藥物處方體現了主動幹預、多靶點治療的特點。
連花清瘟是運用中醫絡病理論探討外感熱病瘟疫的規律和治療方法，提出了“積極幹預”的對策:衛氣雙治，表裏兼治；先吃藥，斷了病；制定了整體調節、多靶點治療、“清瘟解毒、宣肺清熱”的治療方案。該方吸收了歷代醫家治療外感熱病、疫病的用藥精華，運用了《傷寒論》麻杏石幹湯和《傷寒論》銀翹散，借鑒了明代吳有科《傷寒論》大黃治療疫病的經驗，配合紅景天清肺化瘀、調節免疫，體現了積極幹預的特點。
大黃用於清瘟，肺、大腸在表，使“疫毒”排出大便，邪氣有出路；用大黃的另壹個價值是先用藥，斷病。明代吳有科曾指出，瘟疫治療應在人體正氣未衰時盡早攻邪，提前應用瀉藥大黃可切斷病情蔓延至危重。現代藥效學研究證實，大黃能抑制肺部炎癥，改善肺功能。利用廣藿香的香味去濕，避穢，除濁。這個時候在新冠肺炎，有壹個突出的特點，就是濕濁毒重，尤其是湖北疫區，濕冷。病人表現出食欲不振和大便粘稠。廣藿香能避穢化濁，改善食欲不振、脾胃濕重的情況。生長在寒冷高海拔地區的紅景天，具有補肺、平喘、活血的作用，能提高人體的抗疲勞、耐缺氧能力。同時，紅景天的免疫增強作用可以改善患者抗病能力的下降，提高機體的疾病恢復能力。
抑制感冒病毒
國內很多專業機構發現，蓮花清瘟具有整體調控、多靶點發揮的優勢。對於普通感冒病毒，中國中醫科學院等科研院所發現連花清瘟對呼吸道合胞病毒、副流感病毒、鼻病毒、腺病毒、單純皰疹病毒有抑制作用，尤其對呼吸道合胞病毒、副流感病毒等普通感冒有抑制作用。
抑制多種流感病毒
對於流感病毒，經廣州市呼吸疾病研究所、中國中醫科學院等科研院所基礎研究證實，連花清瘟對甲型流感H1N1、H3N2、禽流感H5N1、H9N2、H7N9和乙型流感病毒均有明顯抑制作用，其中對去冬今春流行的甲型流感H3N2病毒抑制作用較強。
抑制新型冠狀病毒
對於今年流行的新型冠狀病毒，廣州醫科大學呼吸疾病國家重點實驗室鐘南山院士團隊發現，連花清瘟對常見冠狀病毒(HCoV-229E)和新型冠狀病毒(冠狀病毒肺炎-19)引起的細胞病變有很好的抑制作用。此外，連花清瘟還能抑制HCoV-229E和冠狀病毒肺炎-19感染細胞引起的TNF-α、IL-6、CCL2/MCP-1和CXCL-10/IP-10的表達。連花清瘟在細胞水平上表現出對新型冠狀病毒的抗病毒和抗炎作用，為新型冠狀病毒感染的治療帶來了希望。
抗炎和抗菌作用
連花清瘟還能有效抑制多種細菌，具有良好的抗炎作用，有利於混合感染的治療。中國中醫科學院、河北醫科大學、南京中醫藥大學等院所通過多項研究發現，連花清瘟膠囊對金黃色葡萄球菌、溶血性鏈球菌A、B、肺炎球菌、流感桿菌等有抑制作用，可預防感冒、流感繼發的細菌感染，有效預防支氣管炎、肺炎、扁桃體炎等並發癥的發生。更重要的是，研究人員還發現連花清瘟能殺滅細菌生物膜中的細菌，並能明顯抑制生物膜中活菌的數量，為破解細菌耐藥性帶來曙光。
止咳化痰作用
連花清瘟膠囊也有明顯的鎮咳祛痰作用。河北醫科大學、南京中醫藥大學實驗證實，連花清瘟膠囊能促進氣管酚紅分泌，延長小鼠、豚鼠氨水、檸檬酸引起的咳嗽潛伏期和咳嗽次數，有明顯的鎮咳祛痰作用。
連花清瘟治療感冒安全性高，早期使用效果好。
連花清瘟膠囊對多種感冒病毒的抑制和殺滅作用，決定了其在治療感冒方面的優勢。該藥為純中藥制劑，通過石膏、貫眾、金銀花、連翹微發汗，驅散人體內熱，發熱的內在基礎消失，體溫自然下降，不會反彈。該藥物同時具有抗菌、消炎、鎮咳和祛痰的作用。如果早期服用，外感散寒，內熱消毒，就不會出現支氣管炎、肺炎等各種並發癥。
連花清瘟治療流行性感冒的循證證據
連花清瘟的研發主要針對流感。每年流感高發季節，連花清瘟在我國流感防控中發揮了積極作用，對於流感的治療也獲得了循證醫學研究證據。2009年，首都醫科大學附屬北京佑安醫院聯合9家甲型流感醫院進行了“連花清瘟膠囊治療甲型流感H1N1”的循證醫學研究。實驗組患者每天按標準治療量服用連花清瘟膠囊，對照組患者服用奧司他韋膠囊。結果令人鼓舞:第壹，連花清瘟膠囊在抗病毒作用上與奧司他韋無差異。第二，連花清瘟膠囊在緩解流感癥狀方面優於奧司他韋，尤其是在緩解咳嗽、頭痛、肌肉酸痛、乏力等癥狀方面。今年的流感類型多為H3N2，連花清瘟對這種病毒有明顯的抑制作用，對其他類型的流感病毒也有很好的作用。鐘南山院士曾指出:“在林毅博士公認的最嚴格的雙盲循證醫學研究中，連花清瘟在緩解流感患者癥狀方面表現出了有效的治療作用，尤其是對高熱癥狀的患者。”鐘南山院士認為，中醫抗病毒的理念與西醫不同。中藥有全身調節功能，這是它的特色和強項。壹定要重視流感，盡早用連花清瘟，爭取時間得到有效治療，以免耽誤病情。
連花清瘟膠囊既能治療流感，又能預防流感，已被大規模應用證實。2009年9月4日，河北省廊坊市衛生局報告，該市開發區大學城發生壹起甲型流感(H1N1)聚集性病例，防控專家組迅速隔離了確診患者的密切接觸者及其周圍健康人群2萬余人。隔離人群中，6367人選擇服用連花清瘟進行預防，1177人選擇其他藥物進行預防，13009人未服用藥物進行預防。結果表明，不加藥物的預防組感染率較高，加其他藥物的預防組感染率居中，加連花清瘟的預防組感染率較低，證明連花清瘟膠囊對流感有可靠的預防作用。
蓮花在新冠肺炎的防治中發揮了重要作用。
國家衛健委、國家中醫藥管理局發布的《新型冠狀病毒感染肺炎診療方案》第四至第七版推薦服用連花清瘟膠囊和顆粒劑，用於預防和治療醫學觀察期間患者乏力、發熱。到目前為止，連花清瘟在全國已有約7000萬人使用，在湖北省也有數百萬人使用，在武漢市所有的收容所醫院，連花清瘟也被作為基本藥物使用。湖北省、黑龍江省等多個省市將連花清瘟膠囊/顆粒作為儲備藥品，工信部將其作為醫療應急保障物資列入疫情防控重點保障物資名單。
連花清瘟在包括方倉醫院在內的疫區多家醫院臨床應用，顯示出明顯改善發熱、咳嗽、乏力等癥狀的良好效果。武漢科技大學附屬普仁醫院在常規治療的基礎上，采用連花清瘟顆粒治療新冠肺炎患者54例。結果證實連花清瘟顆粒明顯改善新冠肺炎普通患者的發熱、咳嗽、乏力癥狀，縮短發熱、乏力、咳嗽持續時間，為臨床治療本病提供了研究依據。
整體調節起到治標的作用。
雖然連花清瘟有抗多種病毒的作用，但連花清瘟的基礎治療是整體調節和多靶點治療。針對外感發熱的壹種癥狀，如發熱、咳嗽、粘痰、咽痛、乏力、肌肉酸痛等。作用機制在於抗炎、抗病毒、止咳平喘、增強機體免疫功能等多個靶點的協同作用。只要癥狀相同，無論是普通感冒、流感還是新冠肺炎，都可以用連花清瘟進行治療，這是中醫治病的特點。
從甲型流感、乙型流感、禽流感到新型冠狀病毒肺炎，近十年來我國所有重大病毒性公共衛生事件中，連花清瘟均被國家救治方案推薦，被列入《流感診療指南》、《人感染甲型流感H1N1診療方案》、《乙型流感中醫藥防治方案》、《人感染H7N9禽流感診療方案》。經過多次疫情防控，連花清瘟在多地被選為儲備藥物，成為我國應對傳染性公共衛生事件的代表性藥物。
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