《錢進方》雖未註明引用出處，但仍可看出其不僅引用了張仲景、華佗、陳、支法存等20余位名醫的驗方，還收集了許多流傳於漢族民眾、學者、官僚、宗教界、少數民族及外國的驗方，如榮老方、九方、學者···黃芳等。
孫思邈在繼承前人成果的基礎上，對雜病的認識、預防和保健也做出了許多創造性的貢獻。例如，他正確揭示了糖尿病與癤癰的關系，指出防止糖尿病患者並發化膿性感染是壹個重要問題，警告醫生不要對已確診為糖尿病的患者進行針灸治療，提醒糖尿病患者要時刻警惕破皮和癰的危險，強調患者應隨身攜帶預防癰腫的藥物以備不時之需。
孫思邈痢疾根據臨床表現和大便形態可分為紅白痢疾、血痢、膿痢、慢性痢疾、休止痢疾五種類型，基本可以區分細菌性痢疾和阿米巴痢疾。
孫思邈對麻風病的描述、分類和預後也與後世非常相似。
此外，他還明確指出，霍亂的病因與飲食有關，與鬼神無關；骨關節結核常發生在較大的關節，成人主要在髕骨和膝關節，兒童主要在脊柱。水腫患者要註意忌鹽。這些都體現了很高的學術水平。
孫思邈在總結其他醫生經驗的基礎上，對壹些營養缺乏癥有了深入的認識，並創造性地針對病因使用了特殊藥物。比如他認識到疥瘡是部分山區居民長期飲用劣質水所致，主張使用動物甲狀腺和海鮮類藥物進行治療，與後世用碘治療地方性甲狀腺腫的方法完全壹致。
孫思邈對雀的癥狀描述得非常詳細，並強調了用各種動物肝臟進行治療。此外，方還論述了腳氣的歷史，指出經常服用固脾湯熬制的粥可以防治，這也是最早用富含B族維生素的物質治療維生素B1缺乏癥的記載。
就針灸與藥物治療的關系而言，孫思邈非常重視針藥綜合治療原則，指出“針而不灸，灸而不針，非良醫；針灸不是藥，藥不是針灸，尤其是不好的藥。.....懂針懂藥才是好醫生。“也就是說，孫思邈認為壹個好醫生的標準必須是既精通針灸又精通方藥，這是很有道理的。
孫思邈還強調了辨證論治原則在針灸臨床中的應用:“或壹病用幾十穴，或壹病用幾穴，都要臨時用。”孫思邈在甄權《針灸圖譜》的基礎上，創造性地繪制了三幅大型針灸經絡穴位彩色掛圖。三張圖分別用不同的顏色繪制了人體的前、後、側十二經脈和齊靜八脈，開創了彩色針灸繪圖的先河，對提高針灸教學質量和準確定位穴位具有重要作用。
此外，療效顯著的“阿是穴”也在《錢進方》中首次記載。
“阿是穴”的發現，使針灸治療向前邁進了壹步。哪裏疼就在哪裏紮針。這種方法叫做“帶痛取穴”。此後，這種穴位也被統稱為“阿是穴”。
孫思邈是壹位精通且全面的臨床專家，尤其重視婦科和兒科。《兩千金方》婦產科學內容多達7卷，系統闡述了產前、產後、月經不調、崩漏帶下等婦科疾病的防治。
孫思邈對胚胎發育過程、產前保健和胎教有深刻的認識，並指出為了使“出生的嬰兒完美無缺”，孕婦必須避免禁忌，“彈琴調神，縱欲”。在懷孕的不同階段，對孕婦的活動應有不同的限制，如“三月獨居”，五月後由靜轉靜，讓其從事壹些輕體力勞動，同時增加營養，使胎兒“壯髓壯骨安五臟”。
孫思邈強調，孕婦在臨產前後情緒要穩定，以免受到打擾。助產士不得表現出恐慌或悲傷的表情，以避免難產或其他疾病。
用火割臍部傷口，對預防嬰兒破傷風有重要作用。孫思邈對新生兒的護理和嬰兒的養育也有專門的論述。他主張胎兒出生後先洗澡，用豬膽汁煲湯，用軟布包裹。
此外，孫思邈對嬰幼兒奶媽的選拔提出了科學嚴格的要求:“所有奶媽...但不可取狐臭、疥瘡、痿、氣咳、疥瘡、癡呆、禿頂、失明、唇裂、耳聾、臭鼻、癲癇。”孫思邈的作品在探討嬰兒的發育過程、母乳餵養、羊奶餵養衛生等方面都達到了很高的水平。
孫思邈非常註重按摩指導的手法，主張靜態鍛煉和動態鍛煉相結合，建議老年人從事壹些不會引起疲勞的輕體力勞動。它還強調，人們不要隨地吐痰，不要吃不熟悉、不幹凈和有毒的食物，不要吃得太多，要細嚼慢咽，飯後漱口和散步，睡覺時不要張嘴和捂頭。他提出的這些細微而具體的要求，都是符合科學原理的。