《醫宗金鏡》認為手法是“正骨之首”，確立了手法在骨科中的地位:“手法之夫，就是用雙手把受傷的筋骨放好，使之恢復舊貌。但傷勢嚴重，手法得當。它的恢復可能會延遲，不管它是否留下殘疾，這與技術的正確應用有關，或失去其適當性，或未能盡力而為。覆蓋壹個全身的骨骼是不壹致的，但是十二經脈和筋脈的順序是不壹樣的，所以壹定要知道它們的體貌和所在的部位。我們壹旦在病中，機觸外，生於內，手隨意轉，法從手出。或拖走復合，或推推復位，或拉直，或修整其間隙，則骨斷、斷、斜斷，腱松、立、卷、扭、轉、離、合。雖然是在肉裏，但是用手是知道的。當方法被應用時，病人並不知道它的痛苦，這就是所謂的操縱。與生命有關的傷有很多，比如七竅通腦，橫膈膜近心，四端受傷痛。即使他生命力強，敗血病也容易散，能及時康復，戰術不可亂用；如果生命力弱，壹旦受傷，就很難支撐下去。如果戰術再錯，就很難挽回了。所以特別慎重。蓋正骨的壹定要聰明巧，知道自己的病，善用老公的戰術，然後多效治療自己。以手為血肉之體，可作為奇妙的工具，可自行卷起，可開合，可達到血氣停滯，皮膚腫痛，筋骨攣縮，情誌痛苦。比起那些拿著儀器搞拘留的，差遠了。如果是技術的話，坦誠是第壹位的。”
《醫宗金鏡》詳細論述了觸、接、提、推、取、按、揉等八種正骨方法，是第壹部正骨的科學總結。其中，觸摸是壹種診斷技術，又稱觸診、觸診或觸診。接、端、提主要是骨折復位技術；推、拿、按、揉主要是軟組織手法。該書對“筋”(即軟組織)疾病的觀察和分類，對骨病的描述，以及“骨折脫位”的理論，對骨傷推拿具有重要的指導意義。
《醫宗金鏡》記載了許多治療骨傷的按摩手法，如:
關於胸椎脫位(後關節紊亂)，書中主張先松解軟組織，再按壓脊柱復位，配合內服外敷藥物:“先受寒者，後受跌打之傷，必停滯凝結。脊椎肌腱長了，縫合就不對了，就會變彎。先揉筋使其變軟；然後壓骨，慢慢合縫，後背就直了。口服正骨紫金丹，然後敷丁童粉，用紅烙鐵燙壹下，感覺熱了就把藥敷上，再把調好的膏糊上。”
關於腰部的軟組織損傷，書89介紹了壹種通過牽拉上半身來舒筋活絡的方法:“腰椎骨，即脊柱的十四椎骨、十五椎骨和十六椎骨之間的骨頭。如果摔傷了，會俯臥，但不能仰臥或側臥。疼痛難忍，腰肌僵硬。適當的手法:將兩側的脊柱肌肉向內貼在跗骨上，治療者會站在高處，將患者的手高高舉起，這樣脊柱肌肉會完全放松，然後患者會仰面挺胸，這樣跗骨就會被取出。內服補金丸，外用萬靈膏，灸熨止痛散”。
關於跌打頭部損傷，書中用拉伸頸椎、棒擊足的方法治療:“凡頭部損傷而無斷骨斷筋，積有腫痛者，皆可治。先用手擡起頸部筋骨，再用布包住頭部紮緊，再用振動棒輕輕拍打腳部，使五臟之氣上下相通，瘀血發散，這樣心就不會急，也不會吐，反而心神舒暢。如果已經包了頭，拍腳就感覺不到疼了，也就不省人事了。妳的痰必發出像鋸子的聲音，妳的身體必僵硬，妳的口必滿溢唾液，但妳的血必耗盡，妳必不能痊愈。”
關於顳下頜關節脫位，書中主張“壹次起跳的是錯的，兩次起跳的是摔倒的。”凡是治療單脫的，用手摘下來，雙手托住下巴，稍向外拉，再向內托，然後兩個鉤子都戴在環上。然後從地櫃上把布繞在頭頂固定。"
除醫宗金鑒外，清代其他醫學專著如《揉骨秘法》、《傷科精通》、《按摩經》、《動力按摩秘方》、《石室秘籍》、《傷科補要》、《壹指禪》等。，有很多治療骨傷的內容。
小兒推拿興起於明末，最早流行於中國南方民間。到了清代，小兒推拿進壹步在民間流傳，發展到全國。正如陳桂新在《李政按摩》的序言中所說，“壹種北方人常用的按摩方法。
在京城遇到直隸的滿族人，喝了酒後經常會有點不舒服。如果我用這種方法，雲氣可以消腫，通絡，也是治病的良方。南方人專治小兒，稱為‘推拿’。學習是表演者，沒必要把所有人都治好。每次看到各個城市掛著“某按摩休克部”的版本。所以可知，醫生不求甚解，女人卻以此為食。"
小兒推拿除了在民間流傳，也受到了壹些醫生(主要是兒科醫生)的重視。例如，康熙時期的名醫丁霞不僅用藥物來引誘活人，還用按摩來治療小兒疾病。《幼兒鐵鏡》這本書以按摩為主。
這壹時期，小兒推拿的適應癥從早期的驚風擴大到了兒科的大部分疾病。
這壹時期，小兒推拿著作數量明顯增多，但主要是繼承，而非成文，在理論、手法、臨床等方面沒有大的創新。
清代高質量的小兒推拿著作有《推拿廣益》、《小兒推拿秘書》、《小兒鐵鏡》、《護紅推拿法》、《小兒推拿全書》、《李政推拿要領》等。
《推拿廣義》(三卷本)由清代熊編著，陳世凱校訂。寫於清康熙十五年(1676)。又稱“小兒推拿廣意”。第壹冊第壹部分為總論，論述推拿在小兒驚風治療中的作用，其主旨來源於《袖珍小兒補方論》；其次闡述了兒科的診斷和治療，介紹了手足45個特殊按摩穴位的適應癥，並以圖集展示；手法以推、握為主，提出了“手部按摩二序”和“面部按摩二序”，即手部和頭部、面部按摩操作的常規程序；還有21幀“推坎宮”、“推竹”、“打馬過天河”等操控圖，有詳細的文字說明；最後是《臟腑歌》，來源於《小兒推拿經典》中的《推拿歌》和《小兒推拿秘笈》中的《五臟治疾歌》，探討小兒臟腑疾病的推拿方法。中冊主要論述17胎毒、驚風、熱等多種疾病的按摩治療。第二卷包含187個治療兒科常見疾病的內服和外用處方。本書是清代第壹部小兒推拿專著，也是最具影響力的小兒推拿專著。明代小兒推拿主要用於治療驚風，其他疾病往往不為人知。本書除了專設驚厥門外，還有發熱、傷寒、嘔吐、腹瀉、腹痛、痢疾、瘧疾、消化不良、貪食癥、疾病、咳嗽、腫脹、眼疾、雜病等門，擴大了小兒推拿的治療範圍。書中繪制的推拿手法操作圖和明末的《萬浴淑賢》是對小兒推拿的壹大貢獻。
《幼兒園按摩書記》5卷本，羅如龍撰，羅敏新編，成書於康熙三十年(1691)。第四冊有《推拿病證分類》。
《幽客鐵鏡》是丁霞於康熙三十四年(1695)所作。這本書是兒科專著，但作者特別關註小兒推拿。第壹冊包含小兒推拿方法，每種情況下也有小兒推拿內容。書中記載的小兒推拿手法都是作者家傳或臨床試驗過的，地圖穴位也經過兩代人的試驗。臨床無效的，如“老人拉”、“猿猴摘果”等，全部刪除。作者認為“按摩是藥的味道”，假裝“按摩代替了藥”。比如“推至三級，而非麻黃、肉桂；退五臟六腑，代之以滑石、羚羊。”按摩壹定要在下午，不能在上午；慢休克屬於虛，宜藥不宜推的觀點也成了壹家之言。
《護紅推拿法》由夏編著，成書於光緒十年(1885)。書前先講解了12小兒推拿常用手法，如取、推、捏、揉、搖、扭、拉、揉、運、刮、分、和等，簡明扼要；本文敘述了小兒推拿的註意事項，並附“推拿醫學”。文中首先敘述了開天門、分推太陰太陽、捏天至髓、揉耳搖頭四法，主張所有小兒都要先用這四法開合竅，再辨證選法。其次，簡要介紹揉太陽等穴的手法和適應癥，主張推各穴捏肩好收功。作者代代相傳醫術，親自在金陵育嬰室設立小兒推拿專科。所以書中記載的方法都是適合臨床的實用模仿。
《小兒推拿全書》由徐編撰，完成於光緒三年(1877)。最開始是三句旋律風格，後來人們稱之為“推拿三字經”。之後有《三字推拿經》和四字脈診方，還有推拿圖解和操作方法，比三字經多。徐認為，古籍中所載的推拿適合小兒，但人的經絡與氣血、老幼並無本質區別。只要根據年齡調整按摩頻率，兒童的按摩方法也適合成人。在手法上，提倡四歲以下嬰幼兒按摩300次，兒童按摩3000次，16以上成人按摩30000次。還主張只多推壹個穴位，如霍亂吐瀉單獨推門，腮腺炎單獨服六腑。本書按摩治療的範圍也有所擴大。除了常見的兒童疾病外，作者還根據當時的疫情，用推拿治療霍亂、瘟疫、流行性腮腺炎、潰瘍、肺結核、腎虛牙痛等疾病。許還將穴位按摩的作用與方劑功效進行類比總結，如推三關參附湯、動八卦調中益氣湯等。
張振倫主編的《李政推拿》四卷本，成書於光緒十四年(1888)，又名《小兒推拿術》。本書全面總結了明代以來流行的小兒推拿八大基本手法，包括按、揉、捏、揉、推、運、揉、抖。並介紹了20種外治法的具體應用，以及24種小兒常見病的辨證論治、推拿治療、方藥治療，將胸腹診斷法引入小兒推拿。這本書是晚清時期研究小兒推拿手法的重要著作。
雖然明代中、後葉按摩科被取消，成人婦科疾病的按摩治療直到清代才得以正式開展，但仍有壹些婦科、眼科的手工治療內容散見於當時的許多醫學文獻中。