1.藥物的毒性作用:有些中藥含有毒性成分，如附子、草烏等。如果加工處理不規範、使用不當或用量過大，會引起烏頭堿中毒的不良反應，如灼口、流涎、惡心嘔吐、四肢麻木、頭暈、呼吸困難、瞳孔散大、心律失常等。半夏不依法炮制，可引起舌、咽、口麻木、腫痛、流涎、張口困難等。，嚴重時會窒息。再比如雄黃中的砷，朱砂中的汞，都是引起不良反應的因素。此外，藥性強的中藥，如大黃、麝香、大戟、商陸等，出現不良反應的機會也很多。六神丸含有牛黃、蟾酥、冰片、麝香、雄黃粉等。具有清熱解毒、消腫止痛的作用。由於藥物藥效強大(且蟾酥、雄黃含有毒性成分)，不良反應報道較多，如藥疹、急性咽炎、先兆流產、藥物性肝炎、心律失常、心臟損害、過敏性紫癜，甚至中毒性休克。
2.醫證不符:中醫擅長辨證論治。如果辨證錯誤，用藥不正確，就會加重體內陰陽的病理狀態，也就是所謂的“虛實之弊”。比如人參是壹種補氣的藥物，適用於氣虛的證候。如果用於陰虛陽亢、虛熱的人，會出現頭暈、心悸、失眠、鼻衄、口舌生瘡、咽喉腫痛、大便幹燥、食欲不振等所謂的“人參濫用綜合征”。再比如中藥註射劑，如柴胡、清開靈、雙黃連、魚腥草等，對外感熱證、熱毒證等疾病有很好的臨床療效，但對寒證往往適得其反。臨床上看到的這類藥物的不良反應大多與此有關。
3.劑量不合適:中醫辨證，無論是證候還是每味藥的劑量都要合適。劑量要根據陰陽虛實程度、不同證候、不同方劑、不同人群，根據病情變化進行調整。如果用量過大或非常規，就會出現不良反應。如細辛常用劑量為3 ~ 6g，過量應用可導致呼吸緩慢，反射消失，最後因呼吸麻痹而死亡。川芎是活血化瘀的常用藥，壹般用量為3 ~ 9g。大劑量服用可能出現嚴重頭痛、嘔吐等不良反應。
4.煎藥方法不當或長期使用:煎服中藥湯劑時，應根據藥物的藥性、質地及處方要求及時煎服，否則容易引起不良反應。如附子、草烏等。，應煎煮30 ~ 60分鐘除去其麻味(分解烏頭堿)。煎煮時間過短，容易發生烏頭堿中毒。再比如山豆根不能煎太久。煎煮時間越長，副作用越強。如果藥物服用時間過長，還會引起蓄積性中毒，如朱砂蓄積性中毒，會損害肝腎功能。長期服用人參會導致頭暈、胸悶、哮喘、失眠，甚至精神錯亂。
5.制劑不良:由於劑型不同、制劑工藝不合理或藥物配伍加工不當，服藥後藥物毒性不減，出現毒副作用；或者因為給藥途徑不同，藥物吸收加快而出現不良反應。比如註射劑引起過敏反應或中毒的概率比口服制劑高，出現不良反應的時間也快很多；或者因為制劑的質量問題(如雜質、熱原、色素、植物蛋白等。)，會引起不良反應。
6.性別、年齡、體質因素:據文獻報道，女性比男性有更多的藥物不良反應，也有報道稱藥物性皮炎男性多於女性。老年人、嬰兒和年輕人對藥物的反應也不同。壹般來說，兒童和老年人比成人更容易出現不良反應，估計與藥物代謝較慢、腎臟排泄不暢或對藥物作用敏感性較高有關。不同體質也有正常的生物學差異。由於基因多態性的個體差異，有些人對某些藥物的耐受性差或“過敏”，容易出現過敏反應。在病理狀態下，機體的功能失調、抗體低下、虛弱、營養不良、疲勞、精神亢奮等都容易出現不良反應。另外，藥物以異物的形式進入體內，過敏體質的人出現過敏反應的概率很大。
7.人為因素，盲目用藥——壹些新研制的藥材或制劑，人們不知道其藥性，或者不詳細閱讀說明書，不了解其禁忌和註意事項，濫用會引起不良反應。特別是中藥註射劑，臨床上沒有辨證就盲目使用。如清開靈、雙黃連、魚腥草用於發熱，人參、參附註射液用於危重病人。還有的人生病就去醫院，迷信偏方、秘方，對壹些沒有經過審批的處方、藥方，不經過篩選、辨證就盲目用藥。稍有不慎就會造成不良後果。
8.配伍不當除了“十八反”和“十九畏”不能配伍外，有些中西藥合用也會出現不良反應，如含枳實的中藥與西藥呋喃唑酮合用引起胺中毒。山楂、五味子、烏梅等。與磺胺類藥物壹起使用時可引起血尿。柴胡註射液與安痛定、慶大黴素合用會大大增加過敏性休克的反應。
9.汙染:中藥儲存保存不當，造成鼠咬、蟲蛀、致病菌汙染、黴變變質；或者藥農在種植藥材時大量使用化肥和農藥，導致藥材中農藥等有害物質殘留，可導致藥物不良反應。