治療期間，被汙染的鞋襪應定期有效消毒，避免再次感染。在患處擦過的毛巾不要用來擦身體其他部位，以免造成其他部位的真菌感染。腳氣通常發生在穿鞋襪的人身上。要註意不與他人共用鞋襪，保持個人衛生和足部清潔，每天睡前和出汗後洗腳，洗後立即擦幹。保持腳趾幹爽，可以用爽身粉、棉襪、布鞋、涼鞋，避免穿尼龍絲襪、膠鞋等不透氣的鞋襪。
有些真菌會有過敏反應，比如曲黴菌引起的過敏性曲黴病，就是曲黴菌通過口、鼻、眼進入人體引起的。通常發生在接觸發黴谷物、草料和從事發酵的人身上。短時間吸入發黴物質，6小時內可引起咳嗽、呼吸困難，甚至寒戰發熱。停止接觸後，患者可恢復正常。但是，長期接觸可能會導致哮喘、咳嗽、胸痛、皮疹，嚴重時會導致不可逆的肺損傷。所以從事相關工作要戴口罩。
真菌也會引起中毒。主要是極少數真菌產生毒素，然後汙染食物，食物進入人體。根據毒性的不同，可分為肝毒性、神經毒性和腎毒性。有些毒素，如長期、少量、持續食用，也會致癌，如黃曲黴毒素。
預防真菌中毒的關鍵是保持良好的飲食習慣，因為壹般的烹飪和加工食物的方法不能破壞真菌毒素。因此，烹調前應關掉發黴的花生和糧食，選擇符合國家衛生標準的食用油、糧食制品、調味品和飲料。大米要用水洗幹凈，然後蒸成米飯。