病原菌主要在帶菌核的病果上越冬。死果的菌核在次年3月中下旬萌發出芽，大量子囊孢子散發。此時正值桃花盛開之際，若遇陰雨，可導致花朵大量生病並迅速死亡，成為病變組織。這些病花的碎片和殘留物(包括花瓣、花藥、花絲、花柱和花萼等。)遇風雨被吹走，散落並附著在新葉和幼果上，引起葉片和幼果病害。因此，在病葉和病果上，壹般可以清楚地看到病花的碎片或殘跡。桃園管理粗放，園內潮濕，排水不暢，冬季不深耕，春季不翻耕鋤地，越冬病菌多，春季桃樹花期、幼果期易發病。由於桃花花萼形大，雄蕊多，花絲長，在幼果上停留時間長，容易附著病殘之物。因此，桃樹幼果在低溫陰雨天氣下生長，幼果發育緩慢，花萼不能順利脫落，就非常容易生病。油菜或十字花科蔬菜、生菜等作物帶籽間作時，容易發生菌核病，容易造成桃園潮濕、通風不良，容易增加病菌，使桃樹病情加重。桃幼果發病後，病菌可通過病果與好果之間的接觸，或病葉與好果之間的接觸傳播。所以，如果果實留在太多的地方，枝條太密，果葉連接緊密，往往會造成幼果的串腐。核盤菌只在桃樹開花期和幼果期發生，5月以後不發生。
防治方法(1)冬季修剪時，小心去除樹上的枯枝和硬果；桃園不要間作油菜、生菜等易感染菌核病的作物；冬天花園深翻，落果深埋；早春及時犁地鋤草，噴灑石灰粉，消滅地面殘留病果上萌發的子囊菌，消滅病源。(2)若幼期果實過多，應及時疏果，避免果實間緊密接觸，防止病果與好果接觸傳播。(3)疏果時，用人工花萼去除萼片不能順利脫落的幼果。根據實驗和觀察，及時去除花萼的幼果很少感染核盤菌。(4)用病源劑防治褐腐病，但重點是第壹次和第二次。