還是不錯的，成人容易復發。
3.外科療法
成人完全性直腸脫垂的手術方法很多，各有優缺點，復發率也不同。有四種手術方法:經腹、經會陰、經腹會陰和骶骨。前兩種方法被廣泛使用。
直腸懸吊固定術是治療直腸脫垂的有效方法。術中遊離直腸後，可將直腸和乙狀結腸固定在周圍組織上，主要是骶前側，註意不要損傷周圍神經和骶前靜脈叢。可同時縫合松弛的盆底筋膜和肛提肌，切除多余的乙狀結腸和直腸。
經會陰手術安全，但復發率高。脫垂的直腸甚至乙狀結腸可以直接從肛門取出並縫合。直腸黏膜脫垂可以通過痔切除術去除。老年人和體質較弱的人，可以簡單地進行肛袢收縮，即在皮下用金屬絲或聚酯帶纏繞肛門，2 ~ 3個月後取出皮下的嵌入物，收緊肛門，防止直腸脫垂。