第壹，善與惡的鬥爭
正氣是指人體抵抗疾病和病原體入侵的能力，邪氣是指侵入人體導致各種疾病的因素。
正氣建立在人體臟腑功能正常，生命活動旺盛的基礎上。當邪氣(各種致病因素)侵入人體時，人體的正氣必然會奮起反抗邪氣，形成善惡相爭的局面，表現為兩種情況:壹是正勝邪，人體無恙；另壹方面，邪氣泛濫，破壞人體陰陽相對平衡，或使臟腑經絡功能失調，或使氣血功能失調，從而導致全身或局部發生多種變化，產生疾病。在這個過程中，正氣是否充盈始終是疾病發生的主導因素。
在疾病的發生、發展和轉歸過程中，邪與善的盛衰貫穿疾病發生發展的全過程，善惡勢力哪壹方占主導地位並不固定。疾病的結局取決於善惡鬥爭的趨勢和結果。如果積極戰勝了邪惡，疾病就會趨於好轉或痊愈；如果邪惡戰勝了健康的衰退，疾病就會惡化。
(壹)戰勝邪惡撤退
是疾病在邪氣消長過程中轉趨好轉和恢復的壹種結局，也是許多疾病中最常見的結局。這是因為當正氣充盈，抗病力強時，邪氣難以發展或被削弱，疾病就會減輕並趨於好轉，病程也就可以縮短。當正氣充盈時，邪氣就能被完全克服，邪氣對人體的作用就會消失或停止，臟腑氣血就會迅速恢復，陰陽就會處於新的平衡，疾病就會得到治愈。
(2)邪不壓正。
邪勝正衰是邪正衰消長過程中疾病惡化甚至死亡的壹個結果。
如果邪氣旺盛，正氣虛弱，正氣不僅不能戰勝邪氣，而且會日益虧損，邪氣對身體的危害作用會不斷增加，病情會加重或惡化。如果正氣衰竭，邪氣占主導，臟腑氣血功能壓抑，發展到“陰陽分離”的程度，人的生命就會終結，死亡。
第二，陰陽失衡
正常情況下，人體要保持陰陽相對平衡，也就是《黃帝內經》中的“陰平陽之秘”。
陰陽相互制約、相互轉化，既對立又統壹，保持著動態平衡，從而維持正常的生命活動。如果因為某種原因，陰陽的動態平衡被打破，導致陰陽失衡，就會發生疾病。陰陽失調的病理變化非常復雜，但其主要表現為陰陽之優，陰陽之衰，陰陽互失，陰陽相斥，陰陽失和。
(壹)陰陽偏高
陰陽過盛是邪氣作用於身體而產生的病理變化。陽主熱，陰主寒，所以可以出現“陽滿熱，陰滿寒”的病理變化。陽盛則熱，是指機體受邪影響後，臟腑功能亢進的壹種病理狀態，以發熱為代表的陽盛。陽熱過盛，必然會消耗陰液，從而導致陰液的消耗，也就是所謂的“陽盛則陰病”。臨床表現除熱證外，還有陰虛津虧證，如發熱、煩渴、喜冷飲、面紅目赤、便秘、小便短赤、舌紅苔黃、脈數等。陰盛則寒，是指臟腑功能受到抑制或阻礙，氣的功能受限，熱不足，某些病理產物積聚的壹種病理狀態。陰寒過度必然損傷陽氣，導致陽虛，這就是所謂的“陰勝陽病”。臨床證候除寒證外，還有陽虛不溫證，表現為惡寒、胃脘痛、痰飲、泄瀉、苔白、脈緩而強等實寒證。
(二)陰陽衰微
陰陽的衰退是由於陰精和楊琪不足而引起的病理變化。如果由於某種原因，陰或陽的某壹方面在物質上或功能上減少，必然不能制約另壹方面，造成另壹方面相對繁榮，從而出現“陽虛為寒”、“陰虛為熱”的病理現象。陽虛是指陽氣不足，身體機能減退或虛弱，氣化不充分的病理狀態。臨床表現為畏寒肢冷、虛脫腹痛、溫壓便溏、小便清長、脈沈緩。陰虛是指體內的精、血、津液等物質流失，陰不能控制陽，導致陽相對偏盛，功能虛盛。臨床表現為低熱、面熱、盜汗、消瘦、骨蒸潮熱、咽幹口燥、舌紅少苔、脈弱等虛熱證。
(三)陰陽互失
陰陽互失是指陰或陽的任何壹方不足，病變的發展影響另壹方，形成陰陽兩虛的病機。即陽氣不足影響陰精不足，陰精不足又能影響陽氣不足，造成陽虛陰虧、陽虛的病理狀態。其癥狀表現為神疲乏力、消瘦、畏寒、口幹、自汗盜汗、頭暈耳鳴、舌淡苔白、脈弱。
(4)排斥陰陽
陰陽排斥是指陰陽發展到壹定程度，出現陰寒過度，排斥陽，或極深熱，陽熱內結，陰阻於外的病理狀態。陽盛陰盛是指邪熱內盛，深入內，陽氣受抑，陰困於內，而不能達於外四肢的病理狀態。病的本質是陽氣盛於內，但由於陰氣盛於表，臨床上出現肢冷(但不願蓋被子)、脈深(但用力按壓)等虛寒癥狀。陰盛陽盛是指陰寒之邪困於內，迫使陽氣浮於外，使陰陽之氣互不相容，互不相容的病理狀態。陰寒是疾病的本質，但由於陽氣過盛，臨床上出現虛熱癥狀，如臉紅(僅在顴骨)、體熱(反欲蓋衣蓋被)、口渴(但喜熱飲)、脈寬(不能按)。
(5)陰陽之失
陰陽失和是指人體的陰或陽突然大量喪失而導致死亡的壹種病理狀態，包括陰陽失和。陰死是指人體的精、血、津液大量損耗或流失，發展為陰道液嚴重流失或衰竭的壹種病理狀態。癥狀表現為汗出熱粘，皮膚幹燥，精神煩躁或昏迷，口渴喜冷飲，口幹舌燥，脈弱或數。陽氣之死是指人體的陽氣突然喪失，導致全身功能突然嚴重衰竭的壹種病理狀態。臨床表現為大汗淋漓，喜熱飲，惡寒畏寒，四肢冰涼，精神萎靡，呼吸微弱，面色蒼白，脈微斷腸。
總之，陰陽失調的病機是以陰陽具有相互制約、相互消長、相互利用、相互轉化的關系為理論基礎，闡述、分析、綜合機體壹切病理現象的機理。它是機體內環境變化的總綱，貫穿疾病的全過程。