食管癌轉移的主要器官如下。
肝臟
食管癌肝轉移占5%-8%，食管癌肝轉移通過門靜脈血轉移，在肝臟形成多發結節狀轉移。在食管癌的器官轉移中，肝轉移居首位。食管癌肝轉移患者常出現食欲不振、體重減輕、肝腫大和上腹部腫瘤，有時出現黃疸，多數無明顯肝功能異常。上腹部腫塊、肝腫大、黃疸都是晚期表現。
肺
肺轉移是食管癌的第二大器官轉移，僅次於肝轉移，轉移的主要途徑是血行轉移。肝細胞進入門靜脈，經過肝臟後到達肺部，所以大部分肺轉移患者都伴有肝轉移。食管癌肺轉移在肺部形成多發轉移結節，治療效果不好。確診時多為晚期，已不適合手術。
腹膜
食管癌腹膜轉移多為晚期食管癌穿過漿膜，尤其是低分化腺癌。多見於早期食管癌，但也有術後十幾年出現腹膜轉移的。食管癌腹膜轉移常導致腹水，腹水還可浸潤到腸、輸尿管、膽總管，產生粘連，導致腸、膽總管、輸尿管狹窄，形成不同程度的梗阻，腹部可見腫塊。
腦
癥狀多為顱內壓增高，主要是腫瘤生長迅速，周圍水腫嚴重所致。內壓升高的癥狀更加明顯，出現頭痛、惡心嘔吐、視力下降等。局部癥狀可包括四肢麻木或無力、偏癱、偏盲、失語、局限性驚厥、共濟失調等。
骨
食管癌骨轉移的典型癥狀為進行性局部骨痛和叩診痛，多伴有貧血、發熱和出血，少數可有局部腫塊或病理性骨折。典型的X線表現是溶骨性骨質破壞。而且食管癌骨轉移多為全身多發骨轉移，單發骨轉移少見。