臨床上適用於以下疾病:
中風:適用於中風閉證、熱證，突然昏迷，神誌不清，半身不遂，口眼歪斜，牙齒緊咬，面紅氣厚，咽部有痰，舌質紅，苔黃膩，脈滑。具有上述癥狀的腦梗塞和腦出血。
腦外傷綜合征:腦外傷後，瘀血痰濁不能及時清除，脈絡受阻，肝風內動而致昏迷。
流行性腦脊髓膜炎、流行性乙型腦炎、中毒性腦病、敗血癥:癥見高熱、煩躁不安、譫妄、咽部有痰、抽搐、斑疹、嘔吐、舌紅苔焦、脈數。
有機磷農藥中毒:適用於有機磷農藥中毒引起的高熱(40℃以上)、昏迷、痰瘀等癥。
急性黃疸型肝炎:適用於全身黃染，鞏膜黃如金，嗜睡，時有譫妄，全身出汗，氣息腐臭，體溫升高，小便暗黃，大便幹燥，胸脅脹滿，小腹拒按，舌紅，苔黃膩等。
肺性腦病低氧血癥:適用於昏昏欲睡，醒不來，喘息咳痰，氣短，咳出黃膿痰，面唇發青，脈滑的患者。
小兒肺炎:高熱、煩躁、頭痛、咳嗽、譫妄、咽部有痰、抽搐、舌紅、苔黃、脈數。
中晚期肝癌:對控制發熱、黃疸、肝區疼痛、消化道出血、厭食等肝癌癥狀有較好的效果，對肺癌發熱也有壹定的療效。
此外，還可用於頑固性蕁麻疹、重癥藥疹、毒蛇咬傷、附睪炎等。
註意:
1.這種藥是為熱致昏迷設計的，但不應用於冷致昏迷。
2、藥方中含有麝香，香味逸出，對胎氣有害，孕婦不宜服用。
3.用藥期間飲食宜清淡，忌辛辣油膩之品，以免助熱化痰。
4.此藥含朱砂、雄黃，不宜長期過量服用。肝腎功能不全者慎用。
5、在治療過程中，如出現肢冷畏寒、面色蒼白、出冷汗、脈微斷腸、由閉轉為離證，應立即停藥。
6、高熱、昏迷、中風等口腔困難時，鼻飼。
安宮牛黃丸屬於處方藥，應在醫生指導下使用。對於健康家庭來說，沒有必要將安宮牛黃丸作為家庭常備藥。但如果家裏有中風患者或高血壓患者，就要準備安宮牛黃丸。