潰瘍性結腸炎沒有最好的治療方法。目前，沒有壹種方法適用於所有潰瘍性結腸炎患者。因為每個人的病因和病變嚴重程度不同，所以最終的治療要根據檢查結果來決定。壹般來說，潰瘍性結腸炎的治療包括壹般治療和藥物治療。
第壹，壹般治療。活動期間，宜臥床休息，吃高營養、低殘留的飲食。嚴重者需要臨時禁食。遵醫囑補液，糾正水、電解質和酸堿平衡紊亂。根據醫囑選擇合理的營養模式。如果有腸梗阻、短腸綜合征等疾病，就需要進行腸外營養。貧血的時候可以補充維生素B嗎？、葉酸，必要時可遵醫囑進行輸血治療。低白蛋白血癥可遵醫囑輸註白蛋白或血漿。
第二，藥物治療。氨基水楊酸制劑的代表藥物為柳氮磺吡啶和5-氨基水楊酸，適用於輕中度活動期人群，也可用於術後維持治療。常用藥物包括美沙拉秦、奧沙拉秦和巴柳氮。肝功能不全者、老年患者、孕婦、哺乳期婦女需慎用此藥。
糖皮質激素是控制疾病活動的有效藥物之壹，適用於疾病活動期。可加入氨基水楊酸制劑或免疫抑制劑。代表性藥物有布地奈德、潑尼松等。有嚴重的精神病史；活動性胃和十二指腸潰瘍或近期胃腸吻合術；骨質疏松、糖尿病、重度高血壓、青光眼、白內障患者禁用此藥。
潰瘍性結腸炎的病因還不清楚，但相關研究表明，很可能是因為飲食與基因有關，所以壹定要糾正飲食習慣，戒煙戒酒等等。