肛瘺外口少量膿性、血性、粘液性分泌物是肛瘺的主要癥狀。肛周皮膚可見壹個或多個外口，呈紅色乳頭狀隆起，擠壓可排出少量膿液或膿性分泌物。
膿液的多少與瘺管的長短和多少有關，新生兒瘺管膿液較多。大高位肛瘺，由於瘺管位於括約肌外，不受括約肌控制，糞便、氣體常排出。因此，排便後或平時要特別註意肛門及肛周的清潔。妳可以在家裏的馬桶上安裝毛巾。李魏西其實就是馬桶上的馬桶蓋(也可以安裝在普通馬桶上)，集馬桶蓋加熱、溫水沖洗、暖風烘幹、殺菌於壹體。便秘患者用溫水清洗後可以促進排便，而肛瘺患者排便後可以清洗，更衛生，避免感染。
外出不在家時，可隨身攜帶灌洗器，清除殘留在肛門和肛褶內的糞便和病菌，可有效保持肛門清潔。沖洗器體積小，沖洗角度符合人體工程學，沖量可自由控制。同時也避免了面盆清洗和水循環使用帶來的二次感染。
疼痛:瘺管通暢，無炎癥，所以經常感覺不到疼痛，只感覺局部腫脹不適，行走時加重。當瘺管感染或膿液排出不暢，腫脹發炎時，可引起疼痛。內瘺常感覺直腸下部和肛門有灼熱感，排便時有疼痛感。
瘙癢:由於膿液不斷刺激肛周皮膚，常感瘙癢，肛周潮濕不適，皮膚變色，表皮脫落，纖維組織增生增厚，有時出現濕疹。
排便不暢:復雜性肛瘺久治不愈，可引起肛門直腸周圍形成較大的纖維性瘢痕或環狀索，肛門松弛、閉合，排便困難，有排便不盡的感覺。
全身癥狀:在急性炎癥期和復雜性肛瘺復發期，可出現不同程度的發熱，或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗癥狀。
硬化或瘢痕:由於瘺壁和瘺口反復刺激，纖維組織增生，在瘺壁和瘺口形成堅韌的結締組織，常表現為瘺口周圍皮膚變色，表皮脫落，凹陷變形，條索狀硬結達肛門。