藥物治療主要使用抗病毒藥物，如碘苷，又稱單純皰疹，主要適用於首次發作的病例，反復復發的病例宜改用其他藥物；阿糖胞苷有壹定療效，但對正常細胞有毒性，故常使用其衍生物環胞苷；利巴韋林又稱病毒唑，是壹種廣譜抗病毒藥物，療效好，對正常細胞毒性低。阿昔洛韋又稱無環鳥苷，是壹種有效的抗病毒藥物，尤其對皰疹病毒有明顯的抑制作用；其他抗病毒藥物如阿糖胞苷、三氟甲基胸苷等。也可使用腎上腺皮質激素，因其具有抑制角膜免疫反應和抗炎作用，後期常用於單純皰疹性角膜炎的治療，但應掌握以下原則:①禁止上皮性或淺表性角膜炎癥。因為它能激活病毒和膠原酶的活性，促進病毒繁殖，使疾病向更深層次發展。還會抑制上皮再生，甚至引起潰瘍穿孔。②僅用於無潰瘍的深部炎癥反應患者。因為深部HSK，尤其是盤狀角膜炎的發病機制也是對病毒抗原過敏，所以使用皮質類固醇是合理的，但要同時使用抗病毒藥物。1 ~ 2用熒光素染色，每天壹次。如果有潰瘍，立即停止使用，按潰瘍處理。
手術治療，根據病情選擇手術方式。常用的方法有:機械清創、前房穿刺、結膜瓣遮蓋、角膜移植等。
中醫治療是根據病因辨證施治。風熱犯者，選銀翹散祛風清熱；如果肝膽發炎，選擇龍膽瀉肝湯的清肝瀉火劑；因濕熱熏蒸，選用三仁湯為清熱祛濕劑；正能量虧虛，邪氣尚存者，需扶正祛邪，選用地黃丸加減方治療。中藥除了內服外，還配合局部治療，常選用清熱解毒的中藥制劑滴眼液，如黃芩滴眼液；如果病情嚴重，銀黃註射液可作為結膜下註射。此外，中藥湯劑可在服用前熏制，或霧化。