種子形態學
種子的大小、形狀和顏色因物種不同而不同。椰子籽大，油菜、芝麻籽小，煙草、馬齒莧、蘭花更小。蠶豆、蕓豆為腎形，豌豆、龍眼為球形；花生是橢圓形的；瓜的種子大多是扁圓形的。有棕色和黑色等多種顏色，但也有其他顏色。例如，豆類種子有黑色、紅色、綠色、黃色和白色。有些種子光滑有光澤，有些暗淡或粗糙。表面粗糙的原因是表面有洞、溝、網紋、條紋、突起、脊等雕紋。有的還能看到成熟後種子從珠柄脫落留下的斑點，如肚臍和珠孔。有些種子還有翅、冠、刺、芒、毛等附屬物，有助於種子的傳播。種子的大小差別很大。壹顆帶內果皮的椰子種子可重達數公斤，而藥用植物馬齒莧種子的千粒重僅為0.1.3克，寄生的高等植物馬齒莧種子更小，千粒重僅為0.0029-0.0049克..
種子大小差異很大，各有其生物學意義。比如椰子的種子很大，每株的種子數量有限。因為種子容易發芽，而且種子富含液體胚乳，營養豐富，所以能得到“重點保障”。而那些體積小的種子更容易成功。雖然只有少數種子能發芽，但仍能產生大量後代。許多壹年生雜草植物以這種方式繁殖。
種子結構
種皮:由珠被發育而來，具有保護胚和胚乳的作用。裸子植物的種皮由三個不同的層組成。外層和內層為肉質層，中間層為石質層。
被子植物的種皮結構多種多樣，如花生、桃、杏等果皮較硬的種子，所以種皮結構簡單，薄如紙；在小麥、玉米、水稻、萵苣的種子中，果皮和種皮愈合，種子成熟時種皮被擠壓緊貼在果皮內層；壹些豆科植物和棉花的種子有堅硬的種皮，表皮下有柵欄狀的厚壁組織細胞層，表皮上有厚厚的角質膜。有些豆種因為角質膜太厚，很難發芽。棉籽的表皮上有很多毛，是棉纖維。番茄和石榴籽的種皮、外周組織或表皮細胞是肉質的。番茄種皮的表皮細胞柔軟、透明、呈膠狀，有刺。石榴皮的表皮細胞拉伸得很長，變成細線。細胞液中含有可供食用的糖分；荔枝、龍眼核的可食部分與石榴不同，石榴由肉質的假種皮構成，假種皮由種子周圍的珠柄組織突起而成。
種皮結構與種子休眠密切相關。有些植物種皮含有發芽抑制物質，所以去掉這樣的植物種皮會刺激種子發芽。
胚胎
由受精卵發育而成。壹個完全發育的胚胎由胚芽、胚軸、子葉和胚根組成。裸子植物的胚都是沿著種子的中心縱軸排列的。不同種類種子的胚之間唯壹的區別是子葉的數量，從1到18不等。但常見的子葉有兩種，如蘇鐵、銀杏、紅豆杉、香榧、紅杉、玉蜀黍、麻黃。
被子植物胚胎的形狀極其多樣，如橢圓形、長柱狀或弧形、馬蹄形、螺旋形等。盡管胚的形狀如此不同，但它在種子中的位置總是固定的，壹般胚根面向珠孔。
胚的子葉也是多種多樣的，有的細長扁平，有的含大量貯藏物質且肉質，如花生、蕓豆，有的是薄片如蓖麻。有些子葉類似真葉，邊緣呈鋸齒狀，有些在種子內部折疊多次，如棉花。
胚乳
裸子植物的胚乳是單倍體雌配子體，壹般比較發達，儲存較多的澱粉或脂肪，有的含有糊粉顆粒。胚乳壹般為淡黃色，少數為白色，銀杏成熟種子中的胚乳為綠色。
大多數被子植物在種子發育過程中有胚乳形成，但成熟種子中有些種類沒有胚乳或只有少量胚乳，這是因為其胚乳在發育過程中被胚分解吸收。壹般成熟種子分為兩類:胚乳種子和胚乳種子。
在無胚乳種子中，胚非常大，胚的各個部位都有大量的營養物質，尤其是子葉。有胚乳種子中胚與胚乳的比例在各種植物中有很大差異。
不同植物種子胚乳貯藏物質的壽命、數量和種類有很大差異。胚乳中最常見的貯藏物質是澱粉、蛋白質和脂肪。還有碳水化合物，如甘露糖、半纖維素等，可以沈積在細胞壁上，如咖啡、柿子、棗等，都是這樣儲存的。含澱粉胚乳往往是無生命的，如燈心草科、莎草科、禾本科、蓼科和石竹屬的含澱粉胚乳細胞，成熟後細胞核退化；百合科、石蒜科、萱草屬、蓖麻屬和胡蘿蔔屬的含澱粉胚乳細胞是活的。
壹般來說，在胚和胚乳的發育過程中，胚囊的體積不斷擴大，使胚囊外的珠心組織被破壞，最終被胚和胚乳吸收。所以成熟種子中沒有珠心組織。然而，壹些植物在種子發育過程中保留珠心組織，並儲存養分形成外胚乳。菠菜、甜菜和咖啡的成熟種子有外胚乳。辣椒和生姜的成熟種子既有胚乳又有外胚乳。
種子的壽命
種子離開母體後仍然是活的，但各種植物種子的壽命差別很大。它的壽命不僅與其遺傳特征和是否健壯有關，還受環境因素的影響。有些植物種子壽命很短，比如巴西橡膠的種子壽命只有壹周左右，而蓮的種子壽命很長，從幾百年到幾千年不等。
種子壽命的延長對優良作物的種子保存具有重要意義，即利用貯藏條件可以延長種子壽命。
實驗表明，低溫、低濕、避光和降低空氣中的含氧量是理想的儲存條件。例如，小麥種子在常溫下只能保存2-3年，但在-10℃時，相對濕度為30%，種子含水量為4-7%，可保存13年，而在-10℃時，相對濕度為30%，種子含水量為4-7%，可保存35年。許多國家采用低溫、幹燥、空調技術貯藏優良種子，使良種的保存由種植變為貯藏，大大節省了人力物力，保證了良種的質量。