結核性腦膜炎成功治療的關鍵在於早期診斷和應用有效的抗結核藥物。炎癥滲出物機化，對腦神經和腦物質造成損害時，效果才滿意，且復發少，無後遺癥。治療在於異煙肼和其他藥物的聯合。異煙肼可以通過血腦屏障口服給藥，腦脊液中的藥物濃度也很高。劑量為成人8-12毫克/千克/天加吡哆醇100毫克/天；嬰兒15-25毫克/千克/天。鏈黴素成人1g/天，兒童20-30mg/kg。治療1-2個月後，異煙肼的劑量可分別降至5 mg和10 mg/kg。鏈黴素3-4個月後改為間歇治療，每周2-3克。如因耐藥菌感染不能使用鏈黴素，可用利福平或(和)乙胺丁醇替代，劑量與治療肺結核相同。早期采用異煙肼、鏈黴素、利福平治療，療效較好。強化治療6個月後可改為兩藥聯合治療1-2年，壹般異煙肼加對氨基水楊酸或乙胺丁醇可鞏固。有效的抗結核藥物仍然不足以治療所有的病理，因為經常有壹些晚期病例。壹般總治愈率為75%，約1/4例有各種後遺癥。
腎上腺皮質激素聯合抗結核藥物應用廣泛，但其作用機制尚無定論。可能對肺炎的消散和減輕、腦水腫的減輕有壹定的作用，臨床上對緩解中毒癥狀也有壹定的幫助。但對於後期溶解和機化的滲出物肯定是無效的，所以腎上腺皮質激素要早期使用，必須配合有效的抗結核藥物使用。潑尼松成人劑量60mg/天(兒童1-1.5mg/kg/天，不超過30mg/天)，分3-4次口服；2-3周後逐漸減量，6-8周後停藥。
癥狀壹般在上述治療後30-45天內消失；腦脊液恢復正常比較慢，壹般需要6個月。
精心護理和支持治療非常重要。嘔吐昏迷的患者容易將食物吸入呼吸道，引發肺炎。對於昏迷病人，用鼻飼管餵養。
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