從瘟疫開始，人類已經與之鬥爭了幾千年。歷史上因為壹種新疫情的出現，人們還沒有認識到，暫時沒有有效的治療方法。最好的防控措施是隔離。壹般政府壹方面封閉疫區，防止疫情擴散，另壹方面要求疫區患者與家人隔離。在治療方面，歷代名醫也總結出了治療鼠疫的良方，如東漢張仲景的《傷寒論》、晉代葛洪的《治肘救急方》、唐代孫思邈的《千金方》、明代吳有科的《溫病論》。這些著名的醫學專家不僅對鼠疫的產生和發展有著深刻的研究，而且在實踐中總結出了許多治療鼠疫的方法。這些不僅對當時瘟疫的治療起到了重要作用，而且對後世的抗疫也產生了積極影響。
首先是疫情檢驗報告。秦漢時期有壹套疫情檢查和病人隔離措施。比如說雲夢書簡的疫情報告制度，如果村裏出現疑似病例，典甲(鄉長)有責任調查報告，然後派醫生去檢查。如果是真的，就隔離治療。
其次是隔離治療。小琪統治時期，昌茂親王等人設立了專門的病人隔離機構——六病堂，用於隔離和治療患病的人。唐代在佛寺設立的“病坊”是用來隔離麻風病人的，有僧人給病人治病。南宋時，政府在各地建立“安濟坊”，病人根據病情的嚴重程度，住在不同的房間裏，“防止逐漸感染”。醫生要把自己的病情記錄下來，作為年終考核的依據。
在用於治療疾病和流行病的藥物方面，專業醫學書籍記載了處方。蘇軾在《與王民忠書》中提到，治療疾病和疫病的藥方是“用姜、蔥、黑豆，濃煮熱飲，無效果”；在元人筆記《降田錄》中也有記載，元初年，元軍患病，用大黃治療，近萬人居住，效果也極為顯著。
西漢時期發生了嚴重的旱災，接著又發生了蝗災和瘟疫。據《漢書》記載，當時朝廷為了控制瘟疫的蔓延，為患病的災民免費提供藥品並進行治療，還專門安排空房子給患病的人居住。宋代比前代更加重視疾病和疫病的治療。每當有疾病流行時，宋廷鐸就命令帝國醫局和翰林醫官前往醫院治療，醫療費用多由朝廷無償支付。
在防疫工作中，古代政府也非常重視城市公共衛生管理和設施建設。戰國時期燕國都城河北易縣出土的陶瓷下水管道，是我國早期的地下排水設備。宋代戈文的《史記》中，提出“溝渠通宅，凈無穢氣瘟疫”。