正常情況下，食管下端的括約肌保持壹定的張力，形成高壓帶，將胃與食管隔開，防止胃內容物回流到食管，而食管的蠕動波也能把反流物推回胃。新生嬰兒的食管下括約肌發育不良，其張力較低。建立有效的抗反流屏障需要5-7周，隨著年齡的增長會逐漸改善。此外，嬰兒食管下括約肌到咽部的距離比成人短，平臥時間較長，哭鬧時腹壓大增。如果餵養和吞咽不當導致胃擴張，就容易發生胃食管反流。
嬰兒胃食管反流病有四大癥狀，即吐奶、體重減輕、出血和肺部癥狀，其中吐奶最為常見。據統計，幾乎三分之二的患病兒童在出生後不久就反復嘔吐，隨著年齡的增長而加重，後來甚至在餵養後加重。嘔吐毫不費力，非噴射性，但有些病兒是噴射性嘔吐，更容易發生在仰臥位和噯氣時。有些孩子不餵奶的時候經常吐奶。
反復吐奶會造成營養不足，體重不增不減。由於胃食管反流，胃酸腐蝕食管粘膜，還可引起食管炎，甚至引起食管粘膜的血管損傷和出血。此外，胃食管反流發生時，如果胃內容物誤入氣管，可引起肺部反復感染，嚴重危害兒童健康。因此，應根據嬰幼兒胃食管反流的不同程度采取相應的措施。