治療前應明確患者的肝病是否由HCV感染引起，只有確診為HCVRNA陽性的丙肝患者才需要抗病毒治療。目前最有效的抗病毒治療是長效幹擾素PEG-IFNα和利巴韋林的聯合用藥，這也是EASL批準的治療慢性丙型肝炎的標準方案(SOC)，其次是普通IFNα或IFN和利巴韋林的聯合用藥，均優於單用IFNα。PEG幹擾素α(PEG-IFNα)是壹種與IFNα交聯的無活性、無毒性的PEG分子，可延緩註射後IFNα的吸收和消除。其半衰期長，每周1劑後可維持有效血藥濃度。
美國於2011年5月批準了直接作用抗病毒藥物(DAA)蛋白酶抑制劑博西韋(BOC)或特拉匹韋(TVR)和幹擾素聯合利巴韋林的三聯療法用於臨床，並推薦用於基因型為1的HCV感染，可提高治愈率。壹天三次(每7-9小時壹次)在中國銀行飯後或壹天三次(每7-9小時壹次)在TVR(非低脂飲食)。在此期間，應密切監測HCVRNA，如有病毒學突破(血清HCVRNA最低值後上升>；1log)，應停用蛋白酶抑制劑。
2.普通丙型肝炎患者的治療
(1)急性丙型肝炎有確切證據表明幹擾素治療可降低急性丙型肝炎的慢性化率，可在HCV感染的急性肝炎發病後8-12周進行，療程為12-24周。最佳治療方案尚未最終確定，但早期治療非常重要，對於基因1 (>: 800000logIU/ml)的高病毒載量更有效。
(2)慢性丙型肝炎患者在治療前應評估肝病的嚴重程度。肝活檢中反復出現肝功能異常或明顯炎性壞死(G≥2)或中度纖維化(S≥2)的患者，易發生肝硬化，應給予抗病毒治療。
(3)丙型肝炎肝硬化①代償性肝硬化(Child-PughA分級)患者，雖然對治療的耐受性和效果有所下降，但建議在嚴密觀察下給予抗病毒治療，以穩定病情，延緩或預防肝衰竭、HCC等並發癥的發生。②失代償期肝硬化患者:IFNα治療的不良反應難以耐受，如有可能應進行肝移植。
3.特殊丙型肝炎患者的治療
(1)兒童和老年人對兒童慢性丙型肝炎的治療經驗不足。初步臨床研究結果表明，IFNα單藥治療的SVR率似乎高於成人，且藥物耐受性更好。原則上，65歲或70歲以上的老年患者也應接受抗病毒治療，但他們對治療的耐受性壹般較差。因此，應綜合衡量患者的年齡、藥物耐受性、並發癥(如高血壓、冠心病等。)和患者意願來決定是否給予抗病毒治療。
(2)吸毒者的酒精中毒和慢性酒精中毒及藥物濫用可能促進HCV復制，加重肝臟損害，從而加速肝硬化甚至HCC的發展。由於酒精和藥物依賴者對抗病毒治療的依從性、耐受性和SVR率較低，因此在丙肝治療中需要同時戒酒和戒毒。
(3)HBV或HIV感染與HBV感染的結合將加速慢性丙型肝炎向肝硬化或HCC的進展。對於HCVRNA陽性/HBVDNA陰性患者，應先進行抗HCV治療；對於兩種病毒均有活躍復制者，建議先用IFNα加利巴韋林清除HCV，治療後HBVDNA持續陽性者可給予抗HBV治療。這類患者的治療需要進壹步研究，以確定最佳治療方案。
HIV感染還可加速慢性丙型肝炎的進展，抗HCV治療主要取決於CD4+細胞計數和肝組織纖維化分期。如果免疫功能正常，並且沒有立即進行高效抗逆轉錄病毒治療(HAART)的指征，則應首先治療HCV感染。正在接受HAART治療並患有S2或S3肝纖維化的患者應同時接受抗HCV治療。但是，應特別註意利巴韋林和抗HIV核苷類似物相互作用的可能性，包括乳酸酸中毒。對於嚴重免疫抑制的患者(CD4+陽性淋巴細胞
(4)慢性腎功能衰竭慢性病毒性丙肝伴腎功能衰竭且未接受透析的患者，不宜進行抗病毒治療。接受過透析且組織病理學無肝硬化的患者(尤其是準備腎移植的患者)可以單用IFNα治療(註意透析後給藥)。由於腎功能不全患者可出現嚴重溶血，壹般不使用利巴韋林聯合治療。
(5)肝移植術後丙肝復發丙肝相關肝硬化或肝移植術後HCC患者，丙肝感染復發率高。IFNα治療對這類患者有效，但可能促進移植肝的排斥反應，抗病毒治療可在有經驗的專科醫生指導和密切觀察下進行。
丙肝抗病毒治療療程長，副作用大，需要在有經驗的專家指導下安全用藥。在治療過程中，要及時評估療效，根據反應指導治療，同時密切監測藥物的不良反應，盡可能避免嚴重的不良反應。
4.抗病毒治療的禁忌癥
(1)幹擾素的絕對禁忌癥①懷孕；②重度抑郁癥等精神病史；③未控制的癲癇；④單相思酗酒或吸毒成癮；⑤未控制的自身免疫性疾病。⑥失代償期肝硬化；7有癥狀的心臟病；8治療前，粒細胞
(2)幹擾素的相對禁忌癥有甲狀腺疾病、視網膜病變、銀屑病、抑郁癥既往史、未控制的糖尿病和未控制的高血壓。
(3)利巴韋林的絕對禁忌癥是妊娠、嚴重心臟病、腎功能不全和血紅蛋白病
(4)利巴韋林的相對禁忌癥未控制的高血壓、未控制的冠心病、HB