(1)內治(詳見中醫療法)
(2)外部治療
1.外洗法:局部腫痛時，可用苦參煎劑加減，煎劑趁熱熏洗。
2.外用方法:肛瘺急性期可外用易圖之家痔瘡膏。
冷凍加電療治療肛瘺
肛瘺非常常見，主要指肛門周圍的肉芽腫性導管，有內外開口。外口位於肛周皮膚上，內口位於肛管或直腸內。大多數肛瘺是由肛門直腸周圍的膿腫引起的。其主要表現是瘺口常流出少量膿性、血性、粘液性分泌物。冷凍療法治療肛瘺並不難，這是壹些簡單的物理療法所不能及的。
1，冷凍療法
適用於治療低位單純性肛瘺，采用-196攝氏度液氮使瘺管凝固壞死。然後脫落，形成新的傷口，自愈。麻醉下，先用刮匙從外口適當刮除瘺口，然後插入探針確定瘺口方向和走向，再拔出探針，選擇類似的冷凍探針(彎曲程度不同的銅管，直徑約2 mm)進行接觸冷凍，冷凍3分鐘，使整管成為白色冰棍。自然復溫後拔出探頭，外用消炎止痛藥膏，術後坐浴換藥。這種方法簡單、無痛、無出血、無肛門失禁等並發癥。
2、電療儀治療
根據中醫掛線療法[2]的原理，利用現代肛瘺電療儀的高溫物理技術治療肛瘺，通過電弧放電產生高溫燒灼局部組織，從而切開肛瘺，達到治療目的。適用於低位肛瘺的治療。麻醉下，用探頭找出瘺的內外開口及走向，用電療儀沿探頭依次切開肛瘺壁，露出創面，外用燙傷膏。此法操作簡單，療程短，電療壹次即可治愈。
肛瘺的中醫治療
肛瘺的中醫治療也可以概括為三個原則:消、托、補。由於發病原因不同，病情的變化也不同，因此在臨床應用中有多種治療方法。概括起來，大致有清熱涼血、清熱利濕、清熱解毒、補氣益血、瀉熱通腑、滋陰潤燥、補中益氣、活血化瘀、滋陰清熱、溫陽健脾等原則。
1.清熱涼血:適用於血熱腸燥引起的便血患者，或內痔出血、血栓性外痔患者。所選方藥常用梁雪地黃湯、槐角丸治療。
2、清熱利濕:適用於肛門直腸癰、肛竇炎、炎性外痔患者。所選方藥常用加味薊縣石室湯、龍膽瀉肝湯治療。
3.清熱解毒:適用於肛門直腸癰綜合征、內外痔感染患者。黃連解毒湯、仙方活命湯是治療所選方劑的常用方。
4、瀉熱清腸:適用於熱性結腸燥引起的便秘患者。常用大承氣湯、脾破裂馬人丸治療所選方劑。
5、滋陰潤燥:適用於血虛、津液不足引起的便秘患者。所選方劑常以潤腸湯、五仁湯或增液湯治療。
6、氣血:適用於氣血不足或久病體弱者。方劑常用十全大補湯、八珍湯治療。
7.補中益氣:適用於小兒、體虛或經產婦的老年人，氣虛下陷引起的直腸脫垂或內痔脫垂患者。補中益氣湯常用於治療選方。
8、滋陰清熱:適用於肛瘺、痔瘡等陰虛內熱患者。方劑常以青蒿鱉甲湯治療。
9、活血化瘀:適用於氣滯血瘀、經絡瘀滯的患者。桃紅四物湯常用於治療選方。
10，溫陽健脾:適用於脾陽虛或脾腎陽虛引起的便血患者。加味黃圖湯常用於治療精選方劑。
肛瘺患者的自我護理尤為重要，不僅能改善局部不良環境的刺激，還能為治療和康復提供良好的基礎。緩解期註意肛門的清潔衛生，經常用溫鹽水沖洗肛門，或用明礬水外洗，或用高錳酸鉀溶液沖洗該部位，每晚至少壹次，既能清潔局部衛生，又能改善局部血液循環，增強對疾病的抵抗力，減輕炎癥反應。肛瘺分泌物增多時，內褲要勤洗勤換，不能讓分泌物堆積在患處。發作時可手術擴大外口引流膿液，既可緩解脹痛，又可防止膿液擴散到其他部位。總之，采取適當的保健措施可以控制疾病的發展，減少患者的痛苦。肛瘺的治療原則應根據肛裂的機理和肛瘺的解剖結構。
①內口切除:肛瘺治療的關鍵是術中找到原發內口，切除感染的肛竇、肛腺及其導管。
②處理瘺管、支管和死腔:清理瘺管、支管和死腔，避免術後復發。
③保留肛管直腸環:肛瘺術中應明確診斷，查明內口及瘺口方向，保留肛管直腸環，維持正常的肛門包容功能。
在具體操作中，壹定要仔細尋找內口，防止切斷肛門直腸環。
治療方案
肛瘺不能自愈。不治療，肛周膿腫會復發，必須手術治療。治療原則是切開瘺管形成開放性傷口，促進愈合。手術方法很多。應根據內口的位置和瘺管與肛門括約肌的關系選擇手術方式。手術的關鍵是盡量減少對肛門括約肌的損傷，防止肛門失禁，避免瘺管復發。
瘺管切開術是壹種切開所有瘺管並通過肉芽組織生長來愈合傷口的方法。適用於低位肛瘺，因為瘺口在外括約肌深部以下。開刀後只是損傷了外括約肌的皮下和淺表部分，不會出現術後肛門失禁。手術在骶管麻醉或局部麻醉下進行。側臥位或截石位時，先從外口向患者註射亞甲藍溶液，確定內口位置，再從外口向膽結石管內插入探針，了解瘺口運行情況及其與括約肌的關系。在探針的引導下，切割探針上的表面組織，直到內部開口。刮除瘺口肉芽組織和壞死組織，修整皮膚邊緣使傷口呈內小外大的V形傷口，用油紗布填塞傷口，保證傷口自下而上向外生長。
肛瘺切開術的手術步驟:
手術原則是徹底切開瘺口，充分去除切口兩側的瘢痕組織，使引流通暢，切口逐漸愈合。這種方法只適用於低位直形或弧形肛瘺。操作方法如下。
1正確探查內口尋找內口的操作與掛線療法相同。探完內口後，將探頭從肛門中拔出。如果瘺管彎曲或分支，探針無法探入內口，則從外口註入少量1%亞甲藍溶液確定內口位置，然後用開槽探針從外口探入，逐漸切開管道，直至探入內口。如果仔細探查後找不到內口，可將疑有病變的肛竇作為內口處理。
2.切開瘺管，完全切除邊緣組織。切開瘺的所有表面組織，從外口到內口和相應的肛門括約肌纖維。瘺管切開後，檢查有無分支管，如有則切開。瘺管完全切開後，腐爛的肉芽組織會被刮幹凈。壹般不需要切開整個瘺管，避免傷口過大。最後修剪傷口邊緣，使傷口呈V字形，底部有壹個小開口，便於傷口深處先愈合。
3肛門括約肌切斷術中，應仔細了解探頭位置與肛門直腸環的關系。比如探頭進入肛門直腸環下方，雖然瘺管和大部分外括約肌以及相應的內括約肌都被切斷，但由於保留了恥骨直腸肌，不會造成肛門失禁。比如探頭進入肛門直腸環以上的直腸(如括約肌上的肛瘺、括約肌上的肛外瘺)，就不應該做瘺管切開術，而應該做掛線療法或掛線分期手術。第壹階段，切開或切除環下瘺管，環上瘺管用粗絲吊住，紮緊。第二次手術，在大部分外部傷口愈合後，將肛門直腸環粘連固定，然後沿絲線切開肛門直腸環。
瘺管切開後，可用刮匙刮去壁的肉芽組織，壹般不需要取出，以減少出血，避免損傷後壁括約肌。切除的瘺管組織應送病理檢查。
4傷口處理術後傷口的處理往往關系到手術的成敗。關鍵是要保持傷口從基底到表面逐漸愈合。每天換藥壹次，最好是排便後，傷口內的填充敷料會逐漸減少，直到肛管內的傷口愈合。每隔幾天做壹次直腸指檢，可以擴張肛管，防止橋粘連和假愈合。
2.掛線療法是利用橡皮筋或腐蝕性藥線的機械壓迫，緩慢切開肛瘺的方法。適用於距肛門3-5 cm以內的內外口低或高的單純性肛瘺，或作為復雜肛瘺切開切除的輔助治療。它最大的優點就是不會造成肛門失禁。被結紮的肌肉組織出現血供障礙，逐漸壞死、斷開。然而，由於炎癥反應引起的纖維化，切斷的肌肉與周圍組織粘連。肌肉不會收縮太多而逐漸愈合，從而防止因切割的肛門直腸環回縮而引起的肛門失禁。同時，掛線還可以引流瘺管，排除瘺管內的滲出物。預防急性感染的發生。這種方法還具有操作簡單、出血少、換藥方便、皮筋脫落前無皮膚切口粘連等優點。手術在骶管麻醉或局部麻醉下進行，探頭從外口插入。順著瘺管的方向，穿過內口。在內口處的探頭上系壹根消毒過的橡皮筋或粗絲線，引導其穿過整個瘺口，切開內外口之間的皮膚，然後系線。術後每口坐浴，排便後清潔局部。如果結紮線多，3-5天後再結紮線。壹般結紮後的組織在10-14天後自發斷裂。3.肛瘺切除術:撬動瘺管，將瘺管骨壁全部切除至健康組織，創面不縫合；如果傷口較大，可以部分縫合，部分切開，填充人油紗布，使傷口從底部向外生長，直至愈合。適用於低位單純性肛瘺。
SFT技術，即肛腸疾病全電腦化診療系統，集檢查、治療、生物電阻抗自動測量(BEIM)專利技術於壹體，由高頻電容場治療功能、高頻電刀功能、高頻電容場止血功能、高頻電凝功能組成。該技術主要用於肛瘺和肛周膿腫的微創治療。病變部位顯示在電腦屏幕上，圖像清晰、準確、凝固。在治療過程中，根據癥狀部位即最佳治療部位的要求，治療範圍小而淺，病變組織瞬間凝固硬化，不碳化，避免了傳統手術損傷肛門括約肌造成的肛門失禁和傳統手術引起的肛門疼痛、排尿困難、尿瀦留等不良反應和並發癥，開創了肛瘺、肛周膿腫微創治療的典範。